ANALISIS PREVALENSI WSSV (White Spot Syndrome Virus) PADA

UDANG VANNAME (Litopanaeus vannamei) DI AREA PERTAMBAKAN

KECAMATAN KENDIT SITUBONDO DENGAN METODE PCR

(Polymerase Chain Reaction)

SKRIPSI

Untuk Memenuhi Persyaratan

Memperoleh Gelar Sarjana

FITRIA KURNIAWATI

NIM: 201410260311085

JURUSAN PERIKANAN

FAKULTAS PERTANIAN – PETERNAKAN

UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH MALANG

2018

iv

v

vi

KATA PENGANTAR

Assalamualaikum Warahmatullahi Wabarakatuh

Alhamdulillahirabbil’alamin, rasa syukur kami panjatkan kehadirat Allah

SWT, atas berkah dan rahmat-Nya penulis dapat menyelesaikan penyusunan

laporan penelitian yang berjudul “Analisis Prevalensi WSSV (White spot syndrome

virus) pada Udang Vanname (Litopanaeus vannamei) di Area Pertambakan

Kecamatan Kendit Situbondo Dengan Metode PCR (Polymerase Chain Reaction)”

ini dengan lancar.

Tujuan penulisan laporan penelitian ini adalah dalam rangka menyelesaikan

rangkaian tugas akhir guna memenuhi persyaratan untuk memperoleh gelar sarjana

di Fakultas Pertanian – Peternakan Universitas Muhammadiyah Malang.

Sehubungan dengan semua itu, maka pada kesempatan ini penulis

mengucapkan penghargaan dan terima kasih yang sebesar-besarnya kepada:

1. Bapak Dr. Ir. David Hermawan MP. IPM. Selaku Dekan Fakultas Pertanian

- Peternakan Universitas Muhammadiyah Malang

2. Bapak Ganjar Adhywirawan, S. S.Pi. MP. Selaku Ketua Jurusan Perikanan

Fakultas Pertanian – Peternakan Universitas Muhammadiyah Malang.

3. Bapak Riza Rahman Hakim, S.Pi. M.Sc Selaku Pembimbing Utama dan

Bapak Ganjar Adhywirawan S. S.Pi, M.Si Selaku Pembimbing Pendamping

yang senantiasa meluangkan waktu untuk membimbing dari awal pengajuan

hingga terselesaikannya penyusunan laporan skripsi.

4. Segenap jajaran BPBAP Situbondo yang telah memberikan fasilitas, arahan

dan tempat sehingga penelitian ini berjalan dengan lancar.

5. Bapak Jati Waluya A.Pi Selaku pembimbing lapang di Laboratorium

Kesehatan Ikan dan Lingkungan BPBAP Situbondo.

6. Rasa hormat dan sayang kepada kedua Orang tua, Kakak-kakak, dan Adik

yang telah memberikan semangat, motivasi, dorongan dan doa yang tulus

hingga penulis dapat menggapai cita-cita.

7. Sahabat-sahabat penulis terkasih Titik Fauziati dan Ika Mukharomi yang

selalu memberikan kritikan, saran, semangat, dukungan sehingga

terselesaikannya laporan skripsi ini.

Demikianlah, mudah-mudahan semua ini dapat bermanfaat khususnya bagi

penulis untuk jalan meretas kehidupan dan masa depan yang lebih baik dan penuh

harap atas ridho Allah SWT. Aamiin. Selanjutnya selama 4 tahun ini menempuh

pendidikan di Jurusan Perikanan Fakultas Pertanian - Peternakan Universitas

Muhammadiyah Malang, apabila ada kekurangan dan kesalahan penulis

menyampaikan mohon maaf yang sebesar-besarnya dan berharap semoga

kedepannya lebih baik lagi. Demikianlah atas perhatiannya disampaikan

terimakasih.

