Agents infectieux et ecologie microbienne - IFSI DIJON · 5 Micro-organisme pathogène MO capable...
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Hygiène hospitalière
Agents infectieux et écologie microbienne
IFSI
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1- Agents étiologiques- Bactéries- Virus- Champignons- Parasites- ATNC
5- Portes d’entrée- orifice naturel- effraction du revêtementcutanéo-muqueux
6- Hôte réceptif- moyens de défense de l’organisme
3- Portes de sortie- produits biologiques- peau, muqueuses- plaies
2- Réservoirs- animés- inanimés
Chaîne épidémiologique
4- Modes de transmission- contact
• cutané• sexuel• …
- oral- vecteur- perinatal
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Agents infectieux
Bactéries Virus
ParasitesChampignons
ATNC
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Agents infectieux
� Bactérie : unicellulaire, procaryote, chromosome unique, taille= micron
� Virus : un seul acide nucléique (ADN ou ARN) dans une coque (capside), taille= nanomètre
� Parasite : uni ou pluri-cellulaire organisé, eucaryote (mb. nucléaire)
� Champignon : eucaryote, reproduction: spores
� Prion : Agent Transmissible Non Conventionnel (ATNC) lié à une protéine modifiée, résistance physico-chimique ++
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Micro-organisme pathogène
� MO capable de provoquer une infection� Naturellement agressif pour l’homme� Provoque des lésions chez l’individu sain� Provoque des infections caractéristiques
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Le pouvoir pathogène varie selon
� Le MO lui-même � L’espèce animale
- Toutes les espèces ?- Uniquement chez l’homme ? Ex : palu Toujours
pathogène ? Ex : rage
� De l’inoculum (quantité)� Des défenses de l’hôte
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Micro-organisme opportuniste
� Non pathogène pour l’homme sain� Profite d’une situation particulière pour
proliférer
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Les bactéries
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Bactéries
Souvent capables de se multiplier dans des milieux inertes
Réservoir humain ou environnemental
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1010
Les bactéries peuvent être
� Saprophytes :
- Vivent dans le milieu extérieur
- Opportunistes
- Ex : Pseudomonas, Acinetobacter
� Commensales :
- Appartiennent à la flore de l’homme
- Ex : Escherichia coli, staph blanc
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Propriétés des bactéries
� Capacité à résister aux agressions de l’environnement et à se multiplier, y compris dans les milieux inertes
� Capacité à acquérir des résistances� Capacité d’adhérer à certains matériaux
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Propriétés des bactéries
� Mb + chromosome + structures facultatives
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Bactéries: structures facultatives
� Paroi: enveloppe, propriétés antigéniques
� Capsule: rôle de défense, facteur de virulence
� Flagelles: bactéries mobiles
� Pilis� Communs : rôle dans l'adhésion aux épithéliums et
dans la mobilité
� Sexuels : rôle dans les contacts interbactériens au cours de la conjugaison
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Bactéries: structures facultatives
� Plasmides� Petites molécules d’ADN, réplication indépendante du
chromosome� Peuvent se propager d'une bactérie ou d’une espèce
à une autre� Peuvent porter des gènes de virulence (souches
pathogènes) ou de résistance aux antibiotiques/antiseptiques (souches multirésistantes)
� Peuvent porter des gènes métaboliques favorisant l'implantation de la bactérie dans un milieu particulier
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Bactéries: structures facultatives
� Spores� produites par les bacilles Gram+ essentiellement � pour résister à des conditions de vie défavorables
(manque de nutriments, θ trop élevée, salinité...)� Forme de résistance : repos cellulaire, déshydratation,
résistance +++ dans l’environnement (+ résistance aux acides, bases, UV, antibiotiques…)
� Sporulation: passage de la forme végétative à la spore
� Germination: transformation de la spore en bactérie active
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Bactéries: Croissance bactérienne
� Nutriments (compétition)
� Pression partielle d’O2: bactéries aérobies, anaérobies, aéro-anaérobies facultatives
� PH: bactéries acidophiles, alcalophiles
� Pression osmotique (bactéries assez résistantes aux variations)
� Métabolisme
� Fermentatif : dégradation du glucose incomplète, formation de divers composés organiques
� Respiratoire: métabolisme oxydatif
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Bactéries: Croissance bactérienne
� Température:
� Bactéries mésophiles (Ex: Escherichia coli) : θ de croissance proche de celle du corps humain (37°C)
� Bactéries thermophiles (Ex: Thermus aquaticus) : θ de croissance comprises entre 45°C et 70°C .
� Bactéries hyperthermophiles (Ex: Archaea): θ de croissance >80°C .
� Bactéries psychrophiles : θ proches de 0°C (optimum: 10-15°C).
� Bactéries psychrotrophes (Ex: Pseudomonas) : θ de croissance proches de 0°C avec optimum de croissance proche des bactéries mésophiles.
