35th mtg in NIBIO
Transcript of 35th mtg in NIBIO
2014/8/28
第35回統合DBミーティング Integrated MTG in NIBIO
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本日の予定 • Sagace – Sagaceに追加するDBについて – 新規ファセット項目に加えるDBについて – 進捗報告
• 医薬基盤研内のデータのRDF化 – 進捗報告
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新規ファセット項目について 担当割り振り(敬称略)
• 化合物 – 水口,五十嵐,陳
• 漢方薬 – 伊藤,深川
• 薬効・効能 – 森田,水口
• 副作用・有害情報 – 森田,深川
• レギュレーション・ガイドライン – 五十嵐,陳
• 学会 – 坂手
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新規追加データベースについて データベース名と判別案 文部科学省特定領域研究ゲノム研究のホームページ 研究成果情報
ファセット項目・分類 指定項目
データベースの種類 文献・用語集・辞書
生物種 特定生物なし
生体の階層 その他
医薬品 その他
分類 B
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医薬基盤研内のデータのRDF化
• 外部のデータベースとの統合を模索 • CAS number – ToxyGATEs中のCELL data, 希少疾病用医薬品のRDFに存在
– Drugbankに紐付け,特許番号を取得可能 – 特許番号から特許情報(タイトル,発案者等を取得可能)
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CAS numberによるRDFの統合 • CAS number – アメリカ化学会が発行するChemical Abstracts誌で使用されている化学物質を特定する場合の番号
– 例:アセトアミノフェン:103-90-2 – ⚠1万個まではライセンスが無料
• 参照:http://www.cas.org/legal/infopolicy
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希少疾病用医薬品の場合 @prefix dbowl: <h1p://dbpedia.org/ontology/> . @prefix drgb: <h1p://bio2rdf.org/drugbank_vocabulary/> . <h1p://www.nibio.go.jp/orphanDrugTarget#1> drgb:product "アルギU配合顆粒"@ja; dbowl:casNumber "1119-‐34-‐2”; ・・・
orphanDrugTarget#1
アルギU配合顆粒 drgb:product
1119-‐34-‐2 dbowl:casNumber
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ToxyGATEsの場合 <h1p://127.0.0.1:3333/0040011LR>
<h1p://127.0.0.1:3333/compound_name> "acetaminophen" ; <h1p://127.0.0.1:3333/cas_number> "103-‐90-‐2" ;
0040011LR
acetaminophen compound_name
103-‐90-‐2 cas_number
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トリプルストアにデータを保存 • OWLIM
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アップロード • 設定上指定したディレクトリにrdfデータをscp等でアップロード
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Repositoryに接続(または作成)
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データをアップロード
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共通するCas Numberを出す
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実行結果
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外部データとの連携 • DrugBankとの統合 – SPARQL Endpoint – http://drugbank.bio2rdf.org/sparql – DrugBankのRDFには,CAS numberが振られていなかったので調べて一つ一つ振っていった • web版のDrugBankにはCAS numberが存在する,ライセンスの影響か
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• 当初トリプルストアに保存したCAS numberをURLに変更 – 例:1119-34-2 →http://bio2rdf.org/cas:1119-34-2
• CAS numberとdrugbankの番号をマッピング
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@prefix b2r: <h1p://bio2rdf.org/> . @prefix drugbank: <h1p://bio2rdf.org/drugbank:> . <h1p://bio2rdf.org/cas:10238-‐21-‐8> b2r:x-‐drugbank drugbank:DB01016.
SPARQL クエリ
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実行結果
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RDF関連の今後の予定 • 特許のデータとの統合 • 希少疾病用医薬品のRDFにICD10を付与
• 難病研究資源バンクのデータのRDF化 • SPARQL Endpointの調査 – EBI関連, MGI, Clinical Trials
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今後の予定 • 次回 – 9月19日(金)or 26日(金)or ?
• トーゴーの日 – 10月5日(日)?
• BioHackathon 2014 – 11月9日(日)~14日(金)
• 分子生物学会 – 11月25日(火)~27日(木)
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