2006 - PUBMED livello iniziale

PUBMEDistruzioni per livello iniziale di ricerca

a cura diLeslie Locche ©

Direttore Biblioteca Centralizzata Azienda Ospedaliero Universitaria di Bologna

Testo aggiornato a Febbraio 2006

© Leslie Locche - Corso base PUBMED

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Contenuti della lezione

Pubmed cosa e’ e a cosa serveCome si accede a pubmed Record, campi del record, qualificatoriEsempi di ricerca Ricerca per autoreRicerca per periodicoRicerche per argomentoRicerca di un termineLa funzione details

La funzione troncamento Ricerca di termini composti La funzione limitsOperatori logici: AND - OR – NOTComandiFormati di display e printCome stampareCome recuperare il full text


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Pubmed Cosa è e a cosa serve ?

• Pubmed è la versione gratuita del Medline

• Pubmed è una base di dati bibliografici in ambitobiomedico creata dalla National Library of Medicine ( N.L.M.) – Usa.

• Dato un argomento di ricerca, Pubmed serve a recuperare le citazioni di articoli pubblicati su quel dato argomento dalle principali riviste scientifiche internazionali ( la ricerca viene effettuata su oltre 4.800 riviste biomedichepubblicate negli Stati Uniti e in altri 70 Paesi )


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Pubmed come si accede?

• Pubmed è ad accesso gratuito in internet al sito:

http://pubmed.gov• Oppure, per i professionisti della Azienda Ospedaliero-

Universitaria di Bologna, è possibile accedere a Pubmeddalla home page della biblioteca attivando la voce “banche dati”.

http://pubmed.gov


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Record, campi del record, qualificatoricosa sono?

• Abbiamo detto che Pubmed è un database di citazioni bibliografiche.

• Ogni database è composto da records.

• I RECORDS di Pubmed sono quindi citazioni bibliografiche.

• Ogni record è formato da componenti che si chiamano CAMPI.

• Nella interrogazione di Pubmed posso limitare la ricerca ad alcuni specifici campi utilizzando i QUALIFICATORI DI CAMPO


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Elenco completo dei campi e delle sigle in NCBI help


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Definizioni di campi in NCBI help

Alcuni esempi pratici

Nei prossimi esempi vediamo:la videata di interrogazione ( o finestra di ricerca o location )

la videata dei risultati


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La finestra di ricerca in Pubmed


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La videata dei risultati


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Analisi della videata dei risultatiNella videata che si apre sotto la finestra di ricerca vengono mostrati i risultati.Nell’esempio che segue vediamo uno dei due records reperiti nella ricerca LUNG con LIMITI.Posso modificare la visualizzazione , azionando i menu a tendina, attraverso i seguenti comandi:

DISPLAY mostra per default il formato “summary” che prevede 4 campi: AU,TI, SO, PMIDSHOW limita il numero dei records da visualizzare in ogni videata SORT definisce l’ordine . Es. “ by publication date” mostra per primi i più recenti.SEND TO -relativamente alla visualizzazione, definisce il formato: web (per default) o testo


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Ricerca per autore

Per cercare articoli di Stevens J. Digito nella finestra di location cognome e iniziale del nome e aggiungo, tra parentesi

quadre, il qualificatore di campo [AU]

Stevens J [AU]In questo modo, però, oltre a Stevens J. avrò Stevens JR, Stevens JM ecc

Virgolette : per escludere nomi compostiMetto il nome tra virgolette.Quindi nella finestra di location digito cognome e iniziale del nome tra virgolette e

aggiungo il qualificatore di campo [AU] tra parentesi quadre

“Stevens J“[AU]


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Ricerca per periodico

• Cerco il British journal of urologyUtilizzo tra parentesi quadre il qualificatore di campo [JOUR]Digito nella location British journal of urology [JOUR]

• Per risultato univoco occorre inserire il titolo della rivista tra virgolettetra virgolette

Infatti se digito genetics [JOUR] il sistema comprende sì che cerco una rivista e non un termine di ricerca,

ma estrae quattro riviste contenenti la radice GENET e cioè "Nat Rev Genet"[Journal] OR "Nat Genet"[Journal] OR "Genetics"[Journal] OR "BMC Genet"[Journal]

Se invece digito “ genetics”[JOUR] il sistema estrae univocamente la rivista Genetics e interpreta correttamente "genetics"[jour]


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Ricerca per periodico Seguecerco la rivista: Dialysis&Transplantation

