© Copyright Ebiointel,SL 2006 Motores Sequence Retrieval System Motores de búsqueda.

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Sequence Retrieval System

Motores de búsqueda

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

http://www.ebi.ac.uk/embl/index.html

http://srs6.ebi.ac.uk/


Bases de datosNucleotide Database

DNA de GenBank, EMBL y DDBJ (+ Genome Sequence Data Base (GSDB) …..)Expressed Sequence Tagged (dbEST)Sequence Tagged Sites (dbSTS)Single Nucleotide Polymorphirms (dbSNP)Genome Survey Sequences Database (similar to dbEST but genomic in origin)

Protein DatabaseTraducción secuencias de DNA de GenBank, EMBL and DDBJ y proteínas de PIR, SWISSPROT, PRF, Protein Data Bank (PDB)

Genome DatabaseGenomas, comosomas, mapas genéticos, físicos,…

Structure DatabaseDatos cristalográficos experimentales de PDB

PopSet DatabaseSecuencias alineadas de poblaciones

RefSeqSecuencias de referencia “curadas”

TaxonomyIndexación secuencias por organismo




Entrada Entrez Nucleotide (GenBank)



Límites


http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Database/tut1.html


Índice: permite visualizar las indexaciones




Organización indexación




acceso a la historia de la sesiónfacilita combinación de búsquedasHistory



Clipboard almacenamiento resultados



Búsquedas en Entrez•Por defecto los términos se combinan con AND•Operadores boolenaos

AND, OR, NOT, frases (“ “), palabras truncadas (*)•Autores: Gutierrez A•Búsquedas por Unique Identifiers

accession numbers (AC)GenBank/EMBL/DDBJ

Una letra + 5 dígitos: U12345Dos letras + 6 dígitos: AF123456

SwissProt/PIR Una letra + 5 dígitos: P12345

•Combinación de búsquedas mediante History•Refinamiento de las búsquedas mediante LIMITS



Mostrar resultados



Mostrar resultados en formato gráfico



Formato gráfico



Ejercicio

Acceder a EntrezRealizar una nueva búsqueda con Streptococcus pneumoniaeRealizar de nuevo la búsqueda limitándola previamente a organismos mediante Limit toRealizar una búsqueda de todas las secuencias con la “frase” “ferric uptake”Mediante History, combinar las dos búsquedas anterioresVisualizar la secuencia en distintos formatos (gráficos)Acceder a los hipervínculos del documentoGuardar la secuencia en formato FASTA




Sequence Retrieval SystemBuscador relacionalVínculos con

otras bases de datos Programas ejecutables

Implementado en diferentes servidoresSistema abierto (libre para instituciones públicas)

Motor de búsqueda

http://downloads.lionbio.co.uk/publicsrs.html


http://www.ebi.ac.uk/Information/index.html



Bases de datos en EBI

Para ver esta película, debe disponer de QuickTime™ y de un descompresor TIFF (sin comprimir).



http://www.ebi.ac.uk/Databases/


Búsquedas mediante SRS

Opciones de búsqueda•Quick Search (siempre usa el operador OR entre términos)

•Standard (formulario para realizar búsquedas combinadas)

•Extended (formulario para realizar búsquedas combinadas)

Búsquedas lógicasCombinaciones AND, OR, BUTNOT

de términos de búsquedas previas mediante Results Operador * (aaa*/ aa*aa)

SRS User Guide




Entrada SRS



http://srs6.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-page+srsq2+-noSession


Menú principalSelección base(s) datos y tipo de búsqueda




Standard Query Form




Tools Menu



http://srs6.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz


EjercicioAcceder a SRSRealizar una nueva búsqueda en Quick con Streptococcus pneumoniaeRepetir la búsqueda en StandardRealizar de nuevo la búsqueda limitándola previamente a organismos mediante OrganismRealizar una búsqueda de “ferric uptake”Mediante Results combinar las dos búsquedas anterioresVisualizar la secuencia en distintos formatos y compararla con la obtenida en GenBankAcceder a los hipervínculos del documentoRealizar un mapa de restricción mediante Tools

http://www.ebi.ac.uk/embl/index.html


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