제3편 등록행위·재산보유 등에 대한 지방세

618

미납부·미등기시 등기·등록관서장의 통지 등기․등록되었으나 등록세가 미납되거나 납부부족액이 발견되면 등기 및

등록관서장은 당해 발견의 다음 달 10일까지 납세지 관할시장․군수에게 통지

하여 등록세 본세 및 차액 본세의 20% 가산세가 징수되도록 통지하여야 한다

(시행령 §105).

4) 등기자료 등의 통보접수

부족액의 통지 및 등기·등록필사항의 7일내 통지 등록세의 미납부 및 납부부족액 발견시는 익월 10일까지 납세지를 관할하는

시장․군수에게 통지하며, 등기․등록의 종료시 납세지 관할시장․군수에게

등기․등록의 신청서 부본에 접수년월일 및 접수번호를 기재하여 등기․등록

일로부터 7일 이내에 통지하여야 한다고 본 조가 규정하고 있다.

● 법 제151조의2【등기자료의 통보】

① 등기․등록관서의 장은 등록세가 납부되지 아니하였거나 납부부족액을 발견한 때에는

대통령령이 정하는 바에 따라 납세지를 관할하는 시장․군수에게 통지하여야 한다.

② 등기․등록관서의 장이 등기․등록을 필한 경우에는 등록세의 납세지를 관할하는 시

장․군수에게 그 등기․등록의 신청서 부본에 접수연월일 및 접수번호를 기재하여 등기․

등록일로부터 7일내에 통지하여야 한다. 다만, 등기․등록업무를 전산처리하는 경우에는

전산처리된 등기․등록자료를 행정자치부령이 정하는 바에 의하여 통지하여야 한다.

Ⅱ. 등록세비과세·감면 등

1. 등록세비과세의 종류와 비과세 적용여부

1) 국가·행정조직 등 비과세

국가·지방자치단체·주한외국공관 등의 자기목적등기·등록 국가 등의 중앙행정조직과 지방자치단체 등이 자기목적을 위하여 등기․등

제1장 등록세

619

록시는 등록세를 비과세하는데, 예를 들어 국가나 지방자치단체가 부동산 등

을 취득하여 소유권 등기를 하는 경우 및 국가나 지방자치단체가 채권확보목

적상 저당권설정등기를 하는 경우 등이다.

또한 국가 등에 귀속되거나 기부채납(사회기반시설에 대한 민간유치관련귀

속도 포함) 부동산등기의 등록세도 비과세한다. 즉, 국가와 지방자치단체가 등

기․등록권리자가 되는 경우가 비과세된다고 본 조가 규정하고 있다.

● 법 제126조【국가 등에 대한 비과세】

① 국가․지방자치단체․지방자치단체조합․외국정부 및 주한국제기구가 자기를 위하여

하는 등기․등록에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대한민국 정부기관의 등

기․등록에 대하여 과세하는 외국정부의 등기․등록의 경우에는 그러하지 아니하다.

(94. 12. 22 개정)

② 국가․지방자치단체 및 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납( 사회기반시설에 대한

민간투자법 제4조제3호의 규정에 의한 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다)을 조건으로

취득하는 부동산의 등기에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. (2005. 1. 27 개정)

주한외국공관 등의 상호면세하의 부지·건축물·자동차등기·등록 주한외국공관이나 기타 유사기관이 직접 용도에 사용하는 부지․건축물과

자동차의 등기․등록에 대하여는 비과세하는데 당해 국가가 우리나라의 재외

공관 및 이에 준하는 기관의 부지․건축물․자동차 등에 등록세를 비과세하는

경우만에 한한다.

그러나 외국정부가 외국에 있는 우리나라의 재외공관 및 이에 준하는 기관

이 직접 사용하는 재산의 등기에 대하여 등기․등록세를 과세한다면 주한외국

공관 등의 등기에 대하여도 등록세를 과세한다.

등기·등록기관의 직권등기 등기․등록기관의 직권등기․등록도 등록세를 비과세하는데 직권등기․등록

이란 등기착오나 유루 및 등기공무원의 과오 등 발생시 지방법원장의 허가를

얻어 경정등기하는 경우를 말한다. 이는 등기권리자의 신청에 의하지 아니하

고 등기․등록관서가 직권으로 행하는 등기를 말하며, 등기․등록기관의 직권

제3편 등록행위·재산보유 등에 대한 지방세

620

등기뿐 아니라 직권에 의한 촉탁등기도 직권등기에 해당되어 그 전제가 되는

등기․등록을 제외하고는 등록세가 비과세된다. 예를 들어 토지구획정리사업

시행자가 사업완료하고 환지처분공고하여 환지에 관한 등기를 촉탁하는 경우

사업시행자가 등기권리자가 아니라도 등기권리자의 청구없이 직권으로 등기촉

탁을 하도록 토지구획정리사업법 제65조가 규정하고 있으므로 이 경우의 환지

등기는 직권에 의한 촉탁등기에 해당되어 등록세가 비과세된다.