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Bactéries: Croissance bactérienne
� Effets:� Milieux liquide: trouble� Milieu solide: boites de
Pétri: colonies
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2020
Propriétés des bactéries� Microscope optique : examen à l’état frais: mobilité,
forme� examen après coloration : GRAM (fonction de composition de la
paroi)
� Trois formes de base : sphérique, cylindrique, hélicoïdale� Forme sphérique: cocci
� Mode de division → groupements typiques � en chaînette (streptocoques),
� en grappe de raisin (staphylocoques),…
� Forme cylindrique ou bacillaire
� Forme hélicoïdale : spirochètes
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2222
Pouvoir pathogène
� Multiplication des bactéries dans les tissus
� Elaboration de toxines
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2323
Pouvoir pathogène
� Multiplication des bactéries dans les tissus� capsule empêchant la phagocytose: pneumocoque
� production d’enzymes: � Ex: staphylocoque doré: coagulase +: formation d’un caillot
empêchant la phagocytose
� production de gaz: anaérobies, gangrène gazeuse
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2424
Pouvoir pathogène
� Elaboration de toxines� Exotoxines: secrétée par la bactérie, pouvoir toxique
très élevé, différents modes d’action� Exemples: Diphtérie, Tétanos, Botulisme
� Antitoxine: anticorps fabriqués (sérum antitétanique)
� Anatoxine: toxine détoxifiée (vaccin antitétanique)
� Endotoxines: partie du corps bactérien (paroi G -), libérée lors de la lyse bactérienne
� Exemples: fièvre typhoïde, chocs septiques
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2525
ENP 2012 : Principaux micro-organismes isolés d’IN (N=12 581)
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2626
Principaux micro-organismes
ENP 2012
E coli++Infections urinaires S aureus ++
Infections site opératoire
Pyo (P aeruginosa)
Infections pulmonaires34%
45%
11%
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2727
Légionelle
� Legionella pneumophila� « maladie des légionnaires » → légionellose
� Réservoir : réseau d’eau chaude sanitaire, TAR, bain à remous, aérosols, fontaines décoratives
� Transmission par inhalation d’aérosols
� Pas de transmission inter-humaine
� Immunodéprimés++ (ou inoculation massive)
CDC/Dr. Edwin P. Ewing, Jr.
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2828
Légionelle : déterminants de leur prolifération
� Température entre 25 et 45°C� Eau stagnante (bras mort, arrêt prolongé des
installations)� Certains matériaux� Dépôts calcaires� Biofilm et état des surfaces� Transmission:
� Aérosols� Pas de transmission interhumaine
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2929
Légionelle : clinique
� Fièvre de Pontiac :- Incubation courte (1-3 jours)
- Syndrome grippal
- Guérison spontanée en qq jours
� Maladie des légionnaires :- Incubation 2-10 jours
- Malaise général, PNP, troubles de la conscience, troubles digestifs
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3030
Légionelle : prévention
� Bonnes pratiques d’entretien des réseaux d’eau chaude sanitaire et des installation à risque
� Eliminer les conditions favorables à la survie des légionelles : retrait des bras morts et des points d’eau très peu utilisés, purge, lutte contre l’entartrage et la corrosion, lutte contre le biofilm, suivi et maîtrise des températures, détartrage des robinetteries…
� Surveillance: microbiologique, θ, chloration
� Mesures correctrices: désinfection, filtration…
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3131
Clostridium difficile
� Germe sporulé� De 15 à 25% des diarrhées post Ab� 1ère cause de diarrhées infectieuses
nosocomiales chez les adultes (70%)� Résistance dans l’environnement (spores)
� Hygiène des mains : Inefficacité des SHA� Bionettoyage +++ (Javel)
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3232
BMR: bactéries multirésistantes
� Bactéries résistances à plusieurs familles d’Ab
� Mécanisme de résistance- INNE : R naturelle. (identification)- ACQUISE : modifications génétique.