Wassalamualaikum Warahmatullahi Wabarakatuh

Malang,... Juni 2018

Fitria Kurniawati

vii

DAFTAR ISI

COVER

HALAMAN PERSETUJUAN ............................................................................. ii

RINGKASAN ....................................................................................................... iv

SUMMARY ........................................................................................................... v

KATA PENGANTAR .......................................................................................... vi

DAFTAR ISI ........................................................................................................ vii

DAFTAR GAMBAR ............................................................................................ ix

DAFTAR TABEL ................................................................................................. x

DAFTAR LAMPIRAN ........................................................................................ xi

1 PENDAHULUAN ............................................................................................... 1

1.1 Latar Belakang ............................................................................................... 1

1.2 Rumusan Masalah .......................................................................................... 3

1.3 Tujuan ............................................................................................................ 3

1.4 Manfaat .......................................................................................................... 4

I TINJAUAN PUSTAKA ..................................................................................... 5

2.1 Klasifikasi dan Morfologi Udang Vanname ................................................. 5

2.2 Sifat Biologis ................................................................................................. 6

2.3 Habitat dan siklus Hidup ............................................................................... 8

2.4 Virus WSSV ................................................................................................ 11

2.4.1 Biologi WSSV ...................................................................................... 11

2.4.2 Perkembangbiakan Virus ...................................................................... 13

2.4.3 Lingkungan Hidup ................................................................................ 14

2.6 Diagnosa Penyakit Virus ............................................................................. 15

2.7 Metode Identifikasi Virus ............................................................................ 17

2.7.1 Koleksi Sampel ..................................................................................... 17

2.7.2 Isolasi DNA .......................................................................................... 17

2.7.3 Amplifikasi PCR ................................................................................... 18

2.7.4 Uji Kualitatif dan Kuantitatif DNA ...................................................... 19

2.8 Prevalensi ..................................................................................................... 21

viii

2.9 Penelitian Tentang WSSV pada udang Vanname ....................................... 22

III METODOLOGI PENELITIAN .................................................................. 23

3.1 Waktu dan Tempat ...................................................................................... 23

3.2 Alat dan Bahan ............................................................................................ 23

3.2.1 Alat........................................................................................................ 23

3.2.2 Bahan .................................................................................................... 24

3.3 Metode Penelitian ........................................................................................ 25

3.4 Populasi dan Sampel ................................................................................... 25

3.5 Instrumen Penelitian .................................................................................... 27

3.6 Prosedur Penelitian ...................................................................................... 28

3.6.1 Ekstraksi DNA ...................................................................................... 28

3.6.2 Amplifikasi DNA .................................................................................. 29

3.6.3 Elektroforesis ........................................................................................ 30

IV HASIL DAN PEMBAHASAN ...................................................................... 33

4.1 Polymerase Chain Reaction (PCR) ............................................................. 33

4.1.1 Ekstraksi................................................................................................ 34

4.1.2 Amplifikasi ........................................................................................... 36

4.1.3 Elektroforesis ........................................................................................ 41

4.1.4 Visualisasi DNA ................................................................................... 42

4.2 Hasil Deteksi WSSV.................................................................................... 44

4.3 Prevalensi ..................................................................................................... 48

4.4 Gejala Klinis ................................................................................................ 50

V PENUTUP ........................................................................................................ 53

5.1 Kesimpulan .................................................................................................. 53

5.2 Saran ............................................................................................................ 53