등기신청·촉탁등기시 전제가 되는 등기·등록은 과세 직권등기나 촉탁등기의 전제가 되는 등기․등록은 과세된다. 즉, 촉탁등기라

하더라도 관공서의 공매처분시의 권리이전등기에 있어서 등기권리자의 청구에

의하여 관공서가 촉탁서에 등기원인을 증명하는 서면을 첨부하여 이를 등기소

에 촉탁하는 경우 및 국가나 지방자치단체의 소유부동산에 관한 등기에 있어

서 등기권리자의 청구에 의하여 관공서가 지체없이 촉탁서에 등기원인을 증명

하는 서면을 첨부하여 이를 등기소에 촉탁하는 경우 등과 같이 등기권리자의

청구를 받아 관공서가 등기촉탁하는 경우는 등기권리자의 청구없이는 촉탁이

불가능하므로 직권에 의한 촉탁등기에 해당하지 않고 등록세가 과세된다.

촉탁등기․등록시의 전제가 되는 등기․등록이란 조세의 체납으로 인하여

체납자의 미등기․신축건설을 압류하기 위하여 당해 건물에 대한 압류등기를

조세관서가 등기소에 촉탁하는 경우의 압류등기전제가 되는 소유권보존등기를

말한다. 이러한 소유권보존등기에 대하여는 등록세를 과세하는데 압류물건의

소유권보존등기까지 비과세한다면 체납자는 체납세금의 납부만으로도 등록세

나 등기수수료 부담없이 소유권보존등기가 가능하여 불법건물을 합법화 해주

는 모순이 발생하게 되기 때문이다.

분필등기·공유물분할등기는 비과세 국가 및 지방자치단체가 도로신설 및 확장 등 공공사업에 필요한 토지를 수

용하여 공공용지에 편입하기 위하여 하는 분필등기․공유물등기는 등록세가

비과세된다.

제1장 등록세

621

2) 사회공익·비영리 등 용도의 비과세

사회·종교·문화 등 비영리사업자 등의 사용 부동산등기 제사․종교․자선․학술․기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업

자가 사업에 사용하기 위한 부동산 등기에 대하여 비과세한다. 등기․등록일

로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 전부나 일부를 그 사업에 사용하지 아니

한 경우나 사용한 후 2년 이상 비사용시 해당 비사용부분에 대하여 등록세를

부과한다고 본 조가 규정하고 있다.

● 법 제127조【용도구분에 의한 비과세】

① 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대

하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우

와 등기․등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접

사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고

매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

(2000. 12. 29 개정)

1. 제사․종교․자선․학술․기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는

비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기 (95. 12. 6 단서삭제)

2. 대통령령이 정하는 마을회 등 주민공동체의 주민공동소유 부동산 및 선박의 등기

(97. 8. 30 개정)

3. 사립학교법에 의한 학교법인 또는 사회복지사업법에 의한 사회복지법인의 설립과 합병

의 등기 (94. 12. 22 개정)

4. 삭 제 (94. 12. 22)

5. 기타 대통령령으로 정하는 등기 또는 등록

비영리사업자의 수익사업사용부분은 과세 사회․문화․종교행위를 하는 비영리사업자라 하여도 일반수익사업영위 부

분에 사용하는 과세대상자산의 부분은 등록세를 부과하는데, 수익사업이란 법

인세법상 규정된 수익사업을 말한다.

자세한 내용은 취득세 비과세분야에서 해설 게기하였는데 일반적으로 수익

사업은 일반적인 제반 산업․의료업․이자소득․배당수입․주식․지분양도수

입․고정자산처분수입 등을 말하므로 이러한 수입창출에 사용된 과세대상은

제3편 등록행위·재산보유 등에 대한 지방세

622

모두 과세되는 것이다(시행령 §93의2).

비영리사업자의 직접 사용 부동산등기 비과세, 대도시내 등기시는 과세 종교나 제사 등 비영리사업자의 직접 사용부동산은 비과세하지만 이들이 대

도시내에서 사찰․사당․불당․성당․교회용 건축물과 부속시설 및 부속토지

를 등기하는 경우의 부동산등기에 대해 일반등록세를 과세한다.

따라서 종교와 제사를 하는 단체가 대도시내에서의 등기시의 등록세부과시

본 법 제138조의 중과세율을 적용하지는 않고 본 법 제131조의 일반세율을 적

용한다.

비영리사업자의 범위는 사회․문화․종교․공익 등의 법인이나 단체이며,

학교를 경영하는 자 및 영유아보육시설 운영하는 경우는 개인사업자도 포함된

다. 취득세 비과세분야에서 자세히 해설게기하였다(시행령 §94).

마을회·주민공동체 공동소유 부동산등기 마을회나 주민공동체의 주민공동소유 부동산등기의 등록세도 부과하지 않으

나 등기․등록일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 전부나 일부를 그 사업에

직접 사용하지 아니한 부분에 대하여는 등록세를 부과한다.

주민공동체 소유부동산의 관리․처분권은 공동체 자체에 속하고, 사용․수

익권도 공동체의 각 구성원에게 속하는 소유상태인 마을의 총유재산만에 국한

하므로 당해 마을공동체의 개인이 취득․등기하는 재산은 비과세대상이 아니

다. 여기서 마을회는 본 법 제78조의3 규정상의 마을회라고 상기 시행령 제94

조제3항이 규정하고 있는데 취득세 비과세분야에서 자세히 해설게기하였다.

마을주민의 복지증진목적의 마을주민만으로 구성된 조직을 말하는데 도시와

농촌 모두 상관없다.

소형어선 등록의 감면 30톤 이내의 소형어선등록도 등록세를 50% 감면한다고 본 법 제267조가 규

정하고 있다. 여기서 30톤 이내란 적재정량 30톤을 말하는데 소형어선이란 30

톤 이내의 어업에 사용하는 것을 말하므로 유선․화물선․여객선 등은 해당되

제1장 등록세

623

지 않는다.

