Post on 24-May-2015
Voorkennistoets
Bio-informatica week 3.1
Eiwitten
CONCEPT 5.4&
MODULE BIOCHEMIE ST 1 & 2 (WWW.BIOPLEIN.NL)
1. K?1. K?
Keu
ze tw
ee
Keu
ze d
rie
Keu
ze v
ier
25% 25%25%25%1. arginine2. aspartaat3. glutamaat4. lysine
2. K?2. K?
Keu
ze tw
ee
Keu
ze d
rie
Keu
ze v
ier
25% 25%25%25%1. Basisch2. Zuur3. Polair4. Apolair
3. K?3. K?
hyd
rofo
ob
hyd
rofie
l
50%50%1. hydrofoob2. hydrofiel
3. K?3. K?
Keu
ze tw
ee
25% 25%1. Hydrofoob2. Hydrofiel
K
euze
twee
Keu
ze d
rie
Keu
ze v
ier
25% 25%25%25%
4. Q?4. Q?
1. asparagine2. glutamine3. asparaginezuur4. glutaminezuur
5. Q?5. Q?
Zuur
Bas
isch
Pola
ir
Apola
ir
25% 25%25%25%1. Zuur2. Basisch3. Polair4. Apolair
6. Welk van de onderstaande aminozuren
is polair?
6. Welk van de onderstaande aminozuren
is polair?
ala
nine
gly
cine
ser
ine
val
ine
25% 25%25%25%1. alanine2. glycine3. serine4. valine
7. Welk van de onderstaande aminozuren
is hydrofoob?
7. Welk van de onderstaande aminozuren
is hydrofoob?
leuci
ne
ser
ine
thre
onin
e
asp
arag
ine
25% 25%25%25%1. leucine2. serine3. threonine4. asparagine
8. Welk van de volgende aminozuren kan GEEN zoutbrug (ionische
interactie) vormen met asparaginezuur?
8. Welk van de volgende aminozuren kan GEEN zoutbrug (ionische
interactie) vormen met asparaginezuur?
arg
inin
e
his
tidin
e
lysi
ne
met
hionin
e
25% 25%25%25%1. arginine2. histidine3. lysine4. methionine
9. Welk van de volgende aminozuren kan zorgen voor disulfidebruggen in
een eiwit ?
9. Welk van de volgende aminozuren kan zorgen voor disulfidebruggen in
een eiwit ?
ala
nine
met
hionin
e
pro
line
25% 25%25%25%1. alanine2. cysteïne3. methionine4. proline
10. Welk aminozuur zorgt voor een knik in de peptidebackbone?
10. Welk aminozuur zorgt voor een knik in de peptidebackbone?
ala
nine
pro
line
val
ine
25% 25%25%25%1. alanine2. cysteïne3. proline4. valine
DNA & chromosomen
CONCEPT 5.5, 12.1, 16.1, 16.3
11. In de correcte schrijfwijze is de complementaire streng van
AAATTGCTG:
11. In de correcte schrijfwijze is de complementaire streng van
AAATTGCTG:
TTTAACG
AC
CAGCAATT
T
UUUAACGAC
CAGCAAUUU
25% 25%25%25%1. TTTAACGAC 2. CAGCAATTT3. UUUAACGAC 4. CAGCAAUUU
12. Hieronder zie je een basenpaar. Welke bewering is JUIST over dit
basenpaar?
12. Hieronder zie je een basenpaar. Welke bewering is JUIST over dit
basenpaar?
1 =
purin
e en
2 =
pyr
i...
1 =
pyr
imid
ine
en 2
= ..
.
Bei
den p
urines
Bei
den p
yrim
idin
es
25% 25%25%25%1. 1 = purine en 2 = pyrimidine2. 1 = pyrimidine en 2 = purine3. Beiden purines4. Beiden pyrimidines
13. Stel ik heb een klein stuk DNA met de sequentie AGCT. Welk(e) nucleotiden
heeft/hebben in de streng waarvan de sequentie hier is gegeven een vrije hydroxylgroep?