DAFTAR PUSTAKA .......................................................................................... 55

LAMPIRAN

ix

DAFTAR GAMBAR

Gambar Halaman

1. Morfologi Udang Vanname ............................................................................. 6

2. Siklus hidup udang .......................................................................................... 10

3. WSSV pada udang ......................................................................................... 11

4. Biologi WSSV ................................................................................................ 12

5. Skema pemeriksaan virus .............................................................................. 28

6. Sampel hasil sentrifugasi ............................................................................... 35

7. Thermalcycler ................................................................................................ 37

8. Proses Elektroforesis ...................................................................................... 42

9. UV Transiluminator ....................................................................................... 42

10. Hasil pengujian .............................................................................................. 43

11. Hasil uji udang vanname ................................................................................ 47

12. Contoh hasil uji positif ................................................................................... 48

13. Sampel udang vanname ................................................................................. 51

14. Udang terinfeksi WSSV ................................................................................. 52

x

DAFTAR TABEL

Tabel Halaman

1. Alat dan Kegunaan ......................................................................................... 23

2. Bahan dan Kegunaan ..................................................................................... 24

3. Komposisi Larutan PCR ................................................................................. 30

4. Komposisi PCR .............................................................................................. 36

5. Jumlah sampel uji ........................................................................................... 44

xi

DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran Halaman

1. Laporan Hasil Uji ............................................................................................ 58

2. Surat keterangan .............................................................................................. 62

3. Dokumentasi kegiatan ..................................................................................... 63

4. Surat Pernyataan .............................................................................................. 66

55

DAFTAR PUSTAKA

Afsharnasab, M.,R. Mortezaei, V. Yegane, B. Kazemi. 2009. Gross Sign,

Histophatology and Polymerase Chain Reaction Observation of White Spot

Syndrome Virus in Shrimp Specific Phatogen Free Litopanaeus vannamei

in Iran. Asian Journal of Animal and Veterinary Advances 4 (6): 297-305

Atabaki. M.A, Sri Widyarti, dan Yuni Kilawati, 2015. Dampak stres salinitas

terhadap prevalensi WSSV pada udang vanname. Research Journal Of Life

Science. Volume 02 No 01.

Avault, J.W,.1996. Fundamental of Aquaculture a Step by Step Guide to Comercial

Aquaculture. AVA Publishing. Baton Rouge. USA.

BPBAP Situbondo. 2013. Pembenihan Udang Vannamei. Standarisasi dan

Informasi. Situbondo

Balai Uji Standar Karanina Ikan. 2011. Pemeriksaan parasit pada ikan hidup.

Laboratorium Parasitologi Balai Uji Standar Karantina Ikan. Jakarta

Bettelheim, F. A dan Landesberg, J. M. 2007. Laboratory Experiments for General,

Organic, and Biochemistry. 6 th edition. Chaput, J.C. ISBN-13:

9780495015048.

Corteel, M. 2013. WSSV infection in p.vannamei and M.rosen bergil: experimental

atudiea on auaceptibility to infection and deases.Theaia Belgium. Ghent

University

Fachtiyah. M. 2011. Immunostimulan pada hewan akuatik. Jurnal Akuakultur

Indonesia 1(2). Hal 87-90

Fegan, D. F. 2003. Budidaya Udang Vannamei ( Litopenaeus vannamei) di Asia

Gold Coin Indonesia Specialities. Jakarta.

Feng Tsai, Meng, Chu-Fang Lo, Marie lle C. W. van Hulten, Huey-Fen Tzeng,

Chih-Ming Chou, Chang-Jen Huang, Chung-Hsiung Wang, Jung-Yaw Lin,

Just M. Vlak & Guang-Hsiung Kou. 2000. Transcriptional analysis of the

ribonucleotide reductase genes of shrimp white spot syndrome virus.

Virology. 277, 92–99 doi:10.1006/viro.2000.0596.

Fernando, C. F. J.L Furtado, A. V Gussev, G. Honek and S.A. Kakonge. 1972.

Methods for the Study of Fresh Water Fish Parasites. University of

Waterloo. Biologi Series: 1-76

56

Haliman dan Adijaya. 2005. Pembudidayaan dan Prospek Pasar Udang Putih

yang Tahan Penyakit. Udang Vannamei. Penebar Swadaya. Jakarta.

Haliman, R.W. & Adijaya D. 2006. Budidaya udang vannamei. Penebar Swadaya.

Jakarta. 74 hal.

Hastuti, 2012. Patogenesis Infeksi White Spot Syndrome Virus pada Udang

vannamei. Penaeus vannamei . Fab. FPIK IPB. Bogor. Jurnal Akuakultur

Indonesia, 4(1): 79-87

Hastuti, 2013. Penerapan Polymerase Chain Reaction (PCR) untuk Diagnosis

Penyakit Infeksi. Jurusan Farmasi FMIPA ITB.