산업체부설 중·고등학교의 교육용 부동산등기 면제 초․중등교육법상 인가된 산업체부설 중․고등학교의 교육용 시설에 직접

사용하기 위한 부동산에 대해 취득세와 등록세를 면제한다고 본 법 제272조가

규정하고 있다.

당해 시설을 다른 용도에 겸용하거나 취득일부터 1년내에 정당한 사유없이

당해 목적 용도에 직접 사용하지 않거나 제대로 사용한 날로부터 2년 이상 직

접 사용 않고 매각이나 다른 용도로 사용하는 경우는 그 부분에 대하여는 등

록세를 추징한다.

학교의 교육용 시설이란 교사․체육관․도서관․운동장 등을 말하는데 산업

체시설 내부에 설치되어 있는 기업운영 선수단전용 체육관을 야간에 학교에서

사용하는 경우나 기업체 종업원이 사용하는 운동장을 학교에서 학생들의 체육

시간에 활용하는 것은 겸용으로 보아야 하므로 과세대상이 된다.

겸용시설에 대하여 과세하는 이유는 기업의 자체활동에 통상 활용되는 운동

장 등을 산업체 부설 중․고등학교의 운동장이라 하여 비과세하는 모순을 없

애기 위함이다.

기타 공익·사회개발·공공단체 등기·등록에 대한 비과세 시행령 제96조는 등기․등록세를 비과세하는 경우를 열거하고 있는데 등

기․등록일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 그 재산의 전부 또는 일부를

그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우 그 부분에 대하여는 등록세를 부과한다.

열거된 대부분 비과세 등기․등록은 사회개발․공익․공공 및 비생산성 분

야이다.

비과세 신청 및 확인 용도구분에 따른 비과세는 자동비과세는 아니고 이런 용도나 기능 및 규정

의 목적에 적합히 사용되고 있는지를 확인하여야 하는데, 규정서식에 의거 시

장․군수의 비과세 확인을 받아야 한다(시행규칙 §54).

제3편 등록행위·재산보유 등에 대한 지방세

624

3) 천재지변·토지수용·도시계획 등의 대체취득 비과세

천재지변·법령상 토지수용 및 매수자와 철거된 자의 1년 이내 대체취득 비과세 천재․지변․소실․파괴 기타 어쩔 수 없는 멸실파손건축물 등의 복구․신

축․개축․건조․수선 등에 대해 취득세를 비과세함과 같이 등록세를 비과세

한다. 또한 토지수용법이나 도시계획법 등의 관련법령상 토지수용사업의 인정

을 받은 자의 토지매수 및 수용과 철거된 자․이주대상자의 취득가능일부터 1

년내 대체부동산의 취득에 대하여 종전 부동산가액의 합계액범위내에서 등록

세를 부과하지 않는다고 본 조가 규정하고 있다.

이는 취득세비과세와 병행되는데 본 조는 본 법 제108조의 천재지변취득세

비과세, 제109조의 대체취득비과세 등 조문을 준용하도록 하고 있다.

● 법 제127조의2【대체취득등기에 대한 비과세】

① 제108조의 규정에 의하여 취득세가 비과세되는 건축물․선박․자동차 및 건설기계의

등기․등록에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. (95. 12. 6 개정)

② 제109조의 규정에 의하여 취득세가 비과세되는 부동산 등의 등기․등록에 대하여는 등

록세를 부과하지 아니한다. (94. 12. 22 개정)

종전 부동산가액을 한도로 하는 신규취득·대체취득 부동산가액 천재지변․수용 및 대체취득시 신규취득부동산 전체에 대해 등록세를 비과

세하는 것이 아니고 종전 부동산가액의 합계액을 범위로 하여 비과세하고 초

과분은 과세하는데, 초과액의 산정기준은 취득세 비과세산정기준을 준용한다.

초과액 산정방법을 요약하면, 부동산의 대체취득이 사실상의 취득가액이 입

증되는 공식적․외관적 입증거래인 경우는 대체취득한 부동산의 사실상 취득

가격에서 매수․수용․철거된 부동산의 보상금액을 감한 금액을 초과액으로

하며, 대체취득 부동산의 사실상 취득가격이 입증되지 않는 일반적인 취득으

로 시가표준액을 기준으로 하는 거래는 대체취득한 부동산의 시가표준액에서

매수․수용․철거된 부동산의 매수․수용․철거 당시의 시가표준액을 감한 금

액을 초과액으로 한다.

제1장 등록세

625

토지수용사업 인정받은 자·이주대책대상자·대체취득불가능 경우 법 제109조에서 `토지수용 사업인정을 받은 자'란 토지수용법 등에 의하여

토지를 수용할 수 있는 자가 그 사업을 위하여 토지수용 주관부처인 건설교통

부장관의 인정을 받은 자이며, `이주대책대상인 자'란 공공사업의 시행에 필요

한 토지 등을 제공함으로 인하여 생활근거를 상실하게 되는 자이다.

`보상금의 마지막 수취일부터 1년 이내의 취득등기'란 보상금을 마지막으로

수령한 날로부터 대체할 토지 등의 잔금을 지급하고 등기하는 경우를 말하며,

사업인정 받은 자의 사정상 대체취득불가능한 경우란 공공용지의 취득 및 손

실보상에 관한 특례법에서와 같이 이주자에 대한 이주대책을 수립․실시함에

있어 그 기간이 초과하여 이주자가 보상금을 받은 날로부터 1년이 경과하는

경우 등과 같이 이주자의 책임이 아닌 사업시행자의 사정에 의하여 대체취득

이 불가능한 경우이다.