13. Stel ik heb een klein stuk DNA met de sequentie AGCT. Welk(e) nucleotiden
heeft/hebben in de streng waarvan de sequentie hier is gegeven een vrije hydroxylgroep?
De
A D
e T
De
A en d
e T
Alle
vie
r
25% 25%25%25%1. De A2. De T3. De A en de T4. Alle vier
14. Hoeveel vrije fosfaatgroepen zijn er in het DNA uit de vorige vraag
aanwezig?
14. Hoeveel vrije fosfaatgroepen zijn er in het DNA uit de vorige vraag
aanwezig?
1 2 4 8
25% 25%25%25%1. 12. 23. 44. 8
15. Histonen hebben vooral…
15. Histonen hebben vooral…
zure
am
inozu
ren
bas
isch
e am
inoz
uren
pola
ire a
min
ozure
n
apola
ire a
min
ozure
n
25% 25%25%25%1. zure aminozuren2. basische aminozuren3. polaire aminozuren4. apolaire aminozuren
16. Genen bevinden zich vooral in het…
16. Genen bevinden zich vooral in het…
euch
rom
atin
e
het
eroc
hrom
atin
e
exo
chro
mat
ine
intra
chro
mat
ine
25% 25%25%25%1. euchromatine2. heterochromatine3. exochromatine4. intrachromatine
(17. Welk humaan chromosoom is groter: chromosoom 2 of 5?)
(17. Welk humaan chromosoom is groter: chromosoom 2 of 5?)
Choic
e O
ne
Choic
e Two
Choic
e Thre
e
Choic
e Four
25% 25%25%25%1. 22. 53. ?
(18. Wat is de cytogenetische locatie van het CFTR-gen?)
(18. Wat is de cytogenetische locatie van het CFTR-gen?)
7p21
.3
7p31
.2
7q21
.3
7q31
.2
25% 25%25%25%1. 7p21.32. 7p31.23. 7q21.34. 7q31.2
(19. Een bacterieel chromosoom is…) (19. Een bacterieel chromosoom is…)
Circ
ulai
r
Lin
eair
Fam
iliai
r
Rya
nair
25% 25%25%25%1. Circulair2. Lineair3. Familiair4. Ryanair
20. Een humaan chromosoom heeft…
20. Een humaan chromosoom heeft…
1 te
lom
eer
2 te
lom
eren
3 te
lom
eren
4 te
lom
eren
25% 25%25%25%1. 1 telomeer2. 2 telomeren3. 3 telomeren4. 4 telomeren
Genetica
CONCEPT 14.1, 14.2, 14.4
21. In een gezin zijn zowel de vader als de moeder beide dragers voor de erfelijke ziekte
Cystic Fibrosis. Hun twee kinderen lijden allebei aan de ziekte Cystic Fibrosis. Wat is de kans dat een volgend kind ook deze ziekte zal hebben?
21. In een gezin zijn zowel de vader als de moeder beide dragers voor de erfelijke ziekte
Cystic Fibrosis. Hun twee kinderen lijden allebei aan de ziekte Cystic Fibrosis. Wat is de kans dat een volgend kind ook deze ziekte zal hebben?
25%
50%
75%
100%
25% 25%25%25%1. 25%2. 50%3. 75%4. 100%
22. Een man die een X-gekoppelde allel heeft, geeft dit door aan…
22. Een man die een X-gekoppelde allel heeft, geeft dit door aan…
al z
ijn d
ochte
rs
de
helft
van
zijn
doc.
..
al z
ijn zo
nen
de
helft
van
zijn
zon
en
25% 25%25%25%1. al zijn dochters2. de helft van zijn
dochters3. al zijn zonen4. de helft van zijn
zonen
23. Genotype I-2? 23. Genotype I-2?
XBXb
XBXB
XBY
XbY
25% 25%25%25%
4
43
3
21
21
4321
I
II
III
Kleurenblindheid (X-gekoppeld)
1. XBXb
2. XBXB
3. XBY4. XbY
24. Kans III-1 heterozygoot? 24. Kans III-1
heterozygoot?
