CYTOCHROME C

DE  MODERNE   MOLECULAIRE  KLOK  (Larry  Moran )

De eerste moleculaire fylogenetische stambomen werden opgebouwd met behulp van de  aminozuur -sequenties van kleine eiwitten.

Een van die eiwitten  was  Cytochroom C en het bleek een  zeer nuttige keus  te  zijn, omdat  homologen van het eiwit  gemakkelijker dan andere   konden  worden gevonden in alle organismen , toen men er naar op zoek ging   , en   dat  inclusief bacteriën. 

De oorspronkelijke stambomen werden gepubliceerd in het  handboek  van Margoliash ...een latere versie  is te vinden  bij  van Fitch en Margoliash (1967). Dit is  een beroemde stamboom die in veel leerboeken  staat afgedrukt 

 

 

(De versie die hier  wordt  getoond is van Mulligan (2008).) 

Vanaf het allereerste begin, constateerden de auteurs dat binnen de moleculaire fylogenetische stam  op  iedere  vertakking (stamlijn)   die leide tot   een belangrijke  nieuwe hoofdsoortengroep    , de mate van  nodige  veranderingen(mutatie frequentie )  in iedere  afstammingslijn  ___ en om uit te komen bij het voorlopige(belangrijke huidige  eindpunt ) vanuit hun gemeenschappelijke  laatste voorouder  ____   , ongeveer constant was  . 

Zo kun je in  bovenstaand  voorbeeld van Muligan    zien dat : 

-Het aantal  noodzakelijke  veranderingen (mutaties ) in de ontwwikkelings lijn  die vanuit een gemeenschappelijke  wortel  (common ancestor ) leide tot  de groep der gisten  (Saccharomyces) ongeveer  17 +10 +2 = 31   was 

-Het aantal  (significante) veranderingen ( muaties )  in de stam -lijn die leide tot  de "insecten " 31 of 28, is ( en  dat  is  afhankelijk van de resulterende belangrijke  soorten  insecten-hoofd groepen  ) .

Het "mutatie-frequentie " nummer  dat  leide  tot de  groep  mens en de apen = 32. 

Alle moderne soorten lijken  op de stamboom  te zitten  aan de uiteinden van stamlijnen die zijn geëvolueerd aan   een relatief constante snelheid waarbij   ze (relatief  met een ongeveer  gelijkaardig aantal veranderingen  ) afweken van een gemeenschappelijke uitgangs-voorouder-groep  .

Dit resultaat was verrassend, omdat de meeste biochemici toendertijd  dachten dat  evolutie door natuurlijke selectie het belangrijkste ( indien al niet het enige ) mechanisme.was ...  en  dat had als consequenties dat  veranderende millieu-omstandigheden(over de  verschillende era's van de geologische tijd )  ,  steeds  nieuwe  veranderingen in de stamlijnen  opleverden

Maar hoe  is het mogelijk dat de  opstart- en verdere  ontwikkeling  omgevingen  van insecten, gist, en primaten  , gespreid over miljoenen  jaren( en/ in verschillende periodes van de  geschiedenis van de aarde  ) en  de  natuurlijke selectie toch steeds  opnieuw  (ongeveer) hetzelfde aantal wijzigingen  kon aanbrengen in iedere  stamlijn ongeacht  de verschillende   geologische  tijdjvakken  waarin dat plaatsvond  ? {(bijvoorbeeld ) Insekten en mensen zijn  duidelijk  niet in dezelfde periode  onstaan , maar hebben wel in hun huidige verschiiningsvorm   een  gelijkaardig aantal  mutaties nodig  gehad om zich te ontwikkelen  uit hun laatste gemeenschappelijke   voorouder  ?   }

Alleen maar  ecologische niches  ? of  gelijk-aardige  omgevingen  in verschillende era ? ( bijvoorbeeld  vergelijkbare   ijstijden  en vergelijkbare   globale en mondiale   uitstervingsgolven   )  of  iets anders ?

Hetzelfde  fenomenale   resultaat   van mutatiefrekwenties  werd ( een paar jaar later  ) waargenomen onder  de  verschillende  stamlijnen  van   bacteriën , die eveneens aan de levensstamboom konden worden  toegevoegd  

De  gevonden  mutatie frequentie gegeven s  leverden   uiteraard    een zeer grove  benaderde moleculaire klok. 

Toendertijd  had   Kimura (en anderen waaronder Fitch)de neutrale "mutatie" theorie gepubliceerd  (en daarmee  die  benaderde moleculaire klok  , uitgelegd  ?) . 

=  De veranderingen in de aminozuursequenties zijn neutraal en worden veroorzaakt  door willekeurige genetische drift.

Omdat drift    een stochastisch proces is :   zal  het tempo van de fixatie van deze neutrale allelen  ongeveer constant in de tijd. zijn  (1  )   

De verbazingwekkende conclusie ___die de meeste mensen nog steeds niet begrijpen___  is dat de overgrote meerderheid van alle evolutionaire verandering(Mutaties ) door toevallige genetische drift onstaat  en niet door  ( zeker  niet  :  uitsluitend ? door de  moleculair  minder belangrijke  ) natuurlijke selectie. (2)

De ontdekking van een benaderde moleculaire klok leidde onmiddellijk tot pogingen om de klok  te kalibreren met betrekking tot  de geologische  tijd. 