Hendrajat, E. M., dan Mangapa, H. 2007. Budidaya udang vannamei pola

tradisional plus di Kabupaten Maros Sulawesi Selatan. Jurnal Media

Akuakultur 2 (2): 67-70.

Kordi, M.G.H. dan A.B.Tancung. 2007. Pengelolaan Kualitas Air Dalam Budidaya

Perairan. Rineka Cipta. Jakarta.

Kordi, Gufran. 2009. Budidaya Perairan Jilid 2. PT Citra Aditya Bakti. Bandung

Lightner, D.V., 1996. A Handbook of pathology and diagnostic Procedures for

Diseases of Penaeid Shrimp. Baton Rouge, LA, USA: World Aquaculture

Society.

Lio-Po, G. D. dan Inui,Y. 20114. Healt Management in Aquaculture Second

Edition. Shouthes Asian Fisheries Development Center, Aquaculture

Department.

Maftuchat, 2014. Pemantauan Penyakit White Spot Syndrome Virus (WSSV) pada

Udang Windu Penaeus Monodon. Jurnal Akuakultur Indonesia. Institute

Pertanian Bogor.

Mahardika K., Zafran dan I. Koesharyani. 2004. Deteksi White Spot Syndrome

Virus (WSSV) Pada Udang Vannamei(Penaeus vannamei) di Bali dan

Jawa Timur Menggunakan Metode Polymerase Chain Reaction (PCR).

Jurnal Penelitian Perikanan Indonesia, 10 (1): 55-60.

Martosudarmo dan Wulani. 1993. Petunjuk Pemeliharaan Kultur Murni dan

Massal Mikroalga. Proyek Pengembangan Budidaya Udang Situbondo.

Situbondo.

Meng, Xian Hong, Qing-YinWang, Jie Kong, Kun Luo, Sheng Luan,Qing-Wen

Zhang, Ning Liu, Baoxiang Cao. 2011. Tolerance of Fenneropenaeus

Chinesis “Huanghai” No.2 to White Spot Syndrome Virus. Journal of

Sellfish Research vol 30: 375-380

57

Moh., Nazir. 1999. Metode Penelitian. Cetakan Ketiga, Jakarta, Ghalia Indonesia.

Nunan, L.M. and D.V. Lightner, 2011. Optimized PCR assay for detection of White

Spot Syndrome Virus. Journal of Virological Methods 171: 318-321

Rahman, M.M., M. Corteel, C.M. Escobedo-Bonilla, M. Wille, V. Alday-Sanz &

M.B. Pensaert, 2007. Virulence of white spot syndrome virus (WSSV)

isolates may be correlated with the degree of replication in gills of

Penaeus vannamei Juveniles. Dis Aquat Organ, 79(3): 191-198.

Soetomo, M. H. A. 2000. Teknik Budidaya Udang Windu. Sinar Baru Algensindo.

Bandung

Sugiyono. 2011. Metode Penelitian Pendidikan. Alfabeta, Bandung.

Sugiyono. 2012. Metode penelitian kuantitatif,kualitatif dan R&D. Alfabeta.

Bandung.

Tang , K.F.J dan Lightner, D.V. 2000. Quantification Of White Spot Syndrome

Virus DNA Through a Competitive Polymerase Chain Reaction.

Aquaculture 189: 11-12

Tsai.Shinn S, Hsieh, Chia Y.Hsieh, Po C. Chuang, Li C. Chen, Chien Tu, Maw S.

Chien, Kwo C. Huang, Hui F. Kao, Ming C. Tung. 1999. Shrimp

Pathology Course. Department of Veterinasy Science, University of

Arizona.

Waluyo, 2012. Deteksi Virus WSSV (White Spot Syndrome Virus) Pada Udang

Windu (Penaeus Monidon) dan Vektor di Areal Pertambakan Sorong

Wyban, J. W & Sweeney, J.N. 1991. Intensive Shrimp Production Technology.

The Oceanic Institute Shrimp Manual. Honolulu, Hawai, USA. 158

halaman.

Yuwono, T. 2006. Bioteknologi. Gadjah Mada University Press. Yogyakarta