0 1 1
25% 25%25%25%
4
43
3
21
21
4321
I
II
III
Kleurenblindheid (X-gekoppeld)
1. 02. 0,253. 0,504. 0,75
25. Kans III-3 homozygoot? 25. Kans III-3 homozygoot?
0 1 1
25% 25%25%25%
4
43
3
21
21
4321
I
II
III
Kleurenblindheid (X-gekoppeld)
1. 02. 0,253. 0,504. 0,75
Van gen naar eiwit
HOOFDSTUK 17 & MODULE BIOCHEMIE (ST 3)
26. Hoe noemen we de regio/sequentie van een gen waarin
zich de aanhechtingsplaats voor RNA polymerase bevindt?
26. Hoe noemen we de regio/sequentie van een gen waarin
zich de aanhechtingsplaats voor RNA polymerase bevindt?
De
lead
er-s
equen
tie
De
initi
atie
-regi
o
De
prom
otor-r
egio
De
regula
tor-r
egio
25% 25%25%25%1. De leader-sequentie2. De initiatie-regio3. De promotor-regio4. De regulator-regio
27. Hoe worden de coderende segmenten van een eukaryoot gen
genoemd?
27. Hoe worden de coderende segmenten van een eukaryoot gen
genoemd?
Exo
nen
Intro
nen
Rep
liconen
Auto
tronen
25% 25%25%25%1. Exonen2. Intronen3. Repliconen4. Autotronen
28. Stel een mutatie levert bij een gen een onwerkzame promotor op.
Wat kan dan niet meer binden?
28. Stel een mutatie levert bij een gen een onwerkzame promotor op.
Wat kan dan niet meer binden?
DNA-p
olym
eras
e
tRNA
riboso
om
RNA-p
olym
eras
e
25% 25%25%25%1. DNA-polymerase2. tRNA3. ribosoom4. RNA-polymerase
29. Welk(e) proces(sen) kan/kunnen er niet meer plaatsvinden bij het gen
uit de vorige vraag?
29. Welk(e) proces(sen) kan/kunnen er niet meer plaatsvinden bij het gen
uit de vorige vraag?
Rep
licat
ie
Tra
nscrip
tie
Tra
nslat
ie
Mee
rder
e
25% 25%25%25%1. Replicatie2. Transcriptie3. Translatie4. Meerdere
30. De mutatie uit de vorige twee vragen…
30. De mutatie uit de vorige twee vragen…
ligt s
troom
opwaarts
...
ligt s
troom
afw
aarts
v..
ligt i
n het
ORF
kan
op m
eerd
ere
plaa.
..
25% 25%25%25%1. ligt stroomopwaarts van het ORF
2. ligt stroomafwaarts van het ORF
3. ligt in het ORF4. kan op meerdere
plaatsen liggen
31. Alle onderstaande onderdelen bevinden zich in boodschapper RNA
(mRNA), BEHALVE
31. Alle onderstaande onderdelen bevinden zich in boodschapper RNA
(mRNA), BEHALVE
ura
cil
sta
rtcodo
n
sto
pcodon
pro
moto
r
Ze
liggen
alle
maa
l in ..
.
20% 20% 20%20%20%1. uracil2. startcodon3. stopcodon4. promotor5. Ze liggen allemaal in
het mRNA!
32. Bij monocistronische genen van bacteriën wordt het ORF voorafgegaan door een promotor (P) en een ribosoombindingsplaats (RBS). Op welk niveau doen
deze hun werk?
32. Bij monocistronische genen van bacteriën wordt het ORF voorafgegaan door een promotor (P) en een ribosoombindingsplaats (RBS). Op welk niveau doen
deze hun werk?
