Тема доклада

«МОДЕЛИРОВАНИЕ ЦЕПОЧЕК ПЕПТИДА (VAL-THR)6 В ВОДНОМ РАСТВОРЕ МЕТОДОМ МОЛЕКУЛЯРНОЙ ДИНАМИКИ»

Исполнительстудент группы 517 Третьяков Никита

Научный руководитель профессор Халатур П.Г.

Введение

Задачи Провести моделирование 2-х, 3-х и 4-х цепочек

(VAL-THR)6 в случаях параллельной и антипараллельной ориентации

Посмотреть, происходит ли образование вторичных структур. Если такие структуры образуются, то выяснить, стабильны ли они на времени МД-эксперимента

Сделать статистику по количеству элементов вторичной структуры в файлах МД-траектории. На основании этой статистики сделать вывод о присутствии различных мотивов вторичных структур на МД-траектории

Явный учёт растворителяНеявный учёт растворителяЯвный и неявный учёт растворителя

Параллельный и антипараллельный β-листы Основная цепь полипептида вытянута зигзагообразно. Несколько цепей могут быть упакованы плечо к плечу, и, сформировать структуру, представляющую собой серию складок

Получение и начальная конформация цепочек Цепочки собирались в модуле PROTEIN из пакета TINKER,

начальная конформация достигалась с помощью модуля MINIMIZE из пакета TINKER

2 цепочки 3 цепочки 4 цепочки

МД - эксперимент amber 96 схема неявного учёта воды SASA (с подобранными параметрами

гидрофобности / гидрофильности) NVT – ансамбль, T = 300 К термостат Берендсена алгоритм интегрирования Верле ПГУ 100 Å х 100 Å х 100 Å радиус обрезки потенциалов 45 Å

2 антипараллельные цепочки 3 параллельные цепочки 4 антипараллельные цепочки 4 параллельные цепочки

Анализ вторичных структур

H tot - total number of Alpha Helixes G tot - total number of 3-10 Helixes I tot - total number of PI-Helixes E tot - totl number of Extended conformations B tot - total number of Isolated Bridges T tot - total number of Turns

C tot - total number of None of the above

73.10.1

0.126,7

2 Антипараллельные цепочки (данные в процентах):

H totG totI totE totB totT totC tot

74.8

8.4

16.8

3 Антипараллельные цепочки (данные в процентах):

H totG totI totE totB totT totC tot

78.6

0.1 12.6 8.7

4 Антипараллельные цепочки (данные в процентах):

H totG totI totE totB totT totC tot

74.1

0.1

0.1

25.7

2 Параллельные цепочки (данные в процентах):

H totG totI totE totB totT totC tot

79.6

0.220.2

3 Параллельные цепочки (данные в процентах):

H totG totI totE totB totT totC tot

80.7

19,3

4 Параллельные цепочки (данные в процентах):

H totG totI totE totB totT totC tot

Что было сделано? Написана программа для подсчёта

статистики по МД-траектории Изучены цепочки (VAL-THR)6

Что планируется делать дальше?

Вместо конецевых групп (–NH2) и (–CO-CH3) пришить к концам цепочек тиофеновый блок и ПЭО