การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ...
Transcript of การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ...
![Page 1: การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ การประยุกต์ใช้โปรแกรมทาง ชีว ...nih.dmsc.moph.go.th/KM/61/8/bioinformatics3.pdfการสร้างML-tree](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042117/5e95533a8bb06766336e34f3/html5/thumbnails/1.jpg)
การวเคราะหขอมลจโนมและ
การประยกตใชโปรแกรมทาง
ชวสารสนเทศศาสตร@
ดร. สทธพร ปานเมน@
ศนยพษวทยา สถาบนวจยวทยาศาสตรสาธารณสข@RU
0043
RU0143
RU0201
RU0129
RU0150
RU0106
RU0156
RU0177RU0116
RU0183
RU0151
RU0051
RU0092
RU0146
RU0169
RU0197
RU0079
RU0147
RU0095
RU0046
RU0026
RU0041
RU0110RU0034
RU0211
RU0062
RU0047
RU0102
RU0010
RU0198
RU000
1
RU0149
RU0140
RU0153
RU0207
RU0180
RU0013RU0014
RU0131
RU0206
RU0093
RU0053
RU0148
RU0038
RU0152
RU018
5
RU0036
RU0196
RU0042
RU003
9 RU0094
RU0055
RU0044
RU0063
RU0078
RU0172
RU0204
RU0012
RU0155
RU0166RU0008RU
0025
RU0184
RU0049
RU0058
RU0107
RU0168
RU0111
RU0023
RU0037
RU0205
RU0181
RU0077
RU0056
RU0057
RU0015
RU0144
RU0161R
U0199
RU0162
RU0176
RU0097
RU0132
RU0202
RU0101
RU0139
RU0187
RU0113
RU0048
RU0163
RU0059
RU0128
RU0064RU0011
RU0003
RU0054RU0061
RU0103
RU0060
RU0186
RU0052
RU0145
RU0109RU0104
RU0045
RU0108
RU0142
RU0091
RU0167
RU0203
RU0105
RU0035
RU018
2
![Page 2: การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ การประยุกต์ใช้โปรแกรมทาง ชีว ...nih.dmsc.moph.go.th/KM/61/8/bioinformatics3.pdfการสร้างML-tree](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042117/5e95533a8bb06766336e34f3/html5/thumbnails/2.jpg)
Bioinformatics @
Ø An interdisciplinary field: !
ü Computer science !
ü Statistics!
ü Mathematics!
that develops methods software tools for
understanding biological data.!
![Page 3: การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ การประยุกต์ใช้โปรแกรมทาง ชีว ...nih.dmsc.moph.go.th/KM/61/8/bioinformatics3.pdfการสร้างML-tree](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042117/5e95533a8bb06766336e34f3/html5/thumbnails/3.jpg)
Outline@
Ø Sequence analysis!
Ø Creating and presenting phylogenetic trees!
Ø CIPRES: Cyberinfrastructure for Phylogenetic
Research !
![Page 4: การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ การประยุกต์ใช้โปรแกรมทาง ชีว ...nih.dmsc.moph.go.th/KM/61/8/bioinformatics3.pdfการสร้างML-tree](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042117/5e95533a8bb06766336e34f3/html5/thumbnails/4.jpg)
Sequence analysis (1)@DNA chromatogram viewing, editing & printing @
![Page 5: การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ การประยุกต์ใช้โปรแกรมทาง ชีว ...nih.dmsc.moph.go.th/KM/61/8/bioinformatics3.pdfการสร้างML-tree](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042117/5e95533a8bb06766336e34f3/html5/thumbnails/5.jpg)
Sequence analysis (2)@
![Page 6: การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ การประยุกต์ใช้โปรแกรมทาง ชีว ...nih.dmsc.moph.go.th/KM/61/8/bioinformatics3.pdfการสร้างML-tree](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042117/5e95533a8bb06766336e34f3/html5/thumbnails/6.jpg)
Sequence analysis (3)@
![Page 7: การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ การประยุกต์ใช้โปรแกรมทาง ชีว ...nih.dmsc.moph.go.th/KM/61/8/bioinformatics3.pdfการสร้างML-tree](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042117/5e95533a8bb06766336e34f3/html5/thumbnails/7.jpg)
Sequence analysis (4)@
![Page 8: การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ การประยุกต์ใช้โปรแกรมทาง ชีว ...nih.dmsc.moph.go.th/KM/61/8/bioinformatics3.pdfการสร้างML-tree](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042117/5e95533a8bb06766336e34f3/html5/thumbnails/8.jpg)
Sequence analysis (5)@
