3.1...

56
3.1 ヒストンH3ペプチド (Histone H3 Peptide) 分子量 900 残基数 9 原子数 127 電子数 490 軌道数 665 参照構造PDB 1CS9 スライドリンク表 1

Transcript of 3.1...

Page 1: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

3.1 ヒストンH3ペプチド(Histone H3 Peptide)

分子量 900残基数 9原子数 127電子数 490軌道数 665参照構造PDB 1CS9

スライドリンク表 1

Page 2: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

スライドリンク表分子構造

Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布 静電ポテンシャル

軌道番号 \ 等値面の値 ±0.05 ±0.005 ±0.0005 ±0.00005 ±0.000005250 番目

249 番目

248 番目

247 番目

246 番目 (LUMO)

245 番目 (HOMO)

244 番目

243 番目

242 番目

241 番目

目次 2

Page 3: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

分子構造表示 (Ball & Stick)

Ball & Stick 左図の背面

スライドリンク表 3

Page 4: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

分子構造表示 (Tube Ribbon & Stick )

Tube Ribbon & Stick 左図の背面

スライドリンク表 4

Page 5: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

Kohn-Sham 軌道エネルギーの分布

スライドリンク表 5

Page 6: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

占有軌道の等値面 (241番目)

±0. 05 ±0.05 (背面)

スライドリンク表 6

Page 7: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

占有軌道の等値面 (241番目)

±0. 005 ±0.005 (背面)

スライドリンク表 7

Page 8: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

占有軌道の等値面 (241番目)

±0. 0005 ±0.0005 (背面)

スライドリンク表 8

Page 9: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

占有軌道の等値面 (241番目)

±0. 00005 ±0.00005 (背面)

スライドリンク表 9

Page 10: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

占有軌道の等値面 (241番目)

±0. 000005 ±0.000005 (背面)

スライドリンク表 10

Page 11: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

占有軌道の等値面 (242番目)

±0. 05 ±0.05 (背面)

スライドリンク表 11

Page 12: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

占有軌道の等値面 (242番目)

±0. 005 ±0.005 (背面)

スライドリンク表 12

Page 13: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

占有軌道の等値面 (242番目)

±0. 0005 ±0.0005 (背面)

スライドリンク表 13

Page 14: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

占有軌道の等値面 (242番目)

±0. 00005 ±0.00005 (背面)

スライドリンク表 14

Page 15: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

占有軌道の等値面 (242番目)

±0. 000005 ±0.000005 (背面)

スライドリンク表 15

Page 16: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

占有軌道の等値面 (243番目)

±0. 05 ±0.05 (背面)

スライドリンク表 16

Page 17: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

占有軌道の等値面 (243番目)

±0. 005 ±0.005 (背面)

スライドリンク表 17

Page 18: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

占有軌道の等値面 (243番目)

±0. 0005 ±0.0005 (背面)

スライドリンク表 18

Page 19: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

占有軌道の等値面 (243番目)

±0. 00005 ±0.00005 (背面)

スライドリンク表 19

Page 20: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

占有軌道の等値面 (243番目)

±0. 000005 ±0.000005 (背面)

スライドリンク表 20

Page 21: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

占有軌道の等値面 (244番目)

±0. 05 ±0.05 (背面)

スライドリンク表 21

Page 22: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

占有軌道の等値面 (244番目)

±0. 005 ±0.005 (背面)

スライドリンク表 22

Page 23: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

占有軌道の等値面 (244番目)

±0. 0005 ±0.0005 (背面)

スライドリンク表 23

Page 24: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

占有軌道の等値面 (244番目)

±0. 00005 ±0.00005 (背面)

スライドリンク表 24

Page 25: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

占有軌道の等値面 (244番目)

±0. 000005 ±0.000005 (背面)

スライドリンク表 25

Page 26: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

HOMOの等値面 (245番目)

±0. 05 ±0.05 (背面)

スライドリンク表 26

Page 27: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

HOMOの等値面 (245番目)

±0. 005 ±0.005 (背面)

スライドリンク表 27

Page 28: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

HOMOの等値面 (245番目)