(marqueur épidémiologique)⇒ Echec thérapeutique
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3333
BMR
� Plus fréquentes dans les infections associées aux soins par rapport aux infections communautaires
� Généralement pas plus pathogènes mais plus difficiles à traiter
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3434
Résistances
� Naturelle� touche toutes les bactéries de l’espèce
considérée� stable, transmise à la descendance
(chromosome)� pas ou peu transmissible sur un mode
horizontal
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3535
Résistances
� Acquise� modification du capital génétique de la bactérie � permet de tolérer une concentration d’AB élevée � ne concerne que quelques (ou nombreuses) souches
d’une espèce donnée� moins stable mais propagation importante→ comportement d’une souche isolée vis-à-vis des AB
devenu non prévisible (antibiogramme)
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3636
Résistances acquises
� Résistance chromosomique� Mutation: phénomène rare du au hasard, non provoqué par l’AB
� Mais l’AB sélectionne les mutants résistants (survie)
� Caractère permanent, transmissible aux bactéries filles
� Probabilité faible de 2 mutations simultanées : associations d’AB
� Mutation protéine structurale ou enzymatique → «défavorisée»en l’absence d’AB
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3737
Résistances acquises
� Résistance plasmique� Synthèse de protéines additionnelles et non modification
structurelle de la bactérie
� Plasmides conjugatifs ou mobilisables : transfert horizontal «contagieux»
� Gènes non induits par les AB mais bactéries porteuses sélectionnées
� Souvent multiples gènes de résistance : un seul AB va sélectionner des bactéries multirésistantes
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3838
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3939
BMR: conséquences
� Prescriptions accrues des antibiotiques àlarges spectres (actifs sur beaucoup de germes) et coûteux
� Charges de soins plus lourdes� Prolongation des durées de séjours� Augmentation globale des coûts de prise
en charge
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4040
D ’où viennent les BMR ?
� Consommation d’antibiotiques: sélection
� Transmission inter-individuelle des souches résistantes� Non respect des précautions d’hygiène lors
des soins facilite la transmission des BMR� Manuportage +++
� Supports inertes
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4141
BMR
Prévention :
� Bon usage des ATB� Lutte contre les transmissions croisées
� Surveillance, signalement � Précautions standards et complémentaires
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4242
BMR: mécanismes de résistance
� Inactivation: Lyse des ATB (enzymes)� Imperméabilisation de la membrane (porines) � Modification de la cible, � Efflux actif
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Inactivation: lyse
4343
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Imperméabilisation
4444
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Modification de la cible
4545
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Efflux
4646
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4747
Principales BMR en Europe� Principales espèces bactériennes :- Staphylococcus aureus- Escherichia coli- Klebsiella pneumoniae- Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium- Pneumocoque- Pseudomonas aeruginosa- Acinetobacter baumannii
(Stahl, 2006)
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4848
Staphylococcus aureus
SARM (Staphylococcus aureus résistant à la méticilline)
� Portage fréquent (cutané, ORL, selles secondairement)
� Pouvoir pathogène élevé, pathogène opportuniste
� Site : ISO, cutanéo-muqueux, respiratoire…
� Epidémie ancienne (1970), diminution de l’incidence
� Fréquence élevée en France
� Impact en infectiologie communautaire
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4949
SARM
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5050
Entérobactéries BLSE/ Béta-lactamase à spectre élargi
� 2ème BMR la plus fréquente pour les IN� Incidence en augmentation� Jusqu’à présent rare dans les infections
communautaires mais actuellement E Coli BLSE émergent
� Portage digestif +++� Pouvoir pathogène important� Résistance plasmidique
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5151
Pseudomonas aeruginosa
� Fréquent� Mécanisme divers� Actuellement : souche « toto-résistante »
signalée =>surveillance� Infection urinaire ++, infection pulmonaires++ � Environnement : eau du réseau, siphons des
lavabos, des baignoires, porte-savons, solutions d’antiseptique, instruments contaminés…
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5252
Acinetobacter baumannii� Ubiquitaire (sols, eau, animaux, humains)� 5% de résistance au Tienam en France
� Risque d’impasse thérapeutique
� Survie prolongée dans l’environnement� Pneumopathies, bactériémies� Endémies + épidémies
� Réa+++
� Pathol sous-jacentes
CDC/ Matthew J. Arduino, DRPH; Janice Carr; Jana Swenson
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5353
Entérocoques résistants aux glycopeptides (ERG)
� ERG ou ERV (R vancomycine):- Pas plus pathogène que ESG- Mais attention si transfert de résistance vers le SARM
� Enterocoques :- E. faecalis et E. faecium- Commensaux habituels du tube
digestif, contamination plaies- Environnement contaminé (mains,
surfaces, DM…)- Faible virulence
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5454
ERG
� Transmission� Fécale-orale+++� Directe ou indirecte (mains, environnement)� Facilitée par diarrhée, incontinence,
suppurations
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5555
ERG: facteurs de risque
�� Liés à l’hôte :• Statut immunitaire• Âge• Tares sous-jacentes (transplantés, hémodialysés, etc.)• Exposition aux antibiotiques (C3G, vancomycine)• Hospitalisation multiple, durée de séjour importante
� Liés à l’environnement :• Proximité avec un patient porteur• Services à haut risque : néphrologie-hématologie, USI,
