APPROCHE SYNDROMIQUE dans les MENINGITES/ENCEPHALITES

EXPERIENCE du CHU NOTRE DAME des SECOURS –Jbeil Liban

Pr Christian Haddad

Laboratoire et CTS CHU-NDS/USEK

APPROCHE SYNDROMIQUE dans les MENINGITES/ENCEPHALITES

[email protected]

3èmes Journées Internationales Francophones de Médecine de Laboratoire 4ème Journées de Biologie Praticienne

Alger 10-11 0ctobre 2019

PLAN

A- Discussion de cas

B- EPIDEMIOLOGIE et FARDEAU des MENINGITES/ENCEPHALITES

C- METHODES de DIAGNOSTIC

D- FILMARRAY MULTIPLEX PCR/ PANEL ME

E- EXPERIENCE du CHU-NDS

PRESENTATION de CAS#1

• Femme de 48 ans

• Fièvre + céphalée + confusion (3j)

• T˚= 39.7˚C; pouls 90/mn; PA = 100/70 mmHg,

• EP: Désorientation (+)

• Vomissements (-), raideur de la nuque (-),

• M/E suspectées

• Examens de Labos + Rx+ PL

• Antibiotiques et Acyclovir

PRESENTATION de CAS#1 • TEST de LABOS: - GB = 13800/mm3; CRP = 14 mg/L; Créa/Urée/Gluc/Electrolytes: Normaux

- Analyse urines: Normale - Hémocultures: Négatives • ANALYSE du LCR:

- GB = 180/μl (80% Lymhocytes) - Glucose 67 mg/dL; Protéines = 98 mg/dL - Gram (-), agglutination latex test (-) - Culture du LCR - Multiplex PCR: ME panel

PRESENTATION de CAS #1

• FA ME panel (Multiplex PCR):

• HSV-1: détecté en moins de 70 min

• Arrêt des antibiotiques

• ACYCLOVIR 750 mg/ 8h

• Identification de l’agent causal:

1.5 h après la PL

PRESENTATION de CAS #2

• H 60 ans

• Fièvre (+) céphalée (1 mois)

• T˚= 38.5˚C; pouls 118 /mn

• PE: Vomissements (-), raideur nuque (+/-)

On a Suspecté M/E

• Tests labo + Rx + PL

• Traitement pour TB

PRESENTATION CAS #2 • IRM: négative TESTS LABOS: • GB = 8700/mm3 ; CRP = 0.33mg/L; VS=28 mm;

Crea/BUN/Electrolytes: Normaux • ANA: + 1/1280 F mouchetée • Urines: Normales • Hémocultures : Négatives ETUDE du LCR: - GB= 550/μl (80% Lymphocytes) - Glucose 47 mg/dL; Protéines = 297 mg/dL; Albumine: 1779 mg/dL - Gram (-) Latex agglutination test (-) - Herpes IgG+; VDRL - TPHA - ; HIV - ; ECA - ; RF - ; - Culture LCR - PCR pour TB - Multiplex PCR: ME panel

TRAITEMENT: anti TB , Diflucan , Rocéphine patient se détériore (somnolence, …)

PRESENTATION CAS#2

• FA ME panel (Multiplex PCR):

• HSV-2: diagnostiqué

• Acyclovir Amélioration clinique rapide

PLAN






EPIDEMIOLOGIE et FARDEAU des MENINGITES/ENCEPHALITES

• Urgences médicales/ Pronostic vital • Méningites: 1.7 million cas/an dans

le monde. • Méningites bactériennes: 170,000

décès /an dans le monde. • Encéphalites: 4.3 million cas/an et

150,000 décès/ an dans le monde.