•RICERCHE NON CORRETTEDigito nella location1- Dialysis & transplantation senza virgolette e senza qualificatore - Il sistema interpreta la richiesta come una ricerca su trapianto d’organi e su tecniche dialitiche DETTAGLIO : ("dialysis"[MeSH Terms] OR dialysis[TextWord]) AND ("transplantation"[Subheading] OR "transplantation"[MeSH Terms] OR ("organ transplantation"[TIAB] NOT Medline[SB]) OR "organ transplantation"[MeSH Terms] ORtransplantation[Text Word])

2- Dialysis & tranplantation [JOUR] senza virgolette ma con qualificatore - Il sistema interpreta la richiesta come ricerca del termine dialisi nella rivista Transplantation DETTAGLIO : ("dialysis"[MeSH Terms] OR dialysis[Text Word])

AND "Transplantation"[Journal]

RICERCA CORRETTA

Digito nella location il titolo della rivista tra virgolette seguito dal qualificatore [JOUR]

“Dialysis & tranplantation” [JOUR]

DETTAGLIO: "dialysis &transplantation"[JOUR]

Ricerca per argomento

Seguono alcuni esempi di ricerche con inserimento di termini di ricerca

semplici e composti


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Ricerca di un termine non composto

• Per cercare il termine in qualunque campo del record, non inserisco nessun qualificatore :

• Digitare il temine AUTISM e poi GO• In questo modo il sistema opera un “automatic term

mapping” del termine coi vari indici del database e lo traduce in conformità; poi cerca il termine in tutti i campi del record.

• Nel caso specifico il termine viene cercato sia come parola libera [Text Word] sia traducendolo nel descrittore controllato [MeSH Terms] in quanto in questo caso applicabile.


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Ricerca in campi specifici

• Uso dei qualificatori• Per cercare il termine AUTISM nel titolo dell’articolo,

inserisco il qualificatore[TI] e scrivo AUTISM [TI] • Per cercare il termine AUTISM nell’abstract

dell’articolo, inserisco il qualificatore[AB] e scrivo AUTISM[AB]

• Per cercarlo o nel titolo o nell’abstract scrivo AUTISM[TIAB]


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La funzione Details

• Questa funzione permette di verificare come sono stati tradotti dal sistema i termini di ricerca inseriti


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La videata dei Details


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Details : primo esempio

• Digito nella location AUTISM senza alcun qualificatore• Apro la tendina DETAILS per verificare come il sistema ha

interpretato il temine di ricerca AUTISM• La finestra di details contiene ("autistic disorder"[TIAB] NOT

Medline[SB]) OR "autistic disorder“[MeSH Terms] OR autism[TextWord]

• Ciò significa che il sistema ha cercato la parola AUTISM sia come termine libero [Text Word] autism sia come descrittore controllato del Thesaurus [MeSH Terms] "autistic disorder“


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Details secondo esempio

• Digito nella location IMMUNOTOXICITY • Apro la tendina DETAILS per verificare come il sistema ha

interpretato il temine di ricerca IMMUNOTOXICITY • La finestra di details contiene: immunotoxicity[All Fields]• Ciò significa che il sistema, dopo aver effettuato l’automatic term

mapping, non avendo io inserito nessun qualificatore, [TI] o [AB] o altro, ha cercato il termine IN TUTTI I CAMPI, quindi nel titolodell’articolo, nell’abstract, nel titolo della rivista, ecc. ma non ha potuto trovarlo nel thesaurus di Medline perché infatti il termine IMMUNOTOXICITY non è un descrittore MESH


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Details ultimo esempio

• Digito nella location il temine di ricerca HEPATITIS senza alcun qualificatore

• Apro la tendina DETAILS per verificare come il sistema ha interpretato il temine di ricerca

• La finestra di details contiene "hepatitis"[MeSH Terms] ORhepatitis[Text Word]

• Ciò significa che il sistema ha cercato il termine libero [Text Word] HEPATITIS e lo ha anche trovato nel descrittore controllato [MeSH Terms] HEPATITIS


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Troncamentoinserendo l’asterisco dopo la radice di un termine di ricerca

e’ possibile reperire il termine nelle sue diverse forme

• Librar*reperisce anche:• Library• Libraries• Librarian• Librarian’s• Librarianship• …………

Immunotoxic*reperisce anche :

ImminotoxicityImmunotoxicImmunotoxicant………………..……………….