hématologie• Pression antibiotique (C3G, vancomycine)
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5656
ERG : enjeux
� USA : décrites en 1990, devenues endémiques dans les hôpitaux=>
28% de souches résistantes en 2003, 3ème rang des BMR dans les USI
- Echec du contrôle attribué à la diffusion de recommandations trop tardives & à la difficulté de les appliquer uniformément dans tous les ES
� France: résistance à la vancomycine stable < 2%. - Peu d’infections, plutôt portage MAIS
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5757
ERG : enjeux
� Emergence des infections à ERG en France� signalements de ERG � depuis le 1er
semestre 2004� épidémies hospitalières d’ampleur inhabituelle
⇒ Recommandations spécifiques, basées sur principes classiques de maîtrise des BMR
⇒ Alerte nationale
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5858
ERG : enjeux
� Enjeux:� Eviter la diffusion de ce pathogène� Limiter le transfert de la résistance aux GP
vers le SARM� Préserver l’arsenal thérapeutique
→ Vigilance et alerte, cohorting, dépistage des sujets contacts
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5959
Entérobactéries productrices de carbapénèmases (EPC)
� Diffusion essentiellement hospitalière� Présentes dans des souches multirésistantes
� Infections à EPC difficiles à traiter (impasse thérapeutique)
� Rapatriés sanitaires
→ Vigilance et alerte, cohorting, dépistage des sujets contacts
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6060
Rapatriés sanitaires
� Risque de bactérie hautement résistante (EPC, ERG)
� Précautions à mettre en place dès l’arrivée� Dépistage
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6161
BMR en ville
� SARM� Entérobactéries BLSE� Streptocoque A (intérêt TDR)� Pneumocoque
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6262
Dépistage des BMR
� Circonstances:� Bénéfice individuel
� Avant chirurgie, immunodéprimés � Antibioprophylaxie
� Immunodéprimés, réanimation� Antibiothérapie orientée en cas d’infections secondaire
� Information patients
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6363
Dépistage des BMR
� Circonstances:� Bénéfice collectif
� Cadre défini par l’établissement : endémies: réa…� Adapté aux recommandations� Et à l’écologie des services� Priorités en fonction des services et des germes� Décision collégiale d’établissement
� Rapatriés sanitaires � Epidémies� Germes hautement résistants
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6464
Dépistage des BMR
� Intérêts:� En « routine »
� Mise en place d’isolements: prévenir transmission� Connaître la pression de colonisation� Repérer une bouffée épidémique� Lever l’isolement
� Epidémies� Surveillance des cas contacts pour certaines BMR� Enquête, maîtrise épidémie, efficacité des mesures
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6565
Quels germes?
� Germes commensaux présents en quantitéimportante Ex: EBLSE� Facilement transmissibles� Portage long� Conséquences en terme de morbidité� Infections difficiles à traiter� Risque de diffusion de la résistance
� Germes avec transmission croisée importante: ex: SARM
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6666
![Page 67: Agents infectieux et ecologie microbienne - IFSI DIJON · 5 Micro-organisme pathogène MO capable de provoquer une infection Naturellement agressif pour l’homme Provoque des lésions](https://reader031.fdocuments.net/reader031/viewer/2022022019/5b957a4c09d3f272648cab9e/html5/thumbnails/67.jpg)
6767
ChampignonsChampignons
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6868
Les champignons
� 2 formes:� Filamenteux: pluricellulaires
� Levures: unicellulaires
� Réservoir humain ou environnemental� Pathogènes opportunistes� Ex : Candida, Aspergillus, Cryptocoque…
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6969
Aspergillus
� Champignon filamenteux� Opportuniste� Spores : organes de résistance et de
dissémination� Exposition humaine permanente : inhalation
�� Pas de transmission interhumaine � A. fumigatus : 90 % des cas d’aspergillose
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7070
Impact des travaux
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7171
![Page 72: Agents infectieux et ecologie microbienne - IFSI DIJON · 5 Micro-organisme pathogène MO capable de provoquer une infection Naturellement agressif pour l’homme Provoque des lésions](https://reader031.fdocuments.net/reader031/viewer/2022022019/5b957a4c09d3f272648cab9e/html5/thumbnails/72.jpg)
7272
Mesures préventives
� Traitement de l’air: filtres (+renouvellement)
� Surpression� Isolement protecteur� Bionettoyage
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7373
Mesures préventives
� En cas de travaux, quelques règles obligatoires àrespecter :� Portes fermées� Masque pour le patient (voir avec le médecin)� Linge mouillé(solution dD) au bas des portes� Protection du matériel� Il n’y a pas de petits travaux car toute poussière peut
contenir de l’aspergillus� Fenêtres fermées pendant les travaux extérieurs (++
si vent, temps sec)
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7474
Candida
� Levure
� Candida albicans +++
� Flore naturelle résidente de la cavitébuccale ou de l’ensemble du tube digestif
� Mycoses systémiques et superficielles
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7575
Virus
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7676
Les virus
� Ne se multiplient qu’à l’intérieur des cellules vivantes: parasites intracellulaires= Ne peuvent pas se répliquer seuls
� Structure particulaire≠cellule
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7777
Les virus
� Un seul type d'acide nucléique (ADN ou ARN) : constitue le génome viral
� Reproduction par réplication du génome� 2 éléments constants et obligatoires :
� Génome: ADN ou ARN� Capside: coque de nature protéique
� entoure le génome et est capable d'assurer sa protection et sa survie dans le milieu extérieur.