![Page 9: การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ การประยุกต์ใช้โปรแกรมทาง ชีว ...nih.dmsc.moph.go.th/KM/61/8/bioinformatics3.pdfการสร้างML-tree](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042117/5e95533a8bb06766336e34f3/html5/thumbnails/9.jpg)
Sequence analysis (6)@
BLAST: Basic Local Alignment Search Tool @
Ø Identify a DNA or protein sequence of interest@
Ø Identify other sequences that are related to the
sequence of interest@
Ø Identify members of gene families @
Ø Use to infer function & evolutionary relationships @
Ø Go to https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi @
![Page 10: การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ การประยุกต์ใช้โปรแกรมทาง ชีว ...nih.dmsc.moph.go.th/KM/61/8/bioinformatics3.pdfการสร้างML-tree](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042117/5e95533a8bb06766336e34f3/html5/thumbnails/10.jpg)
Sequence analysis (7)@
BLAST: Basic Local Alignment Search Tool @
![Page 11: การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ การประยุกต์ใช้โปรแกรมทาง ชีว ...nih.dmsc.moph.go.th/KM/61/8/bioinformatics3.pdfการสร้างML-tree](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042117/5e95533a8bb06766336e34f3/html5/thumbnails/11.jpg)
Sequence analysis (8)@BLAST: Basic Local Alignment Search Tool @
Search nucleotide database using nucleotide
sequence!
Search protein databases using a translated
nucleotide query !
search all six reading frame of nucleotide sequence
database using protein sequence !
search protein database using the protein sequence !
![Page 12: การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ การประยุกต์ใช้โปรแกรมทาง ชีว ...nih.dmsc.moph.go.th/KM/61/8/bioinformatics3.pdfการสร้างML-tree](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042117/5e95533a8bb06766336e34f3/html5/thumbnails/12.jpg)
Sequence analysis (9)@BLAST: Basic Local Alignment Search Tool @
![Page 13: การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ การประยุกต์ใช้โปรแกรมทาง ชีว ...nih.dmsc.moph.go.th/KM/61/8/bioinformatics3.pdfการสร้างML-tree](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042117/5e95533a8bb06766336e34f3/html5/thumbnails/13.jpg)
Sequence analysis (10)@BLAST: Basic Local Alignment Search Tool @
![Page 14: การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ การประยุกต์ใช้โปรแกรมทาง ชีว ...nih.dmsc.moph.go.th/KM/61/8/bioinformatics3.pdfการสร้างML-tree](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042117/5e95533a8bb06766336e34f3/html5/thumbnails/14.jpg)
Sequence analysis (11)@Sequence and alignment using Geneious @
![Page 15: การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ การประยุกต์ใช้โปรแกรมทาง ชีว ...nih.dmsc.moph.go.th/KM/61/8/bioinformatics3.pdfการสร้างML-tree](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042117/5e95533a8bb06766336e34f3/html5/thumbnails/15.jpg)
Sequence analysis (12)@Genome assembly using Geneious @
![Page 16: การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ การประยุกต์ใช้โปรแกรมทาง ชีว ...nih.dmsc.moph.go.th/KM/61/8/bioinformatics3.pdfการสร้างML-tree](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042117/5e95533a8bb06766336e34f3/html5/thumbnails/16.jpg)
Sequence analysis (13)@Genome assembly using Geneious @
![Page 17: การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ การประยุกต์ใช้โปรแกรมทาง ชีว ...nih.dmsc.moph.go.th/KM/61/8/bioinformatics3.pdfการสร้างML-tree](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042117/5e95533a8bb06766336e34f3/html5/thumbnails/17.jpg)
Sequence analysis (14)@Annotate & predict using Geneious @
![Page 18: การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ การประยุกต์ใช้โปรแกรมทาง ชีว ...nih.dmsc.moph.go.th/KM/61/8/bioinformatics3.pdfการสร้างML-tree](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042117/5e95533a8bb06766336e34f3/html5/thumbnails/18.jpg)