Margoliash (1963) was de eerste om dit te doen met behulp van CytochroomC sequenties.  ... Hier is de  tabel uit zijn  paper  :   ... 

Merk op dat het aantal wijzigingen die leidden tot  gist (en van alle )  dieren ongeveer 44 aminozuursubstituties bedraagt  . (De Fitch en Margoliash waarden in de bovenstaande tabel zijn percentages, maar het punt is nog steeds geldig.)

Als   men  het aantal  "veranderingen " gaat vergelijken met de bekende  geologische ouderdom  van  fosiele gegevens( in het bijzonder  over het beschouwde   Common  ancestraal begin en (voorlopig ) eindpunt van een stamlijn )  en  vervolgens met behulp van bekende ijkpunten( zoals de divergentie van paarden en mensen, of paarden en kippen ) ,dan kan men  de uitkomsten  extrapoleren naar een voorspelbare  gist-dier split op ongeveer - 500 MY mi 

We weten nu dat de kalibratie punten onjuist waren  en dat schimmels en dieren ongeveer  een miljard jaar geleden hun gezamelijk pad verlieten  . Maar  dat   verandert niets aan het feit dat er een benaderde moleculaire klok is  .Het beïnvloedt alleen maar  de kalibratie van die klok met de  bekende  fossiele  gegevens uit de geologische   tijd

Er zijn heelwat  problemen met  moleculaire klokken, waaronder het feit dat ze op verschillende wijze  tikken  voor verschillende eiwitten, zoals hieronder afgebeeld.

Dit komt omdat de  "veranderlijke"  sequenties van enkele eiwitten, zoals cytochroom c, erg beperkt  geconserveerd  werden   door  de  natuurlijke selectie 

Andere eiwitten, zoals fibrinepeptiden,  tolereren veel meer veranderingen in hun  strucuren . 

Er zijn twee recente evaluaties , die de moeite waard  zijn om te lezen als je geïnteresseerd bent in de moleculaire klokken (Broham en Penny, 2003; Kumar, 2005).

Zij bespreken de problemen met de kalibratie (zichtbaar in de figuur hierboven) en de problemen met betrekking  tot  de moleculaire klok op generatie tijd en niet (volgens de geologische )jaren.

De grondredenering  is dat de moleculaire klok niet precies overeen komt met de voorspellinggen  van de neutrale theorie  ___maar het is  wel  dichtbij genoeg om gebruikt te worden om de  tijdstippen   van  mogelijke  divergentie  in  .Het is nog steeds krachtig bewijs dat de meeste veranderingen in de gen / eiwit-sequenties neutrale veranderingen (mutaties ) zijn  die zijn qaangebracht   door willekeurige genetische drift.

Natuurlijke selectie is  slechts  een kleine (mee)speler in de moleculaire evolutie. 

(1.)  Het is gelijk aan de mutatie snelheid, μ, en onafhankelijk van de grootte van de populatie.

(2) uiteraard is dit de  denkpiste van de pluralisten  en Gouldianen  , waartoe ook Moran  behoort  

 

Bromham L, Penny D. (2003) The modern molecular clock. Bromham L,  Nat Rev Genet. Nat Rev Genet. 2003 Mar;4(3):216-24. 2003 Mar;  doi:10.1038/nrg1020]http://adn.bioinfo.uqam.ca/bif7001/articles/BIF7001-Phylo-NatureReviewsGenetics4b.pdf

Fitch, WM and Margoliash, E. (1967)

Construction of phylogenetic trees. . Science 155:279–284. 

Kumar. Kumar. S. (2005) Molecular clocks: four decades of evolution. S. (2005) . Nat, Rev, Genet, 6:654-662.

Margoliash, e. Margoliash, e. (1963) Primary structure and evolution of cytochrome c. (1963) . Proc. Proc. Natl. Acad. Sci. Sci. USA 50:672-679.

Mulligan, PK (2008) Proteins, evolution of in AccessScience, ©McGraw-Hill Companies.

http://sandwalk.blogspot.com/2012/01/modern-molecular-clock.html#more

 

 

 

 

 

 

human mgdvekgkki fimkcsqcht vekggkhktg pnlhglfgrk tgqapgysyt aanknkgiiw gedtlmeyle npkkyipgtk mifvgikkke eradliaylk katne

chimpanzee mgdvekgkki fimkcsqcht vekggkhktg pnlhglfgrk tgqapgysyt aanknkgiiw gedtlmeyle npkkyipgtk mifvgikkke eradliaylk katne

rhesus monkey

gdvekgkkif imkcsqchtv ekggkhktgp nlhglfgrkt gqapgysyta anknkgitwg edtlmeylen pkkyipgtkm ifvgikkkee radliaylkk atne

rabbit gdvekgkkif vqkcaqchtv ekggkhktgp nlhglfgrkt gqavgfsytd anknkgitwg edtlmeylen pkkyipgtkm ifagikkkde radliaylkk atne

mouse mgdvekgkki fvqkcaqcht vekggkhktg pnlhglfgrk tgqaagfsyt danknkgitw gedtlmeyle npkkyipgtk mifagikkkg eradliaylk katne