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7878
Les virus
� Virus nus (sans enveloppe)� Virus enveloppés
� Enveloppes souvent très sensibles aux actions physico-chimiques, des solvants des lipides (éther++), aux détergents, aux sels biliaires, aux variations de pH.
� Exceptions: ex: VHB
� En général: constituants de la cellule hôte� + constituants codés par le génome viral (spicules)� Thermosensibilité
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7979
Principaux virus
-Herpès virus : HSV1, HSV2, VZV,
EBV, CMV-Papillomavirus : HPV
- Adénovirus-Hépadnavirus : VHB
-…
- Orthomyxovirus : grippe- Paramyxovirus : rougeole, oreillon,
Parainfluenza, VRS-Réovirus : rotavirus
- Calicivirus : Norovirus, VHE-…
Virus à ADN Virus à ARN
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8080
Survie des virus
Papier/tissu Drap Peau
VRS 30-45 min 1-2h 20 min
Influenza A 8-12h 8-12h 5 min
Herpes simplex 4h 4h 2-3h
Ref. : Denis F. HygieneS 2003
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8181
![Page 82: Agents infectieux et ecologie microbienne - IFSI DIJON · 5 Micro-organisme pathogène MO capable de provoquer une infection Naturellement agressif pour l’homme Provoque des lésions](https://reader031.fdocuments.net/reader031/viewer/2022022019/5b957a4c09d3f272648cab9e/html5/thumbnails/82.jpg)
8282
Temps
Début Signes cliniques Guérison
Mise en
Isolement
Contamination
Incubation
Période d’infectiosité
LevéeIsolement
Volume excrétion virale en fonction du temps (distribution bimodale)
Acmé infection
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8383
Charge virale (« excrétion ») et produits biologiques
Virus Produits biologiques Concentration
Rotavirus Selles 10(8)-10(11)/ml
VHA Selles 10(3)-10(6)/ml
VHB Sang 10(6)-10(9)/ml
Influenza Sécrétions nasopharyngées
10(4)-10(8)/ml
Ref. : Denis F. HygieneS 2003
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8484
VRS
� Virus respiratoire syncitial� Bronchiolites� Transmission directe ou indirecte� Porte d’entrée : conjonctive, muqueuse
nasale� Survie : 30 min sur mains, 2 h sur gants,
6-7 h sur surfaces non poreuses
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8585
Virus Influenza: virus de la grippe
� Pandémies ou épidémies saisonnières (hiver)
� Forte influence des conditions météorologiques, froid et humidité
� Mortalité élevée chez les sujets dénutris
� Morbidité accrue chez les femmes enceintes
� Survenue de pneumopathies et d’épistaxis
� Projections de gouttelettes
� Vaccin
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8686
Influenza
� 2 formes mortelles habituellement décrites :� infection fulminante: surinfection du virus
grippal par lui-même, touche plus le sujet jeune
� immunodépression induite → surinfections bactériennes graves: HaemophiliusInfluenza++.
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8787
Norovirus
� Transmission oro-faecale� Vomissements +++� Réservoir : aliments, eau, surfaces, objets
contaminés…� Peut persister 21-28 jours dans
l’environnement� Résistant à de nombreux biocides (dont
ammoniums quaternaires)
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8888
Rotavirus
� Gastro-entérite ++� Dose excrétée importante� Dose infectante faible� Pédiatrie
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8989
Hépatites virales
� Hépatite B, C (sang), parfois hépatite A (féco-orale)
� exposition au sang : polytransfusés, hémophiles, hémodialysés …
� endoscopie, chirurgie, dialyse … incriminés pour hep B et C (problème de décontamination du matériel)
� formes aiguës et chroniques
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9090
Les parasites
� Réservoir humain ou environnemental� Ectoparasites: Pediculus, sarcoptes scabei,
puces
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9191
� Réservoir : homme +++ environnement (literie, linge, vêtement…)
� Contagiosité ++� Inefficacité des SHA
Parasites : Sarcoptes scabiei(gale)
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9292
Les ATNC� Agents transmissibles non conventionnels:
protéine: prions� Encéphalopathie subaiguë spongiforme
transmissible (MCJ)� Procédés d’inactivation particuliers
CDC: lésions spongieuses-cerveau d’un patient atteint de MCJ
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9393
ATNC : Evaluation du niveau de risque
� Des patients :- Patient sans caractéristiques particulières- Patient atteint ou suspect: « présence, d'apparition
récente et d'évolution progressive sans rémission, d'au moins un signe clinique neurologique associé à des troubles intellectuels ou psychiatriques et après élimination de toute autre cause »
� « Le diagnostic ne peut être confirmé que sur les résultats d’un examen neuropathologique. »
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9494
ATNC : Evaluation du niveau de risque
� De l’acte :- Tissus infectieux : SNC (dont hypophyse,
dure-mère, LCR), rétine, nerf optique, muqueuse olfactive, formations lymphoïdes.