MKNPKKKS
![Page 19: การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ การประยุกต์ใช้โปรแกรมทาง ชีว ...nih.dmsc.moph.go.th/KM/61/8/bioinformatics3.pdfการสร้างML-tree](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042117/5e95533a8bb06766336e34f3/html5/thumbnails/19.jpg)
Sequence analysis (15)@Find variations using Geneious @
![Page 20: การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ การประยุกต์ใช้โปรแกรมทาง ชีว ...nih.dmsc.moph.go.th/KM/61/8/bioinformatics3.pdfการสร้างML-tree](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042117/5e95533a8bb06766336e34f3/html5/thumbnails/20.jpg)
Sequence analysis (16)@Find variations using Geneious @
Click เพอ export & save @
![Page 21: การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ การประยุกต์ใช้โปรแกรมทาง ชีว ...nih.dmsc.moph.go.th/KM/61/8/bioinformatics3.pdfการสร้างML-tree](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042117/5e95533a8bb06766336e34f3/html5/thumbnails/21.jpg)
Sequence analysis (16)@Find variations using Geneious @
![Page 22: การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ การประยุกต์ใช้โปรแกรมทาง ชีว ...nih.dmsc.moph.go.th/KM/61/8/bioinformatics3.pdfการสร้างML-tree](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042117/5e95533a8bb06766336e34f3/html5/thumbnails/22.jpg)
Creating and presenting phylogenetic trees (1)@
PAUP* (Phylogenetic Analysis Using Parsimony
*and other methods)@
Garli: Genetic Algorithm for Rapid Likelihood
Inference@
RAxML - Randomized Accelerated Maximum Likelihood@
![Page 23: การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ การประยุกต์ใช้โปรแกรมทาง ชีว ...nih.dmsc.moph.go.th/KM/61/8/bioinformatics3.pdfการสร้างML-tree](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042117/5e95533a8bb06766336e34f3/html5/thumbnails/23.jpg)
Creating and presenting phylogenetic trees (2)@
Maximum Parsimony @
Maximum Likelihood ! Bayesian Analysis !
Tree with the @minimum number @
of changes & @BS support @
Tree with the @maximum likelihood @
& BS support @
Tree with the @greatest likelihood @
& PP support @
No model of evolution needed@ Needs evolutionary model @
![Page 24: การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ การประยุกต์ใช้โปรแกรมทาง ชีว ...nih.dmsc.moph.go.th/KM/61/8/bioinformatics3.pdfการสร้างML-tree](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042117/5e95533a8bb06766336e34f3/html5/thumbnails/24.jpg)
Creating and presenting phylogenetic trees (4)@
![Page 25: การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ การประยุกต์ใช้โปรแกรมทาง ชีว ...nih.dmsc.moph.go.th/KM/61/8/bioinformatics3.pdfการสร้างML-tree](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042117/5e95533a8bb06766336e34f3/html5/thumbnails/25.jpg)
Creating and presenting phylogenetic trees (4)@
![Page 26: การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ การประยุกต์ใช้โปรแกรมทาง ชีว ...nih.dmsc.moph.go.th/KM/61/8/bioinformatics3.pdfการสร้างML-tree](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042117/5e95533a8bb06766336e34f3/html5/thumbnails/26.jpg)
Ø the CIPRES Portal, under the NSF-sponsored
Cyberinfrastructure for Phylogenetic Research Project.!
Ø RAxML, MrBayes, BEAST, GARLI, MAFFT,
DPPDIV, FastTree, jModelTest2, PAUP, Migrate-N
and others !
Ø Website: https://www.phylo.org !
การใชงานในระบบ CIPRES !
(Cyberinfrastructure for Phylogenetic Research)!
![Page 27: การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ การประยุกต์ใช้โปรแกรมทาง ชีว ...nih.dmsc.moph.go.th/KM/61/8/bioinformatics3.pdfการสร้างML-tree](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042117/5e95533a8bb06766336e34f3/html5/thumbnails/27.jpg)
Ø เขาส Website: https://www.phylo.org !
Ø ลงทะเบยนใชงานในระบบ “Use the CIPRES Science Gateway”!