취득세중과대상자산과 부재부동산의 대체취득은 과세 토지수용이나 대체취득 등의 경우라도 별장․골프장․고급주택․고급오락

장․고급자동차․고급선박 등의 취득세 5배 중과세 대상의 등록세는 과세되

며, 부재부동산의 소유자가 부동산을 대체취득하는 경우의 등록세도 과세된다.

여기서 부재부동산 소유자에 대하여도 취득세 비과세분야인 시행령 제79조

의3제2항이 규정하고 있는데 토지수용법 등 관계법령의 규정에 의한 사업인정

고시일 현재 고시지구내에 매수․수용 또는 철거되는 부동산을 소유하는 자로

서 당해 부동산 소재지 구․시․읍․면 또는 그와 연접한 구․시․읍․면 지

역에 1년 이상 주민등록을 하지 아니하거나, 1년 이상 주민등록을 한 경우에

도 사실상 거주를 하고 있지 아니한 자를 말한다.

상속으로 부동산을 취득하는 때에는 상속인과 피상속인의 거주기간을 합한

것을 상속인의 거주기간으로 보는데 상속받은 토지에 대한 대체취득의 인정을

받기 위해서는 상속인이 사업인정 고시일에 당해 수용된 지역에 거주하고 있

는 경우라야 가능하다.

제3편 등록행위·재산보유 등에 대한 지방세

626

4) 신탁·환매행사·회사정리·청산·착오·변경 및

기타 특별사유시 등록세비과세여부

신탁재산권·환매행사·회사정리·행정변경 등 기타 특별사유발생시 비과세 본 조는 신탁․환매행사․정리 등의 형식적 소유권 취득시의 등록과 기타

정부정책상의 지방이전 및 행정구역 변경 등 특별사유발생시 등록세가 비과세

되는 경우를 열거하고 있는데 구체적 열거범위에 해당되어야 비과세된다.

● 법 제128조【형식적인 소유권의 취득등기 등에 대한 비과세】

다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. (94. 12. 22 개정)

1. 신탁(신탁법에 의한 신탁으로서 신탁등기가 병행되는 것에 한한다)으로 인한 재산권 취

득의 등기 또는 등록으로서 다음 각목의 1에 해당하는 등기․등록

가. 위탁자로부터 수탁자에게 이전하는 경우의 재산권 취득의 등기․등록

나. 위탁자만이 신탁재산의 원본의 수익자가 된 신탁재산을 수탁자가 수익자에게 이전

할 경우의 재산권 취득의 등기 또는 등록. 다만, 위탁자의 상속인에게 신탁재산을

이전하는 경우에는 이를 상속으로 인한 재산권 취득의 등기 또는 등록으로 보아

등록세를 부과한다.

다. 신탁의 수탁자 경질의 경우에 신수탁자의 재산권 취득의 등기 또는 등록

2. 환매권의 행사로 인한 등기로서 다음 각목의 1에 해당하는 등기

가. 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률에 의한 환매권의 행사로 매수하는

부동산에 대한 등기 (2002. 2. 4 개정)

나. 징발재산정리에관한특별조치법 또는 국가보위에관한특별조치법폐지법률 부칙 제2

항의 규정에 의한 동원대상지역내의 토지의 수용․사용에 관한 환매권의 행사로

매수하는 부동산에 대한 등기

3. 회사의 정리 또는 특별청산에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등기 또는 등록

4. 행정구역의 변경, 주민등록번호의 변경, 지적소관청의 지번변경, 계량단위의 변경, 등

기․등록 담당공무원의 착오 및 이와 유사한 사유로 인한 등기․등록으로서 주소, 성

명, 주민등록번호, 지번, 계량단위 등의 단순한 표시변경․회복 또는 경정 등기․등록

5. 자동차관리법 제13조제7항 또는 건설기계관리법 제6조제1항제8호의 규정에 의하여 말

소된 자동차 또는 건설기계의 등록을 복구하기 위한 당해 자동차 또는 건설기계에 대

한 등록 (2003. 12. 30 개정)

과세대상 재산권의 신탁방식취득 신탁시 신탁재산의 위탁자가 수탁자로의 이전, 수탁자가 수익자에의 이전

제1장 등록세

627

및 수탁자 경질 및 신수탁자 등기 등이 모두 비과세된다. 그러나 신탁법상의

신탁이 아닌 명의신탁에 의한 부동산소유권의 이전은 형식적 소유권 취득이라

할 수 없어 등록세가 과세된다.

신탁이란 신탁법의 규정에 의한 신탁을 말하는데, 등기를 요하는 재산의 경

우 등기를 하지 아니하면 제3자에 대항할 수 없도록 하므로 신탁재산이전은

수탁자명의로 소유권이 이전되기는 하나 일반적인 소유권 행사가 불가능할 뿐

아니라 소유권의 이전은 물건의 신탁을 받아서 운용하기 위한 수단이며, 소유

권의 실질적 이전을 목적으로 하는 것이 아니므로 비과세한다.