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Termini semplici e composti

• Eempi di termine semplice ( non composto)• LUNG• AUTISM• SMOKING

• Esempi di termini composti • CYTOTOXIC DRUGS • LUNG CANCER• SMOKING CESSATION• INFANTILE AUTISM


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Ricerca termine composto esattouso delle virgolette

Ricerca corretta ( 20/1/06)“osteoporotic bone” tra virgolettetra virgolette

• Nei details il sistema traduce: "osteoporotic bone"[All Fields]

• Quantitativamente, negli ultimi 30 giorni questa strategia di ricerca produce 3 articoli

• L’esatto termine composto così come ricercato con i due termini adiacenti è presente in tutti e tre gli abstract

Ricerca meno fedele ( data esecuzione 20/1/06)

Osteoporotic bone – senza virgoletteNei details il sistema traduce: (osteoporotic[All Fields] AND (("bone andbones"[TIAB] NOT Medline[SB]) OR "bone andbones"[MeSH Terms] OR bone[Text Word]))

Quantitativamente, negli ultimi 30 giorni questa strategia di ricerca produce 46 articoli (ridondante)Non è mai presente l’esatto termine composto così come ricercato, anche se sono presenti altri termini composti pertinenti, quali: osteoporotic fractures, osteoporotic women, osteoporotic rat


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Funzione Limitsconsente di restringere la ricerca: ad esempio ad un periodo di tempo o ad una fascia di età o

ad una determinata lingua o ai soli animali o al solo genere maschile o femminile


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Operatori logicidefinizione

• Pubmed consente di combinare tra loro diversi termini di ricerca• La combinazione avviene con gli operatori logici OR –AND – NOT

• ORREPERISCE ARTICOLI CHE CONTENGONO ALMENO UNOALMENO UNODEI VARI TERMINI CHE HO COMBINATI CON “OR” ( quindi anche tutti ).

• ANDREPERISCE ARTICOLI IN CUI TUTTI I TERMINI CHE HO COMBINATI CON “AND” SONO COMPRESENTI COMPRESENTI

• NOTESCLUDEESCLUDE ARTICOLI CHE CONTENGONO I TERMINI PRECEDUTI DA “NOT”


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Operatori logicicombinazione di concetti

• Esempio di come gli operatori logici combinano gli insiemi


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Operatori logiciun esempio nella nostra Azienda

Reperire gli articoli pubblicati dal Dr. Pietro Pavlica senza il Dr. Libero Barozzi

“Pavlica P” [AU] NOT

“Barozzi L” [AU]

Al 20/1/2006 trovo 69 articoliscritti dal Dr. Pietro Pavlicasenza il Dr. Libero Barozzi( riprova è che chiedendo solo Dr Barozzi avrò 28 articoli )

Reperire tutti gli articoli pubblicati dal Dr. Pavlica e tutti gli articoli pubblicati dal Dr. Libero Barozzi, quindi sia insieme che da soli.

“Pavlica P” [AU] OR


Al 20/1/2006 trovo 143 articoli scritti dai due medici insieme o da soli

Reperire articoli pubblicati dal Dr. Pietro Pavlica insieme col Dr. Libero Barozzi (compresenza dei due autori )

“Pavlica P” [AU] AND


Al 20/1/2006 trovo 46 articoliin cui i due medici sono coautori

NOTORAND


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Operatori logicicome vanno usati in Pubmed

• Gli operatori logici vanno scritti in MAIUSCOLO• Se tra due termini non viene scritto nessun operatore logico, Pubmed

per default traduce ciò in ANDEsempio: se scrivo osteoporosis alendronate , Pubmed interpreta : osteoporosis AND alendronate e reperisce articoli che presentano sia l’uno che l’altro termine

• Pubmed legge gli operatori combinando i termini da sinistra a destra quindi occorre esprimere le combinazioni nella giusta sequenza oppure occorre usare le parentesi tonde : quindi se cerco articoli suTERAPIA DELL’OSTEOPOROSI CON ALENDRONATO E AMDRONATO

• corretto : osteoporosis AND ( alendronate OR amidronate)• sbagliato : osteoporosis AND alendronate OR amidronate• corretto : alendronate OR amidronate AND osteoporosis


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Comandi

Rispettivamente questi comandi consentono di:

•Visualizzare le citazioni in formato testo •Salvarle in HD o periferica•Memorizzarle temporaneamente presso NLM•Inviarle tutte o un numero selezionato per posta elettronica•Ordinare l’articolo a NLM

SEND TO•TEXT•FILE•CLIPBOARD•E-MAIL•ORDER

Consente di scegliere se visualizzare le citazioni reperite in ordine alfabetico per primo autore o per titolo della rivista o in ordine cronologico di pubblicazione ( presentate dalla più recente in poi )

SORT

Consente di definire quante citazioni bibliografiche si vogliono visualizzare/stampare per facciataSHOW

Consente di definire il formato di visualizzazione e poi stampa desideratoDISPLAY


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Formati del displayi principali esempi

Record completo di tutti i campi così come appare nella base di dati Medline

MEDLINE

Dati contenuti nel formato Abstract – Descrittori controllati – Nome delle sostanzechimiche – Numero del contratto (se la ricerca è finanziata da enti pubblici statunitensi)