P: D
NA RBS: D
NA
P: R
NA RBS: R
NA
P: D
NA RBS: R
NA
P: R
NA RBS: D
NA
25% 25%25%25%1. P: DNA RBS: DNA2. P: RNA RBS: RNA3. P: DNA RBS: RNA4. P: RNA RBS: DNA
33. Een mRNA met daarin de volgende sequentie 5’ AAAAAAAAAAAAAAA 3’ wordt afgeleid van het
onderstaande deel van een gen:5’ AAAAAAAAAAAAAAA 3’3’ TTTTTTTTTTTTTTT 5’
Dit betekent dat de ____________ streng de matrijs (template)-streng is en dat het gen wordt getranscribeerd
van ____________
33. Een mRNA met daarin de volgende sequentie 5’ AAAAAAAAAAAAAAA 3’ wordt afgeleid van het
onderstaande deel van een gen:5’ AAAAAAAAAAAAAAA 3’3’ TTTTTTTTTTTTTTT 5’
Dit betekent dat de ____________ streng de matrijs (template)-streng is en dat het gen wordt getranscribeerd
van ____________ 25% 25%25%25%
1. Bovenste; 2. Onderste; 3. Bovenste; 4. Onderste;
44. Ergens in onderstaande DNA-sequentie begint een voor een eiwit coderend leesraam. Dit loopt door tot
buiten de gegeven sequentie. Er is niet gegeven welke van de strengen de matrijsstreng is en welke de coderende. Echter, dit zou je zelf moeten kunnen
uitvinden.
Schrijf de sequentie van het mRNA vanaf het startcodon tot het einde van de gegeven sequentie op.
5’- AAAATGGAGCCGAAA – 3’3’- TTTTACCTCGGCTTT – 5’
44. Ergens in onderstaande DNA-sequentie begint een voor een eiwit coderend leesraam. Dit loopt door tot
buiten de gegeven sequentie. Er is niet gegeven welke van de strengen de matrijsstreng is en welke de coderende. Echter, dit zou je zelf moeten kunnen
uitvinden.
Schrijf de sequentie van het mRNA vanaf het startcodon tot het einde van de gegeven sequentie op.
5’- AAAATGGAGCCGAAA – 3’3’- TTTTACCTCGGCTTT – 5’
45. Hieronder vind je een aantal gebeurtenissen die allemaal kunnen plaatsvinden in het coderende deel van een gen. Geef aan bij welke van deze gebeurtenissen sprake is van een frame shift mutatie.a. een insertie van een baseb. een deletie van een basec. een substitutie van een based. een insertie van twee opeenvolgende basene. een deletie van twee opeenvolgende basenf. een substitutie van twee opeenvolgende baseng. een insertie van drie opeenvolgende basenh. een deletie van drie opeenvolgende baseni. een substitutie van drie opeenvolgende basenDe gebeurtenis(sen) die leidt/leiden tot een frameshift mutatie is/zijn: ….
45. Hieronder vind je een aantal gebeurtenissen die allemaal kunnen plaatsvinden in het coderende deel van een gen. Geef aan bij welke van deze gebeurtenissen sprake is van een frame shift mutatie.a. een insertie van een baseb. een deletie van een basec. een substitutie van een based. een insertie van twee opeenvolgende basene. een deletie van twee opeenvolgende basenf. een substitutie van twee opeenvolgende baseng. een insertie van drie opeenvolgende basenh. een deletie van drie opeenvolgende baseni. een substitutie van drie opeenvolgende basenDe gebeurtenis(sen) die leidt/leiden tot een frameshift mutatie is/zijn: ….
46. Wat is waar?46. Wat is waar?
Een
nons
ense
muta
tie...
Een
mis
sens
e m
utat
ie...
Een
nons
ense
muta
ti...
Een
mis
sens
e m
utat
i...
Bei
den le
iden
alti
jd to
...