- World Health Organisation 2012, Bacterial meningitis. http://www.who.int/nuvi/meningitis/en/index.html - Global, regional, and national incidence, prevalence, and years lived with disability for 310 diseases and injuries: a systematic analysis for the Global Burden of Disease Study. Lancet, 2015


Rodrigo Hasbun et al. Clinical Infectious Diseases. 2017;65(3):359–63


• Coût du traitement des méningites et des encéphalites chez les patients aux USA

J.M. Balada-Llasat et al. International Journal of Infectious Diseases. 71 (2018): 117-121


• Diminution du fardeau des ME et amélioration

le traitement du patient Par identification précoce du pathogène en cause Traitement efficace avec le traitement adéquat. Réduire les risques de comorbidités et de

mortalité Réduire le coût de l’hospitalisation et du

traitement

PLAN

A- PRESENTATION de CAS



D- FILMARRAY MULTIPLEX PCR/ME PANEL


METHODES de DIAGNOSTIC

• LCR analyse: méthodes traditionnelles

METHODES de DIAGNOSTIC

• Les techniques Moléculaires commercialisées disponibles FDA-approved pour la détection des pathogènes dans le LCR

T. He et al. Curr Infect Dis Rep, 2016

Fabricant Nom du test Organisme détecté Technologie Échantillon biologique

Temps de réalisation

Cepheid Xpert® EV Assay Enterovirus Real-time

PCR LCR 2.5h

BioMérieux NucliSENS EasyQ Enterovirus assay

Enterovirus NASBA et Real time

LCR 5h

Focus Diagnostics Simplexa HSV-1&2

Direct HSV-1, HSV-2

Real-time PCR

LCR : lésions

génitales 1 h

BioFire Diagnostics FilmArray® ME

panel 14 pathogènes

Multiplex PCR

LCR 1h

PLAN






FILMARRAY® MULTIPLEX PCR • Panel multiplex PCR panel pour la mee des pathogènes

dasn le LCR (BioFire® Diagnostics LLC, Salt Lake City, UT).

• FDA : Octobre 2015.

• 14 pathogènes en 70 min.

• 200 μl de LCR.

FILMARRAY® MULTIPLEX PCR

http://www.biomerieux-diagnostics.com/filmarray

Echantillon requis Paramètres et performance

• Type échantillon: LCR • Hands-on time: près de 2 minutes

• Volume nécessaire: 200 µL • Turnaround time: près d’1 heure

1. head of laboratory department at CHU-NDS

Comment fonctionne le FilmArray?

• The FilmArray :

La cassette du test: contient les réactifs sous forme lyophilisée nécessaires pour l’extraction , la PCR, et la détection



• Avant la mise en route, l’utilisateur injecte la solution de réhydratation et l’échantillon en même temps avec le tampon dans la poche.

• Le FilmArray fait le reste…



• D’abord, le FilmArray extrait et purifie tous les acides nucléiques de l’échantillon.

• Ensuite, le FilmArray effectue une PCR nichée (nested multiplex PCR) en 2 étapes



1- la première PCR, est une réaction est une réaction hautement multiplexée pour amplifier toutes les cibles du panel.



2- La deuxième PCR amplifie chaque cible individuellement dans un puits défini à l’aide d’un couple de la première PCR



• L’analyse automatique des courbes de fusion par le logiciel permet de générer le rapport des résultats


FILMARRAY® MULTIPLEX PCR

• 14 pathogènes en ̴ 70 min:

• 7 Virus, 6 Bactéries and 1 champignon

Bacteries Virus

Escherichia coli K1 Cytomegalovirus

Haemophilus influenzae Enterovirus

Listeria monocytogenes Herpes simplex virus 1

Neisseria meningitidis Herpes simplex virus 2

Streptococcus agalactiae Human herpesvirus 6

Streptococcus pneumoniae Human parechovirus

Varicella zoster virus

champignons

Cryptococcus neoformans/gattii

FILMARRAY® ME PANEL: Sensibilité et/Spécificité

Leber et al. J Clin Microbiol. 2016 Sep;54(9):2251-61

FILMARRAY® ME PANEL : durée du test

• le panel ME a démontré:

– 96% de concordance avec les méthodes conventionnelles de diagnostic

– Amélioration du temps nécessaire au diagnostic par 10.3 heures

Messacar K et al. Diagn Microbiol Infect Dis. 2016 Sep;86(1):118-20

Comparaison de performance

Tests conventionnels FilmArray ME Panel

Temps de diagnostic 13.3 hrs

(CI 10.7-16.0 hrs)

3 hrs

Rendement 45/138 43/138

Concordance 96%

FILMARRAY® ME PANEL: Duration of ATB therapy

• Comparison avec les méthodes de diagnostic conventionnelles.