rat mgdvekgkki fvqkcaqcht vekggkhktg pnlhglfgrk tgqaagfsyt danknkgitw gedtlmeyle npkkyipgtk mifagikkkg eradliaylk katne

guinea pig gdvekgkkif vqkcaqchtv ekggkhktgp nlhglfgrkt gqaagfsytd anknkgitwg edtlmeylen pkkyipgtkm ifagikkkge radliaylkk atne

gray whale gdvekgkkif vqkcaqchtv ekggkhktgp nlhglfgrkt gqavgfsytd anknkgitwg eetlmeylen pkkyipgtkm ifagikkkge radliaylkk atne

camel gdvekgkkif vqkcaqchtv ekggkhktgp nlhglfgrkt gqavgfsytd anknkgitwg eetlmeylen pkkyipgtkm ifagikkkge radliaylkk atne

pig gdvekgkkif vqkcaqchtv ekggkhktgp nlhglfgrkt gqapgfsytd anknkgitwg eetlmeylen pkkyipgtkm ifagikkkge redliaylkk atne

chicken mgdiekgkki fvqkcsqcht vekggkhktg pnlhglfgrk tgqaegfsyt danknkgitw gedtlmeyle npkkyipgtk mifagikkks ervdliaylk datsk

duck gdvekgkkif vqkcsqchtv ekggkhktgp nlhglfgrkt gqaegfsytd anknkgitwg edtlmeylen pkkyipgtkm ifagikkkse radliaylkd atak

pigeon gdiekgkkif vqkcsqchtv ekggkhktgp nlhglfgrkt gqaegfsytd anknkgitwg edtlmeylen pkkyipgtkm ifagikkkae radliaylkq atak

penguin gdiekgkkif vqkcsqchtv ekggkhktgp nlhgifgrkt gqaegfsytd anknkgitwg edtlmeylen pkkyipgtkm ifagikkkse radliaylkd atsk

ostrich gdiekgkkif vqkcsqchtv ekggkhktgp nldglfgrkt gqaegfsytd anknkgitwg edtlmeylen pkkyipgtkm ifagikkkse radliaylkd atsk

alligator gdvekgkkif vqkcaqchtv ekggkhktgp nlhgligrkt gqapgfsyte anknkgitwg eetlmeylen

pkkyipgtkm ifagikkkpe radliaylke atsnsnapping turtle

gdvekgkkif vqkcaqchtv ekggkhktgp nlngligrkt gqaegfsyte anknkgitwg eetlmeylen pkkyipgtkm ifagikkkae radliaylkd atsk

rattlesnake gdvekgkkif smkcgtchtv eeggkhktgp nlhglfgrkt gqavgysyta anknkgiiwg ddtlmeylen pkkyipgtkm vftglkskke rtdliaylke atak

monitor gdvekgkkif vqkcsqchtv ekggkhktgp nlhqlfgrkt geaegfsyta anknkgitwg edtlfeylen pkkyipgtkm ifagikkkte rddliaylke atak

bullfrog gdvekgkkif vqkcaqchtc ekggkhkvgp nlygligrkt gqaagfsytd anknkgitwg edtlmeylen pkkyipgtkm ifagikkkge rqdliaylks acsk

tuna gdvakgkktf vqkcaqchtv enggkhkvgp nlwglfgrkt gqaegysytd ankskgivwn entlmeylen pkkyipgtkm ifagikkkge rqdlvaylks ats

carp gdvekgkkvf vqkcaqchtv zbggkhkvgp nlwglfgrkt gqapgfsytb abkskgivwb zztlmeylzb pkkyipgtkm ifagikkkge radliaylks ats

starfish gqvekgkkif vqrcaqchtv ekagkhktgp nlngilgrkt gqaagfsytd anrnkgitwk netlfeylen pkkyipgtkm vfaglkkqke rqdliaylea atk

flesh fly gvpagdvekg kkifvqrcaq chtveaggkh kvgpnlhglf grktgqapgf aytdankakg itwnedtlfe ylenpkkyip gtkmifaglk kpnergdlia ylksatk

fruit fly mgvpagdvek gkklfvqrca qchtveaggk hkvgpnlhgl igrktgqaag faytdankak gitwnedtlf eylenpkkyi pgtkmifagl kkpnergdli aylksatk

corn asfseappgn pkagekifkt kcaqchtvek gaghkqgpnl nglfgrqsgt tagysysaan knkavvween tlydyllnpk kyipgtkmvf pglkkpqera dliaylkeat a

sunflower asfaeapagd pttgakifkt kcaqchtvek gaghkqgpnl nglfgrqsgt tagysysaan knmaviween tlydyllnpk kyipgtkmvf pglkkpqera dliaylktst a