비과세되는 신탁행위의 범위 신탁법규정상 수익자가 된 경우도 위탁자 본인이 신탁재산의 수익자가 된

경우를 말하는 것이므로 수탁자로부터 신탁재산을 위탁자(원본 수탁자)에게

이전시의 재산권 취득 등기․등록은 원소유자에게의 소유권 환원에 불과하므

로 비과세한다.

이밖에 자신을 위하여 자기의 재산을 관리하도록 타인을 수탁자로 하여 이

전하였던 신탁재산을 다시 자신에게 환원이전하는 이전등기인 경우도 비과세

하지만 환원이전을 받기 전에 자신이 사망하고 자신의 상속인이 수탁자인 타

인으로부터 신탁재산을 환원, 이전받을 경우의 이전등기에 대하여도 상속으로

인한 재산권 취득의 등기․등록으로 보아 등록세를 부과한다.

수탁자가 임무위반하는 경우는 법원은 위탁자나 수익자 등의 청구에 의하여

수탁자를 해임하고 신수탁자를 선임하는데 이러한 때의 신수탁자의 재산권 취

득등기․등록도 비과세하는 것이다.

회사정리·특별청산시 법원촉탁등기 등 비과세 회사정리와 특별청산시의 법원촉탁등기시도 등록세를 부과하지 않는데 회사

정리란 채무자 회생 및 파산에 관한 법률 제23조에 의한 것으로서 정리절차

개시 결정취소, 정리절차폐지 및 정리계획불인가 결정이 확정되는 경우와 정

리계획인가나 정리절차종결결정 등이 있으며, 등기촉탁을 받으면 지체없이 등

기를 하여야 하고 이 경우 등록세는 비과세된다.

제3편 등록행위·재산보유 등에 대한 지방세

628

특별청산이란 파산법상의 파산등기, 파산취소, 파산폐지 및 강제화의취소 결

정확정과 파산종결결정 등을 말하는데 이에 대해 등기촉탁을 하여야 하며 등

록세는 비과세된다.

착오회복·성명복구·계량환산단위변경시 비과세 공무원의 과오로 인해 등기․등록에 착오나 오류가 발생되면 이의 회복이나

경정등기․등록시 비과세하며, 조선창씨령상의 성명복구목적의 등록․등기도

비과세한다.

또한 계량단위환산등기와 지목변경등기에 대하여도 비과세하는데 지목변경

에 대한 비과세기간은 지적법시행령부칙 제3조의 기간인 1975. 5. 17～1981. 5.

17에 한하였었다. 현재는 지목변경 비과세에 관한 시행령 규정이 없다.

일반적으로 계량단위의 환산등기의 예로서는 종전에 사용하던 평을 ㎡로 고

쳐 등기하는 것 등이 있다.

행정구역·주소·지번표시 등 행정내용변경 행정구역 변경이나 지적소관청의 지번 변경과 행정관청의 주민등록번호 변

경에 의한 주소변경 및 표시변경시의 등록․등기도 비과세하는데, 부동산등기

법 제66조상 행정구역이나 명칭변경시 등기부에 기재된 행정구역이나 명칭은

당연히 변경된 것으로 보고 행정구역변경의 기재시 변경등기소는 이송받은 등

기부의 표지에 관할변경의 사유와 그 연월일을 기재하여야 한다.

이밖에 등기부의 표지에 행정구역이나 동리 및 기타 그 명칭의 변경사유와

그 연월일을 기재하고 그 표지에 기재되어 있는 행정구역이나 동리 및 기타

명칭을 변경하여야 한다. 또한 등기공무원은 직권으로 부동산의 표시변경등기

또는 등기명의인의 주소변경등기를 할 수 있다.

대도시내 등기법인과 공장의 이전시 법인등기와 부동산등기 비과세 지역간 산업의 균형발전 및 대도시 인화집중억제와 지방분산촉진을 위해 대

도시내 본점등기된 법인이 대도시외로의 이전시 법인등기와 대도시내 공장의

대도시외의 지방이전시 부동산 등기에 대해 등록세를 면제한다고 본 법 제274

제1장 등록세

629

조와 제275조가 규정하고 있다. 이전되어야 할 대도시는 수도권 등 과밀억제

권역, 광역시(부산․대구) 등이고 이전할 대도시외 지역이란 공장설치가 금지

및 제한되지 않은 지역을 말한다. 앞 제2편 해설을 참조한다.

대도시내 공장의 대도시외 이전시 공장의 범위 참고로 대도시의 개념을 간략히 요약하면, 대도시란 수도권․부산광역시․

대구광역시 지역 중 공업단지관리법의 적용을 받는 공업단지를 제외한 지역을

말하며, 대도시내 공장이 대도시외로 이전시의 비과세 공장의 범위와 적용기

준 등은 취득세 규정을 그대로 적용하고 규정상 취득세는 등록세로, 취득일은

등기․등록일로 보고 이를 적용하여야 한다.

대도시내 법인의 이전등기시 면제 범위 대도시내 법인의 대도시외 이전에 따른 부동산등기는 법인주소지의 이전에

따라 불가피하게 발생되는 사무실․점포 등의 건축물과 그 부속토지 및 이에

따른 부대시설 등에 국한하여 면제한다. 또한 공장만의 이전시도 면제되며 법

인자체의 이전시는 법인자체등기 및 그에 따른 부동산등기도 모두 면제된다.

그러나 기존공장이 없었던 법인으로서 새로이 공장을 신설하는 경우 등의

공장용 부동산은 면제되지 않고 일반과세된다.