• Durée du traitement antibiotique dans chaque cas

Tae Hun Kim et al. Open Forum Infectious Diseases, 2017.

TAT moyen 3.7 heures

Sensitibilité 100%

Spécificité 100%

Durée du traitement antibiotique Diminué : 76.69 h vs 28.38 h (P = 0.04)

FILMARRAY® ME PANEL: coût

Steve Duff et al. Future Microbiol. 2018

Le FA° augmente le taux de positivité pour les infections virales er bactériennes Le FA° diminue le TAT

PLAN






EXPERIENCE du CHU-NDS

• 45 LCR : FilmArray® ME panel.

• Janvier 2018 – Juillet 2019.

• 27 H ; 18 F

• 17 adultes and 28 cas pédiatriques.

Intervalle Médiane

Age 1J – 92 ans 35.8 ans

GB dans le LCR/mm3 1 – 450/mm3 45/mm3

Temps d’obtention du résultat (h) 1.5 - 10 4.5

EXPERIENCE du CHU-NDS

Pathogènes détectés

Résultats

FilmArray® ME effectué sur LCR

45 patients

15 résultats Positifs

12 patients Enterovirus (+)

1 patient HSV-1 (+)

1 patient HSV 2 (+)

1patient HHV-6 (+)

30 résultats Négatifs

EXPERIENCE du CHU-NDS PATIENTS à RESULATS (+) POUR ME PANEL (n=15)

• 12 patients: Entérovirus (+); 1 patient: HSV-1 (+); 1patient HSV-2 (+); 1 patient HHV-6 (+)

• Les colos de Gram, latex et cultures de LCR étaient négatifs

Médiane Intervalle

Fièvre (:C) 39.1 38.5 - 40

GB sang /μL 9675 4570 - 14100

CRP (mg/L) 15 3 - 54

GB LCR /mm3 113 1 - 450

Du Résultat à l’arrêt du traitement ATB (h) 36.3 1 - 72

Durée hospitalisation( j) 4 2 - 14

EXPERIENCE CHU-NDS • Résultats Positifs: repris par Real-time PCR PPA = 100%.

FA ME PANEL XPERT® EV (CEPHEID) RESULTATS CONCORDANTS

P 1 EV (+) EV (+) OUI

P 2 EV (+) EV (+) OUI

P 3 EV (+) EV (+) OUI

P 4 EV (+) EV (+) OUI

P 5 EV (+) EV (+) OUI

P 6 EV (+) EV (+) OUI

P 7 EV (+) EV (+) OUI

P 8 EV (+) EV (+) OUI

P 9 EV (+) EV (+) OUI

P 10 EV (+) EV (+) OUI

P 11 EV (+) EV (+) OUI

P 12 EV (+) EV (+) OUI

FA ME PANEL ARTUS® HSV-1/2 PCR (QIAGEN) RESULTATS CONCORDANTS

P 13 HSV-1 (+) HSV-1 (+) OUI

P 14 HSV-2 (+) HSV-2 (+) OUI

EXPERIENCE du CHU-NDS CONCLUSION

• The FilmArray® ME panel showed:

– Amélioration de la rapidité du diagnostic si comparé aux méthodes traditionnelles: 4.5 h vs 13 h.

– Réduction d’une antibiothérapie INUTILE: 36.3 h vs 72 h.

TAKE-HOME MESSAGE

• M/E sont un enjeu vital et sont associés à un grand nombre d’hospitalisations, un coût élevé et la surconsommation d’ ATB

• Une rapide identification des pathogènes en cause est cruciale pour diminuer le fardeau sanitaire

• Le Multiplex PCR a démontré : Des résultats précis en comparison avec les méthodes

traditionnelles. Un TAT rapide + réduction des antibiothérapies inutiles Réduction du coût par réduction de la durée d’hospitalisation.

• Importance de l’approche syndromique pour améliorer les soins

patients

Merci pour votre ATTENTION

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