20% 20% 20%20%20%1. Een nonsense mutatie leidt altijd tot een verkort eiwit
2. Een missense mutatie leidt altijd tot een verkort eiwit
3. Een nonsense mutatie kan tot een verkort eiwit leiden
4. Een missense mutatie kan tot een verkort eiwit leiden
5. Beiden leiden altijd tot een verkort eiwit
47. Signaalpeptiden die zorgen dat een eiwit in het ER terecht komt,
bevinden zich…
47. Signaalpeptiden die zorgen dat een eiwit in het ER terecht komt,
bevinden zich…
alti
jd a
an d
e N-te
rmin
...
alti
jd a
an d
e C-te
rmin
...
aan
een
van
bei
de k.
..
mid
denin
het
eiw
it
25% 25%25%25%1. altijd aan de N-terminale kant
2. altijd aan de C-terminale kant
3. aan een van beide kanten
4. middenin het eiwit
48. Eiwitten die in het binnenste van de celkern hun werk moeten doen (zoals
bijvoorbeeld RNA polymerase)…
48. Eiwitten die in het binnenste van de celkern hun werk moeten doen (zoals
bijvoorbeeld RNA polymerase)…
word
en g
esyn
thet
isee
..
word
en g
esyn
thet
isee
..
word
en ti
jden
s hu
n ...
Wor
den e
erst
volle
di...
25% 25%25%25%1. worden gesynthetiseerd in de celkern2. worden gesynthetiseerd in het cytosol
en vervolgens de celkern in getransporteerd
3. worden tijdens hun synthese naar het lumen van het ER getransporteerd en via het ER naar de celkern gebracht
4. Worden eerst volledig gesynthetiseerd in het cytosol en vervolgens via het ER naar de celkern gebracht
49. In de sequenties van welk(e) eiwit(ten) heeft het zin om naar
potentiële N-glycosyleringssites te zoeken?
49. In de sequenties van welk(e) eiwit(ten) heeft het zin om naar
potentiële N-glycosyleringssites te zoeken?
Bac
terie
el in
trace
llula
i...
Bac
terie
el e
xtra
cellu
la..
Euka
ryoot
mito
chond...
Euka
ryoot
ext
race
llula
..
Mee
rder
e va
n dez
e
20% 20% 20%20%20%1. Bacterieel intracellulair eiwit2. Bacterieel extracellulair eiwit3. Eukaryoot mitochondrieel
eiwit4. Eukaryoot extracellulair eiwit5. Meerdere van deze
50. Welke van de onderstaande sequenties bevat een potentiële N-
glycosyleringssite (Asn-X-Ser/Thr)?
50. Welke van de onderstaande sequenties bevat een potentiële N-
glycosyleringssite (Asn-X-Ser/Thr)?
NNST
NNTS
NSTS
Mee
rder
e
25% 25%25%25%
1. NNST2. NNTS3. NSTS4. Meerdere
Expressieregulatie
CONCEPT 18.1 & 18.2
51. Teken een bacterieel gen met daarin de volgende
onderdelen:
51. Teken een bacterieel gen met daarin de volgende
onderdelen: ORF (met startcodon en stopcodon)Terminator van transcriptie (kenmerken) RBS (consensus-sequentie) Promotor (consensus-sequentie)
52. Teken het E. coli tryptofaan-operon met daarin de volgende
onderdelen:
52. Teken het E. coli tryptofaan-operon met daarin de volgende
onderdelen: ORFs van alle genen Alle promotors Alle operators Alle RBS-en Alle terminators
53. Teken een eukaryoot gen dat getranscribeerd wordt door DNA pol II, het
bijbehorende primaire transcript en het bijbehorende mRNA. Gebruik de onderstaande
onderdelen. Vermeld ook wat er aan die onderdelen bindt.
53. Teken een eukaryoot gen dat getranscribeerd wordt door DNA pol II, het
bijbehorende primaire transcript en het bijbehorende mRNA. Gebruik de onderstaande
onderdelen. Vermeld ook wat er aan die onderdelen bindt.
enhancer proximal control elements promotor (inclusief consensus-sequentie) exonen en intronen Splicesites poly-A signaalsequentie terminatieregio cap 5’UTR 3’UTR poly-A staart