대도시내의 공장이 대도시외 이전시의 부동산등기에 있어서 면제는 법인뿐

아니라 개인의 경우에도 당연히 적용된다. 또한 법인이나 공장 등이 실질적으

로 이전된 경우만 면제하는데 이전목적으로 부동산 등기시 납세하였다면 이전

완료후 납부세액을 환급받으면 된다.

임대차방식의 연불수출선박의 채권확보목적 등기 임대차방식상의 연불수출선박에 대해 채권확보목적으로 선박제조자가 등기

하여도 등록세를 면제하는데 이는 실제로는 선박이 외국에 수출되었고 등기하

더라도 실질상 선박건조업자가 소유권을 행사하거나 사용․수익할 수도 없다

는 점을 감안하여 등록세를 면제하는 것이다.

여기서 임대차방식상의 연불수출계약이란 국내에 제조업자가 선박을 건조하

제3편 등록행위·재산보유 등에 대한 지방세

630

여 실제로는 외국인에게 그 선박대금을 장기간에 걸쳐 지불하도록 하는 조건

으로 매각하면서 그 계약을 선박임대차의 형식으로 체결하고 실제는 선박대금

인 용선료를 여러 차례로 받아들이는 계약인바, 매수자가 외국의 선적을 취득

하게 되면 선박대금의 납부를 담보할 수 없으므로 선박건조업자명의로 우리나

라의 선박등기법에 의하여 등기를 하고 대한민국의 국적을 득함으로써 선박대

금의 납부를 강력히 담보하기 위한 방법이다.

공공용지 환매권행사 매수부동산 공공용지 취득과 손실보상의 환매권행사시 매수하는 부동산은 비과세하는

데, 환매권행사로의 매수가 아니고 보상금으로의 취득시는 과세된다.

이는 공공용지로 되었던 토지가 공공사업상 불필요하게 되어 반환시는 일종

의 형식적 취득이며, 이는 등록의 반환이기 때문에 어느 정도의 조세지원필요

가 있어 비과세한다.

이에 대해 일반환매권행사시의 환매시 취득세도 비과세되는데 등록세는 환

매등기시만 비과세되는 것이다.

천재·지변 및 불가항력적 사유로 멸실된 건축물과 선박의 복구취득등기 천재․지변․소실․도괴 기타 불가항력으로 인하여 멸실 또는 파손된 건축

물을 복구하기 위하여 멸실일 또는 파손일부터 2년 이내에 신축 또는 개축하

는 건축물을 취득하여 등기하는 경우에는 등록세를 과세하지 아니하며, 천

재․지변․기타 불가항력으로 인하여 멸실한 선박에 대체하기 위하여 멸실일

로부터 2년 이내에 선박을 새로이 건조하거나, 파손된 선박을 복구하기 위하

여 그 파손된 날로부터 2년 이내에 당해 선박을 수선하는 경우에도 등록세를

비과세한다.

동원대상지역 토지의 환매권행사 매수부동산 징발재산이나 국가보위 등의 법령에 의거 동원대상지역내 토지는 국가에 수

용 및 사용되는데 이에 대한 환매권 행사로 인해 매수하는 부동산 등기에 대

하여도 일종의 소유권반환 및 형식적 취득등기로 보아 비과세하는 것이다.

제1장 등록세

631

말소된 자동차의 복구등록 및 반납교환등록 자동차관리법상 도난당해서 말소된 자동차의 복구등록도 비과세하며 소비자

피해보상기준에 따라 반납교환하는 경우도 비과세한다.

5) 신탁계약사채의 분할발행시 등록세 비과세

총액의 분할발생시 등기·등록세 비과세 신탁계약상의 물상담보부사채총액을 분할발행시 저당권 설정의 등기와 등록

에 대하여는 등록세를 비과세하지만 담보부사채신탁법상의 저당권 설정 등기

는 당해 회의 발행금액을 채권금액으로 보아 등록세를 부과한다고 본 조가 규

정하고 있다.

● 제129조【담보부사채의 등기·등록의 특례】

신탁계약에 의한 물상담보부사채로서 그 총액을 여러 차례에 나누어 발행하는 것의 저당

권의 설정의 등기 또는 등록에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 이 경우 당해 사채

에 관한 담보부사채신탁법 제102조의 규정에 의한 등기는 저당권설정의 등기로 보아 그

회의 발행금액을 채권금액으로 보고 등록세를 부과한다. (76. 12. 31 개정)

여기서 신탁계약상의 물상담보부채권이란 발행하는 사채에 동산질, 증서가

있는 채권질, 주식질, 부동산저당 기타 법령이 인정하는 각종 저당을 붙여 발

행하는 사채를 증권회사 등에 신탁계약에 의하여 그 인수나 모집을 신탁하는

경우를 말하는데 이의 저당권 설정등기에 대해 비과세한다는 뜻이다.

담보부사채신탁법상의 저당권등기과세 물상담보부 사채발행시의 저당권 등기중 다음의 관련 법령상의 등기는 저당

권 설정등기로 보아 당해 발행금액을 채권금액으로 보아 등록세를 부과하는데

저당권에 대하여 종류를 달리하는 2 이상의 등기 또는 등록을 받을 때의 등록

세의 징수는 본 법 시행령 제103조의 규정을 준용한다(시행령 §99).