 

http://members.cox.net/ardipithecus/evol/HovindLie.html

 

http://members.cox.net/ardipithecus/evol/lies/lie010.html

Man, chimpanzee DTLMEYLENPKKYIPGTKMIFVGRhesus monkey DTLMEYLENPKKYIPGTKMIFVGHorse ETLMEYLENPKKYIPGTKMIFAGDonkey ETLMEYLENPKKYIPGTKMIFAGCow, pig, sheep ETLMEYLENPKKYIPGTKMIFAGDog ETLMEYLENPKKYIPGTKMIFAGRabbit DTLMEYLENPKKYIPGTKMIFAGCalif. gray whale ETLMEYLENPKKYIPGTKMIFAGGreat gray kangaroo DTLMEYLENPKKYIPGTKMIFAGChicken, turkey DTLMEYLENPKKYIPGTKMIFAGPigeon DTLMEYLENPKKYIPGTKMIFAGPekin duck DTLMEYLENPKKYIPGTKMIFAGSnapping turtle ETLMEYLENPKKYIPGTKMIFTGRattlesnake(*) DTLMEYLENPKKYIPGTKMVFTGBullfrog DTLMEYLENPKKYIPGTKMIFAGTuna DTLMEYLENPKKYIPGTKMIFAGDogfish ETLRIYLENPKKYIPGTKMIFAGSamia cynthia (moth) DTLFEYLENPKKYIPGTKMVFAGTobacco hornworm moth DTLFEYLENPKKYIPGTKMVFAGScrewworm fly DTLNPKKYNPKKYIPGTKMIFAGDrosophila (fruit fly) DTLFEYLENPKKYIPGTKMIFAGBaker’s yeast NNMSEYLTNPKKYIPGTKMAFGGCandida krusei (yeast) PTMSDYLENPKKYIPGTKMAFGGNeurospora crassa (mold) NTLFEYLENPKKYIPGTKMAFGGWheat germ NTLYDYLLNPKKYIPGTKMVFPGBuckwheat seed DTLYEYLLNPKKYIPGTKMVFPGSunflower seed NTLYDYLENPKKYIPGTKMVFPGMung bean KTLYDYLENPKKYIPGTKMVFPGCauliflower KTLYDYLENPKKYIPGTKMVFPGPumpkin KTLYDYLENPKKYIPGTKMVFPGSesame seed NTLYDYLENPKKYIPGTKMVFPGCastor bean NTLYAYLENPKKYIPGTKMVFPGCottonseed NTLYDYLENPKKYIPGTKMVFPGAbutilon seed NTLYDYLENPKKYIPGTKMVFPG

(*)

Rattle snake  Cytochrome C http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1149985/pdf/biochemj00163-0198.pdf

Internationale Afkortingen Lijst   voor  aminozuren       ( Engels) click here. de  20 ( engelse namen voor aminozuren   de 3 letter afkorting   de l letter code voor het aminozuur

Aminozuur 3 Letter Code 1 Letter Code

Alanine Ala A

Arginine Arg R

Asparagine Asn N

Asparaginezuur Asp D

Cysteïne Cys C

Glutamine Gln Q

Glutaminezuur Glu E

Glycine (aminozuur) Gly G

Histidine His H

Isoleucine Ile I

Leucine Leu L

Lysine Lys K

Methionine Met M

Fenylalanine Phe F

Proline Pro P

Serine Ser S

Threonine Thr T

Tryptofaan Trp W

Tyrosine Tyr Y

Valine Val V

  Hieronder volgt een lijstje  van de twintig aminozuren  die de universele code  uitmaken en de codons die ervoor coderen+  start  en stop codons ( = triplets ) Meerdere triplettten  coderen voor hetzelfde aminuzuurhet zijn dus eigenlijk "synoniemen " Het verschijnsel dat meerdere codons coderen voor hetzelfde in de universele code noemt "degeneracy ": Iets wat soms verkeerdelijk ( of (on)opzettelijk door( on)wetende  creato's en andere   ideologische  desinformanten en junk wetenschappers   ? ) als  degeneratie wordt vertaald     Ala/A GCU, GCC, GCA, GCG Leu/L UUA, UUG, CUU, CUC, CUA, CUGArg/R CGU, CGC, CGA, CGG, AGA, AGG Lys/K AAA, AAGAsn/N AAU, AAC Met/M AUGAsp/D GAU, GAC Phe/F UUU, UUCCys/C UGU, UGC Pro/P CCU, CCC, CCA, CCGGln/Q CAA, CAG Ser/S UCU, UCC, UCA, UCG, AGU, AGCGlu/E GAA, GAG Thr/T ACU, ACC, ACA, ACGGly/G GGU, GGC, GGA, GGG Trp/W UGGHis/H CAU, CAC Tyr/Y UAU, UACIle/I AUU, AUC, AUA Val/V GUU, GUC, GUA, GUG

START AUG STOP UAG, UGA, UAA

       All animals are equal... Tomaso Agricola

 

...but some are more equal then others.

  Dit is een zin uit Animal Farm van George Orwell, inderdaad.. Wat heeft deze uitspraak met evolutie te maken? 

In het artikel van Dobzhansky uit 1973 zit een gedeelte dat gaat over de eenheid van het leven.We zien bij bepaalde groepen dieren een bepaald bouwplan.

 Bijvoorbeeld bij zoogdieren zien we dat de vingers van de ‘hand’ bij bepaalde soorten heel lang en dun zijn geworden en een soort vleugels vormen, zoals bij vleermuizen, terwijl bij anderen de vingers heel erg vergroeid zijn en uitkomen in 1 harde nagel zoals bijpaarden. 