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9595
Ecologie microbienne
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9696
Réservoir humain
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9797
Flore commensale : être humain� 1013 cellules, 1014 micro-organismes associés
� > 500 espèces différentes (bact, levures…)
� Rôle protecteur contre l’infection ++
� Barrière mécanique, compétition
� Stimulation immunité
� Symbiose: ex: flore intestinale
� Une partie potentiellement pathogène
� infection chez cert. personnes ou dans certaines conditions
� Desquamation
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9898
Cuir chevelu propre
Salive
Aisselle
Tube digestif
10 millions bact/cm2
100 millions bact/ml
1 million bact/cm2
100 millions bact
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9999
Flore transitoire
� Micro-organismes se trouvant momentanément sur la peau et les muqueuses mais qui n’y adhèrent pas, ne s’y implantent pas
� Provient de l’environnement ou du contact avec d’autres sujets
� Principale cause des infections croisées
� S’élimine plus facilement
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100100
Variation de la composition des flores commensales
� Quantitatives et qualitatives, en fonction de conditions locales, facteurs généraux (âge), régime alimentaire, environnement
Exemples: � Flore bucco-pharyngée: caries (lactobacillus), au cours de la
journée
� Flore intestinale: Nourrisson nourrit au sein: BifidobactériesAdulte mangeant beaucoup de viande: BG-Adulte végétarien: BG+
� Portage sain de BMR en milieu hospitalier, chez certains éleveurs…
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101101
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102102
Flore intestinale commensale
�Flore intestinale normale : 1012 micro-organismes
� Flore dominante : 99% de la flore fécale� Anaérobies (Bacteroïdes, Clostridium, …)
� Aéro-anaérobies (E. coli , entérocoques)
� Flore sous-dominante :� Klebsiella, Proteus, Citrobacter
� Flore transitoire : � Pseudomonas, staphylocoque, candida
�Ecosystème en équilibre = barrière
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103103
Flore intestinale hospitalière� Modifications de la flore
� Stase intestinale� Diminution de l’acidité gastrique� Diminution du péristaltisme� Antibiotiques
� Conséquences� Implantation d’une flore hospitalière (flore
endogène secondaire)
� Espèces résistantes aux antibiotiques� Réservoir (« péril fécal »)
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104104
Flore cutanée commensale
� Flore normale: 10²-106/cm² (zones sèches, humides)� Flore résidente :
� Staphylocoques à coagulase négative� Micrococcus� Propionibactéries� Corynebactéries� S. aureus : 15-20% dans la population (fosses nasales, peau)� Parfois Acinetobacter…
� Flore transitoire :� Entérobactéries� Pseudomonas sp. …
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105105
Flore cutanée hospitalière
� Modifiée par :� Manuportage� Antiseptiques� Antibiotiques
� Bacilles à gram négatif (plaies, zones humides)� Espèces résistantes :
� SARM� Acinetobacter� Pseudomonas� SCN MR
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106106
Réservoir environnemental
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107107
Réservoir environnemental
- Environnement général : • Air (ex : Aspergillus), • Eau: propres, stagnantes, usées, siphons, vases,
robinets… (ex : légionelle)• Terre (ex: tétanos)• Aliments (ex : Salmonelles)
- Environnement et proximité du malade : DM, objets, sols
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108108
Risques infectieux liés àl’environnement à l’hôpital
� Transmission aérienne
� Transmission d’un réservoir d’eau
� Légionelle, Pseudomonas
� Antiseptiques contaminés
� Pyo, Serratia marcescens,
Stenotrophomonas maltophilia
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Risques infectieux liés àl’environnement à l’hôpital
� Insuffisance de désinfection du matériel
� Insuffisance dans la réalisation des soins� Hygiène défectueuse des mains
� Asepsie insuffisante
� Non respect des protocoles de soins
� Mauvaise organisation
� Insuffisance dans l’entretien des locaux� Non respect des protocoles d’entretien
� Mauvaise utilisation des produits
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110110
Prélèvement de surface de boutons scope
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111111
Prélèvement de surface du bouton de validation d ’un pousse seringue
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112112
Prélèvement de la paume d ’une main après bionettoyage
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113113
Micro-organisme(patient, personnel, environnement)
Survie dans l’environnement
Mode de transmission
Sujet: patient, personnel
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114114