제3편 등록행위·재산보유 등에 대한 지방세

632

저당권 설정채권 총액에서 기설정금액 차감후 설정납부 따라서 동일채권을 위한 저당권목적물의 종류가 달라 2 이상의 등기나 등록

을 하는 경우 등기소나 등록관청이 이에 관한 등기나 등록을 받은 때에는 채

권금액 전액에 이미 납부한 등록세의 산출의 기준이 된 금액을 공제한 잔액을

그 채권금액으로 보고 등록세를 징수하는데 공장재단이나 광업재단저당과 부

동산저당이 병행하여 이루어지는 경우 세율이 낮은 공장재단이나 광업재단저

당분 채권금액부터 등록세를 징수한다.

따라서 적용요건으로서는 ⅰ) 동일채권을 위한 저당권의 등기나 등록이어야

하며, ⅱ) 저당권의 목적물이 2개 이상으로서 종류가 달라야 하고, ⅲ) 2개 이상

의 등기 또는 등록이 있어야 하는데 예를 들어 금전채권 3억원의 담보를 위해

공장재단에 대하여 2억원의 저당권을 설정하고 동일 금전채권인 3억원의 채권

보전을 위해 추가로 부동산에 대하여 2억원의 저당권을 설정하는 경우의 등록

세는 ＝{200,000,000(공장재단분)×1/1,000}＋{(300,000,000－200,000,000)×2/1,000}

＝400,000원이 된다.

2. 특정조합법인과 산업분산, 사회복지관련 등록세면제

1) 조합·공단·공사 등 사회발전단체의 고유목적부동산 등록세

면제

취득세가 면제되는 제반사회개발관련 조합·공단·공사 등 농업․수산업․축산업 및 제1차산업관련 조합, 사회복지․개발관련 조합, 산

업안전 및 근로복지관련공단․공사, 금고 등의 고유목적사업에 직접 사용하는

부동산 등기․등록에 대하여 등록세를 면제한다. 앞 제2편을 참조한다.

별장․골프장․고급주택․고급오락장․고급선박 취득시 취득세 중과가 적용

되는 과세대상의 등기․등록 등의 경우는 등록세를 면제하지 않고 과세한다.

등기·등록일부터 1년내 고유업무에 직접 행사요건 여기서 등록세 면제는 등기․등록일로부터 1년 이내에 정당한 사유가 있는

경우를 제외하고는 그 고유의 업무에 직접 사용하여야 할 것을 조건으로 하고

제1장 등록세

633

있는데 당해 재산의 취득시기나 취득목적 등과는 전혀 관계없이 등기․등록시

점에서 우선 면제를 허용하고 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하는지의 여부

를 확인하여 추징대상을 결정한다. 따라서 면제대상법인이 고급주택 등에 해

당되어 취득세 중과를 받는 토지를 등기시는 등록세를 면제하지 않으며 등록

세 면제후도 등기 후 1년이 경과하도록 당해 토지를 정당한 사유없이 고유의

업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 이미 면제한 등록세를 추징한다.

2) 산업분산 균형발전, 기타 사회발전관련 특수산업이나 사업의

등록세면제와 추징

등록세면제와 면제조건 및 흠결시 추징 산업시설의 지방분산․국토의 균형발전․직업훈련․기술연구․주택공급촉

진, 국가유공자예우, 사회안정, 개발 등 제반 공공․공익사업관련 토지 및 건

축물의 취득에 대하여 등록세를 면제하는데, 경우에 따라 요건을 적법기한내

에 충족하지 못하면 면제된 세액을 추징한다.

3. 타법에 의한 등록세면제·감면 등

1) 조세특례제한법상의 감면

국유재산의 현물출자등기 국유재산의현물출자에관한법률에 의한 현물출자등기에 대하여 등록세를 면

제하는데 출자대상기업체 등에 대하여는 취득세 비과세․감면분야에서 자세히

해설게기하였다.

등록세면제는 국가로부터 현물출자를 받은 재산의 소유권이전등기와 현물출

자를 받아 자본증가 등의 등기를 하는 경우에는 등록세가 면제된다.

금융기관 합병 등 양수재산등기 금융기관 합병에 대한 법인세 등 과세특례규정에 따른 합병이나 영업의 전

부 양도, 기타 소비성서비스업을 제외한 1년 이상 사업영위하는 법인간 합병으

로 인하여 양수하는 재산에 관한 등기에 대해서는 등록세를 부과하지 않는다.

제3편 등록행위·재산보유 등에 대한 지방세

634

중소기업간 통합시 양수하는 사업용 재산등기 국가의 산업정책상 생산 또는 경영규모의 적정화를 유도할 필요가 있는 업

종으로서의 합병장려업종을 영위하는 중소기업간의 통합에 의하여 설립된 법

인 또는 통합 후 존속하는 법인이 당해 사업용 재산을 양수함에 따른 등기에

대하여는 등록세를 면제한다.

등록세 면제대상이 되는 재산은 사업용에 한하므로 합병이나 통합으로 인한

신설법인 또는 존속법인이 양수하는 재산 중에서 종업원의 사택 등 사업용이

아닌 재산에 대한 등록세는 면제되지 않으며, 면제대상은 취득세의 경우는 부

동산에 한정되나 등록세는 부동산을 포함한 모든 재산이 면제대상이 되고, 면

제대상자는 반드시 법인이어야 한다.