CITATION

Dati contenuti nel formato Summary - Abstract- Eventuale link al full text dell’ar-ticolo –Ente di appartenenza del primo autore – Tipi di pubblicazioneABSTRACT

Nome del primo autore – I primi trenta caratteri del titolo –Numero di identificazione del record nel PubMedBRIEF

Autori – Titolo - Fonte bibliografica – Eventuale indicazione che l’articolo non è in lingua inglese – Tipo di pubblicazione – Numerodi identificazione del record nel PubMed – Note aggiuntive ([PubMed – in process])

SUMMARY


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comandi per stampare

Obiettivo: stampare in formato testo tutte le citazioni reperite dalla ricerca ( es. 100) su più pagine

SHOW : cambio da 20 a 100cambio da 20 a 100

SEND TO : scelgo scelgo text text

DA MENU:FILESTAMPA

Obiettivo: stampare solo le citazioni dellavideata corrente in formato web

DA MENU:FILESTAMPA


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C’è l’abstract?C’è il full text??

Il testo completo dell’articolo è gratuito ed è disponibile sulPubMed Central

Il testo completo dell’articolo è gratuito

Citazioni con abstract

Citazioni prive di abstract


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Come recuperare il full textLa Biblioteca Centralizzata della Azienda Ospedaliero Universitaria di Bologna si è registrata presso la National Library of Medicine di Bethesda USA e ha attivato la funzione LINKOUT di PUBMED che consente alla NLM di riconoscere le riviste per le quali l’Azienda ha abbonamento elettronico presso gli Editori e di aprire il collegamento al loro full text durante una ricerca in Pubmed.

Per accedere al full text in questa modalità occorre collegarsi a PUBMED con il seguente URL http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?holding=iitaoblibCollegandosi da questo URL, limitatamente alle riviste sottoscritte dalla Azienda in formato elettronico, se si clicca sugli autori della citazione, appare una icona con il LOGO della LOGO della nostra Aziendanostra Azienda che apre il full text. Il lavoro è in corso…..daremo ulteriori notizie quando la Biblioteca avrà completato l’implementazione di Linkout.

Allo stato attuale (20/1/2006), da http://pubmd.gov è comunque possibile raggiungere il full text, ma non si ha indicazione preventiva e certa di accesso gratuito per la Azienda e quindi l’Editore potrebbe chiedere password o carta di credito. Procedere come segue :Sulla destra della videata dei risultati di Pubmed all’altezza di ogni citazione compare la scritta LINKSCol mouse destro da LINK attivare il comando LINKOUT che apparirà per le riviste da noi sottoscritte in full text o free; ciò avvierà l’apertura dell’articolo a testo pieno presso il sito dell’Editore. Per il full text occorre provare se il Linkout e’ attivo ..

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?holding=iitaoblib

http://pubmed.gov


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La finestra di Linkout in Pubmed


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Comando per salvare il risultato della ricerca

Comando per spedire via e-mail il risultato della ricerca

Formato di visualizzazione che mostra il record completo

Cercare articoli scritti da Santoro A con autori diversi da Mandreoli M

Cercare articoli scritti da Santoro A in collaborazione con Mandreoli M

Cercare articoli pubblicati nel 2004 su autismo

Cercare articoli che contengano nell’Abstract la radice OSTEO

Cergare il termine CANCER nel tiolo dell’articolo

Cercare la rivista Human genetics

Cercare articoli scritti da Rossi A evitando nomi composti

Risposte10 Domande – tempo di risposta previsto 10 minuti

Esercizi


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Da tendina SEND TO : fileComando per salvare il risultato della ricerca

Da tendina SEND TO : e mailComando per spedire via e-mail il risultato della ricerca

MEDLINEFormato di visualizzazione che mostra il record completo

“Santoro A” [AU] NOT “Mandreoli M”[AU]]Cercare articoli scritti da Santoro A con autori diversi da Mandreoli M

“Santoro A” [AU] AND “Mandreoli M”[AU]]Cercare articoli scritti da Santoro A in collaborazione con Mandreoli M

Procedura: digito nella location AUTISM; apro la tendina LIMITS:

Apro ozione PUBLICATION DATE e scrivo from 2004 to 2004

Cercare articoli pubblicati nel 2004 su autismo

Osteo* [AB]Cercare articoli che contengano nell’Abstract la radice OSTEO

Carcer [TI]Cergare il termine CANCER nel tiolo dell’articolo

“ human genetics” [JOUR]Cercare la rivista Human genetics

“Rossi A” [AU]Cercare articoli scritti da Rossi A evitando nomi composti

SoluzioneDomanda

Soluzione degli esercizi

2006 - PUBMED livello iniziale

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