Susceptibilité microbienne
Virus enveloppés (VIH, VHC, herpès)
Cocci, Bacilles Gram + (S.aureus, Enterocoques)
Gros virus non enveloppés (entérovirus)
Champignons, levures (Candida, Aspergillus)
BGN (Pyo)
Petits virus non enveloppés
Mycobactéries (BK)
Spores
Prions
R
E
S
I
S
T
A
N
C
E
Russel, 1997
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115115
Survie des micro-organismes dans l’environnement
� Elle dépend :- Du germe- De l’inoculum- Du support
→ Importance de désinfecter l’environnement
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116116
SurvieAgents Survie
Salmonelle 2-3 mois
Shigelle 1 mois
BK Qq mois
Staph aureus, A baumanii Plusieurs semaines
C. difficile Plusieurs mois
Herpès 4 h (draps, tissu, papier)
Rotavirus Plusieurs jours
VRS 6 heures (draps : 1-2h)
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Adaptation des bactéries àl’environnement
� Sélection des bactéries par la pression de sélection liée à l’environnement, à l’utilisation de désinfectants…
� Adhésion bactérienne grâce à un réseau fibrillaire d’exopolymères de nature essentiellement polysaccharidique: glycocalyxqui favorise l’adhésion de nouvelles bactéries et protège du milieu extérieur: biofilm
![Page 118: Agents infectieux et ecologie microbienne - IFSI DIJON · 5 Micro-organisme pathogène MO capable de provoquer une infection Naturellement agressif pour l’homme Provoque des lésions](https://reader031.fdocuments.net/reader031/viewer/2022022019/5b957a4c09d3f272648cab9e/html5/thumbnails/118.jpg)
Biofilm
Source : La Recherche 2005; (389):42-43
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Biofilm
� Concerne l’environnement (surfaces, eau) mais aussi les dispositifs médicaux (cathéters, dispositifs implantables, lentilles de contact…)
� Adhésion des bactéries favorisées par certaines surfaces (rugueuses par ex)
![Page 120: Agents infectieux et ecologie microbienne - IFSI DIJON · 5 Micro-organisme pathogène MO capable de provoquer une infection Naturellement agressif pour l’homme Provoque des lésions](https://reader031.fdocuments.net/reader031/viewer/2022022019/5b957a4c09d3f272648cab9e/html5/thumbnails/120.jpg)
Présence dans l’eau potable de certains germes
� Pseudomonas sp et apparentés� P. aeruginosa, B. cepacia, S. maltophilia,
Alcaligenes…� Legionella sp� Mycobactéries atypiques
� M. xenopi…� Clinique du sport
� Autres� Acinetobacter sp, Aeromonas hydrophila…
![Page 121: Agents infectieux et ecologie microbienne - IFSI DIJON · 5 Micro-organisme pathogène MO capable de provoquer une infection Naturellement agressif pour l’homme Provoque des lésions](https://reader031.fdocuments.net/reader031/viewer/2022022019/5b957a4c09d3f272648cab9e/html5/thumbnails/121.jpg)
IN « hydriques » : exposition et transmission
� Circonstances d’exposition� Toilette: Douche, bain� Alimentation: Eau, glace� Matériel contaminé lors du rinçage avec de l’eau
contaminée� Endoscopie� Matériel d’assistance respiratoire� ...
� Transmission� Aérosols, ingestion orale, manuportage…
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Risques liés à l’eau à l’hôpital
Essentiellement microbiologiques� Gravité et type d’infection fonction:
� De la voie d’exposition� Boisson: Infections et toxi-infections alimentaires
� Aérosol: Legionella, Actinomyces…� Contact cutanéo-muqueux: Pseudomonas� Accès parentéral (dialyse) : Pseudomonas, Aeromonas…
� Du micro-organisme et de la dose
� Du statut immunitaire du patient
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123123
1- Agents étiologiques- Bactéries- Virus- Champignons- Parasites- ATNC
5- Portes d’entrée- orifice naturel- effraction du revêtementcutanéo-muqueux
6- Hôte réceptif- moyens de défense de l’organisme
3- Portes de sortie- produits biologiques- peau, muqueuses- plaies
2- Réservoirs- animés- inanimés
Chaîne épidémiologique
4- Modes de transmission- contact
• cutané• sexuel• …
- oral- vecteur- perinatal
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� Maladies ‘ouvertes’
Evasion spontanée du MO (urines, selles…)
⇒ contamination de l’environnement et d’autres individus
� Maladies ‘fermées’Le MO n ’est pas
excrété naturellement => intervention d ’un vecteur- inanimé (aiguille)- animé (insectes, ex : paludisme)
Porte de sortie
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Maladies ‘ouvertes’ =>porte de sortie du MO
� Voie respiratoire : élimination des MO des muqueuses respiratoires (nez, pharynx, bronche, poumon)
� Voie digestive : matières fécales
� Voies urinaires
� Lésions cutanéo-muqueuses ouvertes (lésions ulcérées, croûteuses, des fistulisations d’abcès
profonds qui extériorisent le MO etc... )
Mode de transmission
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� transmission directe
(infections ouvertes)
- aéroportée (salive, gouttelette de Pflügge)