±0. 0005 ±0.0005 (背面)

スライドリンク表 28

Page 29: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

HOMOの等値面 (245番目)

±0. 00005 ±0.00005 (背面)

スライドリンク表 29

Page 30: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

HOMOの等値面 (245番目)

±0. 000005 ±0.000005 (背面)

スライドリンク表 30

Page 31: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

LUMOの等値面 (246番目)

±0. 05 ±0.05 (背面)

スライドリンク表 31

Page 32: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

LUMOの等値面 (246番目)

±0. 005 ±0.005 (背面)

スライドリンク表 32

Page 33: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

LUMOの等値面 (246番目)

±0. 0005 ±0.0005 (背面)

スライドリンク表 33

Page 34: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

LUMOの等値面 (246番目)

±0. 00005 ±0.00005 (背面)

スライドリンク表 34

Page 35: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

LUMOの等値面 (246番目)

±0. 000005 ±0.000005 (背面)

スライドリンク表 35

Page 36: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

非占有軌道の等値面 (247番目)

±0. 05 ±0.05 (背面)

スライドリンク表 36

Page 37: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

非占有軌道の等値面 (247番目)

±0. 005 ±0.005 (背面)

スライドリンク表 37

Page 38: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

非占有軌道の等値面 (247番目)

±0. 0005 ±0.0005 (背面)

スライドリンク表 38

Page 39: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

非占有軌道の等値面 (247番目)

±0. 00005 ±0.00005 (背面)

スライドリンク表 39

Page 40: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

非占有軌道の等値面 (247番目)

±0. 000005 ±0.000005 (背面)

スライドリンク表 40

Page 41: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

非占有軌道の等値面 (248番目)

±0. 05 ±0.05 (背面)

スライドリンク表 41

Page 42: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

非占有軌道の等値面 (248番目)

±0. 005 ±0.005 (背面)

スライドリンク表 42

Page 43: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

非占有軌道の等値面 (248番目)

±0. 0005 ±0.0005 (背面)

スライドリンク表 43

Page 44: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

非占有軌道の等値面 (248番目)

±0. 00005 ±0.00005 (背面)

スライドリンク表 44

Page 45: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

非占有軌道の等値面 (248番目)

±0. 000005 ±0.000005 (背面)

スライドリンク表 45

Page 46: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

非占有軌道の等値面 (249番目)

±0. 05 ±0.05 (背面)

スライドリンク表 46

Page 47: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

非占有軌道の等値面 (249番目)

±0. 005 ±0.005 (背面)

スライドリンク表 47

Page 48: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

非占有軌道の等値面 (249番目)

±0. 0005 ±0.0005 (背面)

スライドリンク表 48

Page 49: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

非占有軌道の等値面 (249番目)

±0. 00005 ±0.00005 (背面)

スライドリンク表 49

Page 50: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

非占有軌道の等値面 (249番目)

±0. 000005 ±0.000005 (背面)

スライドリンク表 50

Page 51: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

非占有軌道の等値面 (250番目)

±0. 05 ±0.05 (背面)

スライドリンク表 51

Page 52: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

非占有軌道の等値面 (250番目)

±0. 005 ±0.005 (背面)

スライドリンク表 52

Page 53: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

非占有軌道の等値面 (250番目)

±0. 0005 ±0.0005 (背面)

スライドリンク表 53

Page 54: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

非占有軌道の等値面 (250番目)

±0. 00005 ±0.00005 (背面)

スライドリンク表 54

Page 55: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

非占有軌道の等値面 (250番目)

±0. 000005 ±0.000005 (背面)

スライドリンク表 55

Page 56: 3.1 ヒストンH3ペプチドtammy123.sakura.ne.jp/CDAug26_2005/Data/PDF/3.1.pdfスライドリンク表 分子構造 Ball & Stick Tube Ribbon & Stick 軌道エネルギー分布

静電ポテンシャル

0.1

-0.1

0.1

-0.1

±0. 1 a.u. ±0.1 a.u. (背面)

スライドリンク表 56