Maar die eenheid gaat nog veel verder.Zij bestaat ook op het niveau van het DNA en de eiwitten die daaruit geproduceerd worden.Daar vinden we ook dat bepaalde enzymen in alle levende organismen voorkomen omdat ze een zeer basale functie uitoefenen.Maar wanneer je goed kijkt blijkt dat er ondanks dat die enzymen dezelfde functie uitoefenen er in het DNA dat codeert voor die enzymen wel degelijk verschillen voorkomen. Dobzahnsky geeft zelf het voorbeeld van cytochroom C, een enzym dat een belangrijke rol speelt bij het metabolisme van een aerobe cel (een cel die zuurstof ademt, zoals onze cellen).Hij geeft het volgende lijstje van het aantal verschillen dat gevonden is in het onderliggende DNA tussen de mens en genoemde soort of soortgroep: 

ZoogdierenApen 1 Hond 13 Paard 17 Ezel 16 Varken 13 Konijn 12 Kangoeroe 12 

VogelsEend 17 Duif 16 Kip 18 Pinguin 18 ReptielenSchildpad 19 Ratelslang 20 

VissenTonijn 31

InsectenVlieg 33 Mot 36 

SchimmelsSchimmel (niet nader gespecificeerd) 63 Gist 56 

Het zal duidelijk zijn dat het cytochroom C van sommige soorten meer op het onze lijkt dan dat van anderen. All deze soorten gebruiken cytochroom C.Daarin zijn ze dus allemaal gelijk.

Evolutie van de structuur van macromoleculen 

Evolutie van organismen is berust op verandering in moleculaire bouwstenen. Elke verandering van een organisme is een gevolg van een verandering op het niveau van nucleïnezuren en eiwitten. Evolutie van organismen kunnen we dus ook bekijken als een evolutie van macromoleculen en stofwisseling. Een tak van de biochemie houdt zich dan ook bezig met het bepalen van de volgorde van aminozuren in gelijksoortige eiwitten van verschillende diersoorten. Men kan besluiten dat hoe meer de aminozuurvolgorde verschilt, hoe meer de verwantschap afneemt, en omgekeerd.

Cytochroom c is een zeer belangrijk ijzerhoudend enzym betrokken bij de eindoxidaties van de ademhaling (mits het een cruciale rol speelt in de stofwisseling, is de kans dat een mutatie gunstig is of geen invloed heeft, zeer klein). Elk organisme (dus alle planten en dieren) met een anaërobe ademhaling bezit dit enzym (wat op zich weer al een argument voor evolutie is, en naar een gemeenschappelijke voorouder wijst).

Niet alle aminozuren in dit eiwit kunnen gewijzigd worden.

Behalve 70 aminozuren, zal een mutatie op een andere plaatst steeds een verlies van functie met zich meebrengen (wat leidt tot het afsterven van het individu).

Dit eiwit verschilt bij mensen en rhesus-aapjes maar voor 1 aminzozuur, en is het gevolg van 1 enkele mutatie.

Mensen en honden verschillen reeds voor 11 aminozuren, wat betekent dat mensen vroeger werden afgesplitst van honden, dan van rhesusapen.

De cytochroom c( Cytochrome c  ) -keten van de mens en de gistcel hebben voor de helft van hun lengte eenzelfde aminozuursamenstelling. Ook dit kan geen toeval zijn en wijst op een gemeenschappelijke oorsprong.

Cytochromes     Heemverbinding 

Oxidatieve fosforylering - Wikipedia  

Cytochrome c oxidase - Wikipedia , the free encyclopedia - [ Vertaal deze pagina ]

Moleculaire   klok  

Men kan uitrekenen en aantonen dat mutatiefrequenties constant zijn (maar wel verschillend naargelang het eiwit), dat het aantal aminozuren dat per tijd kan veranderen constant blijft.

Men kan dus de evolutietijd weergeven als de tijd waarin gemiddeld 1 aminozuur over een lange periode in een reeks van 100 veranderd. Voor cytochroom c is dat 1 AZ/100 per 18 à 26 miljoen.

Uit de evolutiesnelheid (die verschillend is voor verschillende eiwitten!) kan men vervolgens berekenen wanneer de stamboomlijnen zijn afgesplitst. Ook hier dient opgemerkt te worden dat een stamboom – opgemaakt en gedateerd op basis van volgorde in aminozuren van de cytochroomketen – grote gelijkenissen vertoont met stambomen opgesteld op basis van morfologie, paleontologie, etc…

Onderzoek van de eiwitten hemoglobine en myoglobine leidden tot een gelijkaardig resultaat: de nauwst verwante organismen hebben de meeste gelijkaardige samenstelling.

