MOLEKULARNI MOLEKULARNI MARKERIMARKERI

Marker može biti:

- svaki gen poznate hromosomske lokacije koji ima jasnu fenotipsku ekspresiju

- antigenski fragment upotrebljiv za distinkciju tipova ćelija

- segmenti DNK, RNK i proteina poznate veličine

Genetički marker:

- upotrebljava se za opis dijela DNK čija su svojstva i pozicije poznate i koji se koristi u genetičkoj identifikaciji ćelije, tkiva ili organizma

Marker gen:

- svaki gen poznate funkcije i lokacije

- indirektni – fenotipski markeri (“osobine”)

- direktni – genetički markeri u užem smislu te riječi (DNK i RNK markeri)

Indirektni markeri:

-morfološki markeri

- biohemijski markeri (krvne grupe, osjetljivost na PTC)

Direktni markeri:

- DNK markeri (“genetički marker prve vrste”)

- RNK markeri (“genetički marker druge vrste”)

Osobine dobrog markera:

- polimorfnost

- reproducibilnost (stabilan rezultat)

- kodominantnost (detektabilnost heterozigota)

- diskriminativnost (jasne razlike među varijantama)

- neovisnost o uticaju sredine

- selektivna neutralnost

- jednostavna, jeftina i brza manipulacija

Tipovi markera: Non-PCR – RFLP

- Restriction Fragment Length Polymorphism – bazira se na osobini restrikcionih endonukleaza II tipa i detektuje se prvenstveno hibridizacijskim metodama

Tipovi markera: PCR-RFLP

- PCR + Restriction Fragment Length Polymorphism

- prvo ide umnožavanje ciljanih dijelova genoma, pa digestija enzimom a zatim detekcija gel elektroforezom

- jako dobro ako je polazna količina nasljednog materijala jako mala

Bb1 Bb2 Bb3 Bb4 Bb5 Bb6 Bb7 Bb8 Bb9 Bh1 Bh11 Bs1 Bs3 Bs5 Bs6 Bs7 Bs8 Bs9 Bs11 Bs12 M+

Figura 8 – Rezultati analize prisustva CG mutacije na M9 regionu (zaokružena G

varijanta)

Tipovi markera: AFLP

- Amplified Fragment Length Polymorphism

- Restriction Fragment Length Polymorphism + PCR

- selektivna amplifikacija restrikcionih DNK fragmenata; digestija DNK sa dva odabrana enzima a potom vezivanje sintetiziranih oligonukleotida putem ligaze

- obojena detekcija poliakrilamidnom gel elektroforezom

- omogućava brzi pregled genoma

Bc4 Bc6 Bc8 B10 Bn1 Bn3 Bn5 Bn7 Bn9 Bn11 Bl2 Bl4 Bl6 Bl8 Bl10 Bc5 Bc7 Bc9 B11 Bn2 Bn4 Bn6 Bn8 Bn10 Bl1 Bl3 Bl5 Bl7 Bl9 M12f2

Figura 12 - Rezultati analize prisustva 10kb varijante (zaokružena) na 12f2 regionu

Bc4 Bc6 Bc8 B10 Bn1 Bn3 Bn5 Bn7 Bn9 Bn11 Bl2 Bl4 Bl6 Bl8 Bl10 Bc5 Bc7 Bc9 B11 Bn2 Bn4 Bn6 Bn8 Bn10 Bl1 Bl3 Bl5 Bl7 Bl9 M12f2

Tipovi markera: RAPD

- Random Amplified Polymorphic DNA

- kratki prajmeri koji se nespecifično vežu za matricu

- separacija fragmenata i analiza gel elektroforezom

Tipovi markera: VNTR

- Variable Number of Tandem Repeats

Tipovi markera: STR

- Short Tandem Repeats

7 repeats

8 repeats

AATG

Homozigot - oba alela su iste dužineHomozigot - oba alela su iste dužine

Heterozigot - aleli su različite dužineHeterozigot - aleli su različite dužine

Tipovi markera: SNPTipovi markera: SNP

- SSingle ingle NNucleotid ucleotid PPolymorphismolymorphism

dNTPs

Primer

enzim

CG CG CG CGCG CG CG CGAC GT AC GCGC GC GC GCAT AT AT AT25% 25% 25% 25%

HETERODUPLEX HOMODUPLEX

Denaturacija-Renaturacija

CGCGATGCAT

CGCGGCGCAT