![Page 28: การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ การประยุกต์ใช้โปรแกรมทาง ชีว ...nih.dmsc.moph.go.th/KM/61/8/bioinformatics3.pdfการสร้างML-tree](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042117/5e95533a8bb06766336e34f3/html5/thumbnails/28.jpg)
![Page 29: การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ การประยุกต์ใช้โปรแกรมทาง ชีว ...nih.dmsc.moph.go.th/KM/61/8/bioinformatics3.pdfการสร้างML-tree](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042117/5e95533a8bb06766336e34f3/html5/thumbnails/29.jpg)
![Page 30: การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ การประยุกต์ใช้โปรแกรมทาง ชีว ...nih.dmsc.moph.go.th/KM/61/8/bioinformatics3.pdfการสร้างML-tree](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042117/5e95533a8bb06766336e34f3/html5/thumbnails/30.jpg)
![Page 31: การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ การประยุกต์ใช้โปรแกรมทาง ชีว ...nih.dmsc.moph.go.th/KM/61/8/bioinformatics3.pdfการสร้างML-tree](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042117/5e95533a8bb06766336e34f3/html5/thumbnails/31.jpg)
การสราง ML-tree โดยการใช RAxML-HPC2 on XSEDE @
Ø สราง DNA data matrix (DNA alignments)!
Ø เปลยนไฟล DNA data matrix ใหอยในรป .PHY สามารถ export
file จากโปรแกรม Geneious หรอ BioEdit/ PAUP/MEGA!
Ø เขาระบบ CIPRES สราง Create New Folder และนำไฟล DNA
data matrix ใหอยในรป .PHY เขาในระบบ!
Ø เลอก Toolkit เลอก RAxML-HPC2 on XSEDE !
![Page 32: การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ การประยุกต์ใช้โปรแกรมทาง ชีว ...nih.dmsc.moph.go.th/KM/61/8/bioinformatics3.pdfการสร้างML-tree](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042117/5e95533a8bb06766336e34f3/html5/thumbnails/32.jpg)
การสราง ML-tree โดยการใช RAxML-HPC2 on XSEDE @
![Page 33: การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ การประยุกต์ใช้โปรแกรมทาง ชีว ...nih.dmsc.moph.go.th/KM/61/8/bioinformatics3.pdfการสร้างML-tree](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042117/5e95533a8bb06766336e34f3/html5/thumbnails/33.jpg)
การสราง ML-tree โดยการใช RAxML-HPC2 on XSEDE @
![Page 34: การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ การประยุกต์ใช้โปรแกรมทาง ชีว ...nih.dmsc.moph.go.th/KM/61/8/bioinformatics3.pdfการสร้างML-tree](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042117/5e95533a8bb06766336e34f3/html5/thumbnails/34.jpg)
![Page 35: การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ การประยุกต์ใช้โปรแกรมทาง ชีว ...nih.dmsc.moph.go.th/KM/61/8/bioinformatics3.pdfการสร้างML-tree](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042117/5e95533a8bb06766336e34f3/html5/thumbnails/35.jpg)
![Page 36: การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ การประยุกต์ใช้โปรแกรมทาง ชีว ...nih.dmsc.moph.go.th/KM/61/8/bioinformatics3.pdfการสร้างML-tree](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042117/5e95533a8bb06766336e34f3/html5/thumbnails/36.jpg)
![Page 37: การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ การประยุกต์ใช้โปรแกรมทาง ชีว ...nih.dmsc.moph.go.th/KM/61/8/bioinformatics3.pdfการสร้างML-tree](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042117/5e95533a8bb06766336e34f3/html5/thumbnails/37.jpg)
หลงจาก run เสรจจะมการแจงเตอนทางเมลของผใช และเราสามารถโหลดขอมลทงหมดใน Tasks จากนนนำขอมลไปใชงานตอ !
![Page 38: การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ การประยุกต์ใช้โปรแกรมทาง ชีว ...nih.dmsc.moph.go.th/KM/61/8/bioinformatics3.pdfการสร้างML-tree](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042117/5e95533a8bb06766336e34f3/html5/thumbnails/38.jpg)
![Page 39: การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ การประยุกต์ใช้โปรแกรมทาง ชีว ...nih.dmsc.moph.go.th/KM/61/8/bioinformatics3.pdfการสร้างML-tree](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022042117/5e95533a8bb06766336e34f3/html5/thumbnails/39.jpg)