Ook kan men verwantschap nagaan door onderzoek van volgorde van DNA-basen.  

http://web.virginia.edu/Heidi/chapter5/chp5.htm

Cytochroom C     stamboom  

http://sandwalk.blogspot.com/2006/12/michael-denton-and-molecular-clocks.html

http://www.freethinker.nl/forum/viewtopic.php?t=1122

http://www.imagebam.com/image/3192eb26637812

 

 

 

Nov 15, '10

The Bull frog affaire etc ...http://www.ntskeptics.org/2001/2001october/october2001.htm 

http://www.talkorigins.org/faqs/denton.html

http://en.wikipedia.org/wiki/Evolution:_A_Theory_in_Crisishttp://www.wasdarwinright.com/homology-f.htmhttp://www.don-lindsay-archive.org/creation/denton.html

M Denton heeft zijn eigen claims teruggetrokken http://home.planet.nl/~gkorthof/kortho29.htm

http://ncse.com/creationism/analysis/excursion-chapter-6-biochemical-similaritieshttp://members.cox.net/ardipithecus/evol/HovindLie.html

Cytochrome C is a small iron containing protein responsible for shuttling electrons within the electron transport chain. From widespread research we

know that its primary amino acid sequence is largely independant from its tertiary structure and overall effiacy. It’s evolution is therefore largely independent from external selection pressures (as long as the protein works, it’s good enough) and as such it serves as an excellent tool in demonstrating the inheritance of mutations across clades. By comparing mutations across species, we should be able to construct non-random phylogenetic trees that conform with those constructed by independent methods. It should be emphasized that a common creationist argument against the evolution of proteins is that they were created to meed the specific needs of the organism, with one amino acid pattern conforming to the needs of one organism, and another to the needs of another organism, and therefore differences in AA sequence is a prediction made by creationists as well. I therefore chose Cytochrome C since its nature negates any a priori reason to assume anything but randomized varients across forms of life, and I included the yeast/human Cyt C transfer as a specific refutation of the aformentioned claim.

Nov 15, '10,

dymaco Nov 10

" .....Klinkt leuk, maar als we het cytochroom C van een primitieve bacterie vergelijken met cytroom C van andere organismen zie je de volgende verschillen. Bacterie --> Zoogdier 65%, Reptiel 64%, Amfibie 64%, Vis 64%, Insect 65%, plant 66&. Al deze verschillen zijn even groot……

Met andere woorden, het verschil tussen een bacterie en ALLE andere organismen is even groot. Waar is dat het de overgangsvoorm tussen een bacterie en meercelligen....????? 

Ik meen te hebben gevonden dat je een ( sporadisch ?) EO-kijker bent ... Niets mis mee natuurlijk ... Moet je trouwens zelf maar weten wat je bekijken wilt ... Maar ik vraag toch met aandrang "geloof en wetenschap ( in het bijzonder evolutiewetenschappen ) gescheiden te houden Een gelovig Christelijk mens ben je natuurlijk wel , of je een klassiek YEC creationist bent laat ik in het midden

Je schrijft ergens ( of is het iemand anders die zich ook bediend van jouw nickname) ? ) " ...Het wordt tijd dat de mensen in Nederland gaan nadenken en er achter gaan komen dat er echt een God bestaat die aan het begin van ons leven staat, naar ons omziet, ons kent en een persoonlijk relatie met ons wil door het bloed van Zijn Zoon, die voor onze zonder stierf. "

Ach wat maakt het uit ? ..... (voor een anders gelovige theist klopt het al niet ) Geloof wat je wil ... maar meng geen zogenaamde "kennis " uit verschillende deelgebieden van het menselijke weten met elkaar en die bovendien zijn verkregen door methodisch onverenigbare aanpakken ... (Ja ik weet het dat velen denken dat (natuur)wetenschap en geloof verenigbaar zijn: maar dat is alleszins niet op grond van het methodisch naturalisme = de wetenchappelijke methode en de feiten die daardoor aan het licht worden gebracht ) In Frankrijk zegt men : je moet dweilen en servietten ook niet mengen ... 

TSJA , jouw "kennis" en opmerkingen lijken VOLGENS MIJ gedeeltelijk te zijn gevonden in/ uit het boek van Hobrink "Wetenschap in de Bijbel' ____Of misschien zijn ze wel afkomstig van gedweep met Sheele en /of gaan ze terug op creationist Michael Denton en Nederlandstalige pulp daaromtrent ____...... Het is in elk geval een gelijkaardig verhaal .... 

Waarschijnlijk is dit gewone creationististische "cut en paste " van Nederlandse makelij ? Graag de volgende keer jouw bron duidelijk vermelden ... of ben je zelf Hobrink of iemand die daar" onderzoek "naar doet ? Kan je toch ook eventueel vermelden ...

Trouwens -Verkijk je niet tezeer op dergelijke gedateerde (nederlandse )creationistische boekjes! of hun amerikaanse modelletjes -De info is niet erg betrouwbaar want selectief en tendentieus ('Wetenschap in de bijbel' klinkt niet zo erg wetenschappelijk, het is vooringenomen ...De bijbel, tja, da' s geen science ) 

http://anticreato.multiply.com/journal/item/56/Hobrink?&item_id=56&view:replies=reverseEen goede raad = Zoek de echte info in de wetenschappen en de studie daarover , niet bij de meningen spuiers en smaakmakers van de anti- en pseudo - wetenschap , ideologen allerhande en de sekten van het fanatieke bijgeloof en het rationele niemandslandtussen wetenschap en geloof .....en al helemaal niet als de wetenschap je te hoog gegrepen is .... 