- manuportée (péril fécal, mains sales)
- contact direct (MST, accouchement)
� transmission indirecte
(infections ouvertes ou fermées)
- Par l’intermédiaire de l’environnement ou d’un un vecteur
Mode de transmission
Particularités IN : importance de la transmission croisée, et du manuportage
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Mode de transmission
� Gouttelettes � Particules de grande taille projetées
� Habituellement sur une courte distance ∼ 1m,� Possible à 2-3 m en fonction de divers facteurs � Emises lors de éternuement, toux, aspiration, bronchoscopie,
toux induite (kinésithérapie)
� Peu de temps dans l’air � Déposées sur la conjonctive, la muqueuse nasale ou
la bouche
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Mode de transmission
� Les « grosses » gouttelettes� Sédimentent rapidement� Ne sont pas considérées comme infectantes
� Gouttelettes de taille « moyenne »� Après inhalation� Sont retenues dans les voies aériennes
supérieures et éliminées localement
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Mode de transmission� Aérosols
� droplet nuclei : évaporation quasi-instantanée: résidus de gouttelettes ou des particules (poussières, squames, etc.)
� Petites particules < 5µm
Ex: tuberculose, varicelle, rougeole, aspergillose, légionellose…
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Mode de transmission
� Aérosols� Longtemps en suspension dans l’air, � Transportés sur de longues distances
au gré des mouvements aérauliques� Peuvent survivre plusieurs jours à
température ambiante� Peuvent pénétrer dans les alvéoles
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Mode de transmission
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Mode de transmission
� Masques chirurgicaux� Filtration de l’air expulsé par la bouche et le
nez de celui qui le porte
� Appareils de protection respiratoire (FFP1, FFP2, FFP3)� Protège celui qui le porte des particules
supérieures à 1 µm
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Mode de transmission
� Contact
Direct
Comprend le manuportage
ex: patient à patient ou d’un site contaminé à un autre
Indirect
Support inerte
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Mode de transmission
� Un micro-organisme peut emprunter plusieurs voies de transmission � Ex: VRS, grippe, BMR dans les secrétions
pulmonaires…: contact + gouttelettes
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Unique ou multiple� Digestive: ingestion� Respiratoire: inhalation d’aérosols contaminés� Peau, muqueuses superficielles : cutanée
(surinfection de lésion…) ou transcutanée, matériel contaminé, piqûre par arthropode (ex : maladie de Lyme due à Borrelia)
Particularités IN : voies d’entrée non naturelles avec mise en place de corps étrangers
Porte d’entrée
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� Défenses• physique : peau, cils, flux urinaire…• chimique : bile, lysosyme des larmes…• biologique : ex: flore saprophyte• immunitaire, non spécifiques et spécifiques
� Exposition aux germes
Hôte
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Hôte
� Facteurs de risque d’infection associée aux soins� Age� Durée de séjour� Patho sous jacente : diabète, néoplasies…� Traitement :
– corticoïdes, immunosupresseurs– antibiotiques
� Manœuvres invasives :– intubation– KT
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Conclusion� Bactéries
� Principales causes d’IN: E coli et autres entérobactéries, S aureus, P aeruginosa…
� Capacité d’acquisition et de transmission de résistances aux antibiotiques (plasmides++)� BMR: Rôle de:
� Consommation d’antibiotiques� Transmission croisée� Attention: rapatriés sanitaires
� Capacité de résistance dans l’environnement (sporulation en particulier ++: Clostridium difficile++)
� Faculté d’adhésion (biofilm++)
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Conclusion
� Pathogénicité (capacité à provoquer une maladie): dépend de� Micro-organisme (propriétés, virulence,
multiplication et toxines)� Inoculum� Défenses de l’hôte
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Conclusion
� Flore commensale: rôle de protection� Résidente� Transitoire: à l’origine de la transmission, s’élimine plus
facilement, cible de l’hygiène hospitalière (hygiène des mains+++)
� Modifications de la flore commensale à l’hôpital� Antiseptiques� Antibiotiques� Autres traitements (anti acides…)� Etat du patient (mobilité)� Manuportage
� Acquisition d’espèces résistantes, constitution de réservoirs de germes pathogènes
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Conclusion
� Mode de transmission: dépend� Du réservoir� Du micro-organisme
� Réservoir environnemental à ne pas négliger: � intermédiaire entre le réservoir humain et l’hôte� Source de micro-organismes pathogènes: P
aeruginosa, Legionelle, Aspergillus…