Батуринська фортеця разом з дитинцем мала площу до 25 га і була укріплена ровом, за яким ішов земляний вал. На гребені валу стояли дерев’яні стіни з вежами бастіонного типу. У місто можна було потрапити через одну з трьох в’їздних брам. Існували і потаємні вилазки.

Забудова Батурина була переважно дерев’яною. Загальна кількість садиб на території міської фортеці становила 200 – 250 і тут могло мешкати до 1500 осіб.

Протягом усієї своєї історії, аж до початку ХVІІІ ст., Батурин був добре укріпленим містом.

У жовтні 1708 р. Батурин був знищений військами О.Меншикова та Д.Голіцина. Останні хвилини захисників Батурина минули у героїчному спротиві. Практично по всій площі Батуринської фортеці археологи знаходять численні сліди руйнування її забудови.

Дослідники зробили висновок, що під час обстрілу і штурму Батурина жінки з дітьми переховувались в укріпленій частині фортеці – Цитаделі, там вони і розділили трагічну долю оборонців, коли впала твердиня.