HOBRINK schrijft letterlijk :"Het feit dat bacterieel DNA net zoveel verschillen vertoont met amfibien als met zoogdieren, is een bewijs tegen de evolutietheorie. Immers, als amfibien de voorlopers van de zoogdieren zijn, moeten hun DNA-sequenties dus dichterbij die van bacterien liggen..." 

Antwoord van MarX(= Marnix Medema ) http://www.nadarwin.nl/forum/viewtopic.php?t=160

" .....Amfibien waren voorlopers van de zoogdieren. Maar dat waren niet de huidige amfibien, maar dieren die grotendeels dezelfde eigenschappen hadden als de huidige amfibien.In bovenstaande redenatie wordt net gedaan alsof de huidige amfibien de voorouders zijn van de huidige zoogdieren, wat natuurlijk niet zo is. 

Het feit dat het DNA van de huidige amfibien net zoveel als dat van zoogdieren verschilt met het DNA van bacterien, is logisch, omdat de huidige zoogdieren net zoveel evolutie (evolutionaire tijd, mutaties) hebben doorgemaakt als de huidige amfibien vanaf de afstamming van de oer-'amfibien.'

(Ik zal het even heel simpel maken. ) 

Stel we hebben dier 1 en dier 2. Beiden stammen af van dier 3. Beiden hebben dus door de tijd heen ongeveer net zoveel veranderingen in hun DNA opgelopen, vanaf de tijd dat dier 3 de aarde nog onveilig maakte. Dier 2 is een meer conservatieve richting ingeslagen dan dier 1, en heeft grotendeels dezelfde anatomische kenmerken behouden die dier 3 ook al had. Dier 2 heeft op moleculair niveau echter net zoveel veranderingen ondergaan als dier 1. Dier 2 noemen we nu een amfibie, dier 1 een zoogdier. Omdat dier 2 op dier 3 lijkt, anatomisch gezien, noemen we dier 3 ook een amfibie. Meneer H. zegt nu dat, omdat bacterieel DNA net zoveel op dat van een amfibie (hier heeft hij het over dier 2) lijkt als op dat van een zoogdier (dier 1), beide dieren geen product van evolutie kunnen zijn. Immers, amfibien (nu heeft hij het over dier 3!) zijn toch de voorouders van zoogdieren (dier 1)?! 

Hobrink maakt er dus een zootje van, en doet net alsof dier 2 ongeveer gelijk zou zijn aan dier 3, en dus stilgestaan zou moeten hebben in zijn evolutie, sinds zijn afstamming van dier 3. Dat dit niet het geval is, lijkt me duidelijk. Dier 2 heeft immers net zoveel evolutie doorgemaakt als dier 1, hoewel het dat in een andere richting heeft gedaan. ...." 

------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

ice_agehttp://www.freethinker.nl/forum/viewtopic.php?t=1122...Het verhaal rond cytochroom is tamelijk ingewikkeld. Ik zal een en ander echter proberen te verduidelijken. Allereerst speelt cytochroom een belangrijke rol in de energiehuishouding van de AEROBE cel. Gezien die essentiele rol zullen veel mutaties in de praktijk schadelijk blijken te zijn en weggeselecteerd worden, en slechts weinigen blijven behouden. Gedurende de evolutie is er aan het cytochroom dus al lange tijd weinig veranderd. Gezien het geringe aantal mutaties zijn er dan ook sterke overeenkomsten tussen het cytochroom c van de diverse plant en diersoorten. Dit maakt cytochroom c uitermate geschikt om evolutie en verwantschappen op de lange termijn( bij eukaryioten ) te onderzoeken.

------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Overigens is hieronder ook nog een klein begin in een zoektocht naar antwoorden op deze door creationisten aangekaarte kwesties, te vinden 

http://www.wetenschapsforum.nl/index.php?showtopic=53677

1.- "De" bacterie bestaat niet, als je begrijpt wat ik bedoel.... :-Wie of wat is trouwens de "primitieve " bacterie die jij aanhaalde ? ( geef maar eens de "classificatie" en wetenschappelijke naam van een (paar? ) van uw microbieele voorbeelden ) 

-Denton's " Rhodospirillum rubrum " misschien ? 

Hier is trouwens het oude vergelijkingslijstje met Rhodospirillum cytochrome C2 , van Denton zelf 

Human 65 Chicken 64 Tuna 65 Monkey 64 Penguin 64Bonito 64 Pig 64 Duck 64 Carp 64 Horse 64 Pigeon 64 Dog 65 Dogfish 65 Whale 65 Turtle 64 Rabbit 64 Rattlesnake 66 Lamprey 66 Kangaroo 66 Bullfrog 65 Fruit Fly 65 Mung-bean 66 Candid Cruse 72 Screw-worm 64 Silkworm 65Sesame 65 Castor 69Debaryomyces kloeckeri 67

Tobacco Horn Sunflower 69 Baker's yeast 69 Worm Moth 64 Wheat 66 Neurospora crassa 69 

http://en.wikipedia.org/wiki/Rhodospirillum_rubrum

-Cytochroom C komt voor bij een hoop bekende bacterieen , bij sommige echter niet  

2.- Een "witte " bacterie kolonie bevat bijvoorbeeld geen Cytochroom C.http://www.kennislink.nl/publicaties/fasevariatie-het-switchen-van-genexpressie

Een beter evolutionaire chronometer (en algemeen gebruikt) is het 16s rRNA (of 18s rRNA, afhankelijk van prokarioot of eukarioot) 

Maar ook 16 sRNA is een slechte universele chronometer. Tegenwoordig gebruiken ze homeobox genen. Want die bepalen ontwikkeling en segmentatie etc op embryonaal niveau, en daar worden de grote verschillen gemaakt. 