또한 해당업종이라 하더라도 합병의 대상이 되는 재산에 따라 해당여부를

별도로 판단하여야 함으로 위 규정에 의한 등록세면제는 개별적인 사안이 발

생된 때에 관계부처에 그 해당 여부를 조회하여 면제여부를 결정해야 하는데

취득세 분야에서 자세히 해설하였다.

현물출자한 사업용 재산 제조업, 광업, 건설업, 운수업이나 수산업 영위거주자가 사업장별로 당해 사

업에 1년 이상 사용한 사업용 재산의 현물출자로 법인설립시 당해 자산의 현

물출자에 따라 당해 법인이 양수하는 사업용 재산에 관한 등기에 대하여는 등

록세가 부과되지 않는다.

여기서 설립된 법인이 자본금은 사업용 자산을 현물출자하여 법인으로 전환

하는 사업장의 1년간 평균 순자본총액 이상이 되어야 하며, 2년내 정당한 사

유없이 사업의 폐지나 재산처분시 세액추징한다.

특별법인의 조직변경 특별법에 의하여 설립된 법인 중 정부투자기관관리기본법 제2조의 적용을

받는 법인과 기타 정부가 출자하고 있는 법인 등이 특별법 개정이나 폐지시

상법상의 회사로 조직변경을 하면 조직변경에 의한 법인설립의 등기와 동 조

직변경으로 인하여 취득하는 사업용 재산에 대한 등기시의 등록세가 면제된다.

제1장 등록세

635

한국자산관리공사가 취득한 재산·현물출자자회사설립 사업용 재산

창업중소기업 등의 법인설립등기 등 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일

로부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 관한 등기와 창업중소기업의 법인

설립의 등기 그리고 창업중 벤처기업으로 확인받은 중소기업이 그 확인을 받

은 날부터 6월 이내에 행하는 법인설립 등기에 대하여는 그 등록세를 면제한

다. 취득세 분야에서 자세히 해설게기하였다.

사업양수·도시의 사업용 재산 거주자가 법인설립일로부터 소급하여 1년 이상 당해 사업을 영위하던 중 발

기인으로서 사업양수․도하여 법인(소비성서비스업 제외)으로 전환함에 있어서

사업장의 1년간 평균 순자산가액 이상을 출자하여 법인을 설립하고 법인설립

일로부터 3월 이내에 당해 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적

으로 양도하는 사업양수․도 방법에 의하여 법인으로 전환하는 경우 당해 자

산의 사업양수․도에 따라 취득하는 사업용 재산에 관한 등기에 대해서는 등

록세를 면제한다. 그러나 등기일로부터 2년 이내에 당해 사업용 자산이 토지수

용법 기타 법률의 규정에 의하여 수용된 경우나 법령상 부득이 당해 사업을

폐업하거나 당해 사업용 자산을 처분하는 경우와 같은 정당한 사유없이 당해

사업의 폐업이나 당해 재산의 처분 등 사유발생시 감면받은 세액은 추징된다.

전력산업구조개편 등 법인설립등기 등 전력산업의 구조개편을 위한 분할에 의해 법인설립시 설립등기에 대한 등록

세는 대도시지역내 법인등기 등의 중과세율을 적용하지 않으며, 등록세의 50%

를 경감한다.

부동산투자회사 등의 원활한 자금조달과 부동산 수요기반확충을 도모하기

위해 부동산투자회사가 취득하는 부동산이나 부동산투자신탁의 신탁재산으로

취득하는 부동산등기에 대해 등록세의 50%를 경감하고, 기업구조조정부동산투

자회사가 취득하는 부동산등기에 대한 등록세를 면제한다.

제3편 등록행위·재산보유 등에 대한 지방세

636

2) 각 지방자치단체의 시도별 감면조례에 의한 감면

임대주택사업자의 지원목적감면 주택사업자가 임대할 목적으로 건축한 1구당 건축면적이 전용면적 60㎡ 이

하로 구획된 10세대 이상의 임대주택과 부속토지에 대하여는 등록세가 면제되

는데, 주택사업자가 임대주택의 준공검사일로부터 1월 이내에 보존등기를 하

지 아니하는 경우와 임대주택을 준공한 후 5년 이내에 양도하거나 임대주택

외의 용도에 사용하는 경우에는 면제된 등록세가 추징된다.

공동주택구입시 감면 주택사업자나 사업주가 공동주택을 신축하여 근로자에게 최초로 분양하여

취득하는 주택 및 그 부속토지의 등기에도 등록세를 감면하는데, 전용면적 40

㎡ 이하의 공동주택을 취득․등기할 때에는 등록세가 면제되고, 전용면적 40

㎡ 초과 60㎡ 이하의 공동주택을 취득하는 경우에는 지방세법 제131조제1항의

세율에 의하여 산출된 등록세액의 100분의 50을 경감한다.

3) 자산재평가법상의 감면

자산재평가법에 의한 재평가적립금을 자본에 전입하고자 하는 자가 자본전

입 상당액증명서를 교부받아 재평가결정일로부터 3년 이내에 자본전입을 완료

하고 등기를 하는 경우 등록세를 부과하지 아니하는데 자산재평가결정일 또는

자산재평가세에 대한 심사청구결정일로부터 3년이 경과되어 자본전입을 하는

경우에는 등록세를 부과한다.

Ⅲ. 등록세 적용세율

1. 세율구조 및 적용방법

과세대상별 적용세율의 차이 및 차등규정 등록세는 등기나 등록대상인 과세대상의 전반적 유형에 따라 각각 다른 세