(m.a.w. het cytochroom C verhaaltje is erg verouderd ; het is gedepasseerd § en alleen nog van historische waarde ) en er zijn

ondertussen veel betere "chronometers " die bovendien de oudere  cytochroom C bevindingen hebben aangevuld , gecorigeerd en /of bevestigd ...

Creationisten blijven echter vasthouden aan verouderde wetenschappelijke discussies ... dat doen ze trouwens altijd al ) 

-cytochroom verschilt niet veel bij planten en mensen--> evolutionair gezien staan die ook dichter bij elkaar. dan bij de bacterieen

Cytochroom is nogal strict. Zorgt voor energie, dus LEVENSNOODZAKELIJK, dus ingrijpende mutaties niet toegestaan.

Het feit dat Cytochroom weinig veranderd is in die tijd (in verhouding tot sommige andere genen) wilt gewoon zeggen dat er weinig tolerantie is voor veranderingen. Dit in combinatie met het feit dat een niet-adequaat werkend cytochroom C lethaal is zorgt er voor dat het weinig is veranderd. Enkel die veranderingen waarmee het cytochroom C nog goed genoeg functioneert om voldoende kans op overleving en voortplanting te geven zullen worden doorgegeven. Veel veranderingen zorgen er overigens voor dat de foetus al de eerste weken na de bevruchting overlijdt wat resulteert in een miskraam en we weten het gewoonlijk zelfs niet dat het een miskraam is : Van alle bevruchtingen overleeft 2/3de niet de eerste weken, een bijwerking van de blinde horlogmaker. Omdat er bij een miskraam ook bloed verloren gaat wordt dit vaak verward met een gewone menstruatie waardoor veel miskramen onbekend zijn. Het is juist het uitblijven van de menstruatie wat voor veel vrouwen het 1ste signaal is dat ze zwanger zouden kunnen zijn. 

Bedenk ook dat het cytochroom C al zeer oud is en daardoor al erg lang geleden ver was geëvolueerd (bij veranderende omstandigheden zal uiteraard weer verdere evolutie nodig zijn) en dat de genen tussen de soorten sowieso maar weinig verschillen. 

Waar is de overgangsvorm tussen een bacterie en meercelligen....?????

-De "overgang " tussen prokaryote( zonder celkern ) en eukaryoten( met kerncel) is mij (nog )niet bekend ... als die al bestaat 

-Ook de "Overgang" tussen "eencelligen" en "meercelligen "wordt nog gezocht ...er bestaan natuurlijk wel een hoop hypothetische scenario's

http://www.museumkennis.nl/nnm.dossiers/museumkennis/i004844.htmlchoanoflagellata van eencellig naar meercellig.docx

- De zogenaamde "Overgangen" zijn trouwens alleen maar van toepassing bij (meestal meercellige ) organismen met geslachtelijke voortplanting (inclusief dergelijke organismen met parthenogenesis natuurlijk) ) 

Echter zelfs als dat niet van toepassing is dan zijn ook " bacterieen " geen (noodzakelijke ) voorouders van eukaryoten (Zie ook het veel simpelere voorbeeld hierboven van Marnix Medema )

-Ook "Bacterieen " ( zoals we ze nu kennen ) zijn eveneens eindpunten van een zeer lange evolutielijnen ( misschien even oud als eukaryoten ? ) 

Overigens is hieronder meer te vinden over het BASISNETWERK dat aan de WORTELS ligt van de zogenaamde algemene "stamboom " van het leven en waar HGT ( horizontal gene transfer) ) en gene sharing over alle "soort"grenzen heen de regel is ( er is daar dus geen overwegend genetische isolatie /laat staan een absolute )

http://sandwalk.blogspot.com/2007/05/theme-three-domain-hypothesis.html 

Verschillend eukaryoten kunnen zeer wel verschillende keren zijn onstaan uit het basisnetwerk( hetzij door samensmeltingen = endosymbiosis , hetzij onafhankelijk ?http://evodisku.multiply.com/journal/item/213 : endosymbiose ) van onderlinge genuitwisselingen ( met inbegrip van de virusgenen ) Wat daarom dus nog niet betekent dat ze zouden zijn gebaseerd op "verschillende" genetische codes-alfabetten ...Bovendien kent de huidige wetenschap van de variatie binnen de microbieele wereld ( , bacterieen , virussen , bacteriofagen , viroiden etc ) slecht een uiterst klein topje van de ijsberg ...Hetzelfde geld trouwens voor het leven in de oceanen ... 

En misschien zal dat alles ( inclusief de mens zelf ) binnenkort toch uitgestorven zijn , en zullen we het nooit te weten komen ....Maar dat is koffiedik kijken ... dat laat ik over aan de confessionele en professionele "profeten" van hyde park en soms uit de psychiatrische afdeling en de van kaft tot kaft bijbel-babbelarij ....