Josef Ingenerf

Institut für Medizinische InformatikUniversität zu Lübeck

SNOMED CT SNOMED CT -- EinfEinfüührunghrung

52. GMDS-Jahrestagung, 17.-19.9.2007, Augsburg

Montag, 17.9.2007, 14:00-17:00 Uhr, Kongresshalle Augsburg

Ingenerf, Lübeck (2)

Inhalte

� Einführung, Motivation

� SNOMED CT: formal definierte Terminologie

� Hinweise

Ingenerf, Lübeck (3)

Klassifikation und Terminologien

Ingenerf, Lübeck (4)

Standardisierung auf verschiedenen Abstraktionsniveaus

Freitext

StatistischeKlassifikation

(~ 103-104 Klassen)

z.B. ICD-10, OPS, ...

Fall-gruppen-system

(~ 101-102 Gruppen)

z.B. DRGs, ...

KompositionelleReferenzterminologie

(~ 105-106 Konzepte/Termini)

z.B. SNOMED-CT,GALEN, ...

Wiederverwenden,Wiederverwenden,semantischesemantische

InteroperabilitInteroperabilitäätt

ZweckgebundenesZweckgebundenesAggregieren,Aggregieren,VergleichenVergleichen

DeduktionDeduktion

ZZäählenhlen

Ingenerf, Lübeck (5)

Elektronische Dokumentation und Kommunikation Elektronische Dokumentation und Kommunikation

K25.9 V

N95.1

ICDICD--1010

Klimonorm ®Tabl.üb., 21St

Arznei

Verd. Magenulkus

4075012Klimakterische Kopfschmerzen

PZNPZNDiagnose

eGK

Semantische InteroperabilitSemantische Interoperabilitäätt

T88.7T88.7

E14.90 Aspirin ® 20St 0078597

Penicillinallergie

Diabetes Mellitus

Patient 123

Maschinelle Interpretation von Codes.

Style

Sheets

Menschliche Interpretation von Text.

Konventionelle Dokumentation und KommunikationKonventionelle Dokumentation und Kommunikation

"Frau in den Wechseljahren, zuckerkrank (DM), "Frau in den Wechseljahren, zuckerkrank (DM), "Frau in den Wechseljahren, zuckerkrank (DM), "Frau in den Wechseljahren, zuckerkrank (DM), Hormontherapie, Selbstmedikation von Asprin Hormontherapie, Selbstmedikation von Asprin Hormontherapie, Selbstmedikation von Asprin Hormontherapie, Selbstmedikation von Asprin wegen Kopfschmerzen, aufgrund Verdacht auf wegen Kopfschmerzen, aufgrund Verdacht auf wegen Kopfschmerzen, aufgrund Verdacht auf wegen Kopfschmerzen, aufgrund Verdacht auf MagengeschwMagengeschwMagengeschwMagengeschwüüüür erfolgt stationr erfolgt stationr erfolgt stationr erfolgt stationääääre re re re ÜÜÜÜberweisung." berweisung." berweisung." berweisung."

Einrichtung A Einrichtung BAustausch und Wiederverwendung von PatientendatenAustausch und Wiederverwendung von Patientendaten

Bei Risiken und

Nebenwirkungen

fragen SieArztbrief

Zacpac ®Kombip.,1P(12647061264706)

Medication

Gastric ulcer, caused by Helicobacter-Infection (K25.9, B96.81!)

Finding

Patient 123

Daten-

integration

PatientendatenPatientendaten

Antibiotikum-Komb.präparat

12647061264706A02B D04A02B D04

0078597

4075012

PZN

AnalgetikumN02B A01

HormonpräparatG03F B09

TextATC…IF DIAG = PenizillinPenizillin--AllergieAllergie

AND ARZNEI = BetalactameBetalactameTHEN

Warnung. => ICD ist zu grob.

T88.7T88.7 = Nicht näher bezeichn. unerwünschte Nebenwirkung eines Arzneimittels

A02B A02B D04 = MittelMittel bei peptischemUlkus (inkl. H.pylori)

=> ATC ist zu grob.

für Diagnosen:

AntibiotikaAntibiotika

für Arzneien:

OrdnungssystemOrdnungssystemArzneimitteldatenArzneimitteldaten

Medizinisches WissenMedizinisches Wissen OrdnungssystemOrdnungssystem

Ingenerf, Lübeck (6)

Funktionsweise von KlassifikationenKlassifikationen teilen eine Grundgesamtheit durch fort-schreitende Unterteilung vom Allgemeinen zum Besonderen!

z.B. Krankheiten

…

…

K25.9 ca. 12.000 Klassen(Klassifikationen)

Ulkus ventriculi, n.n.bez.

Ingenerf, Lübeck (7)

Ausdrucksschwäche von Klassifikationen

z.B. Krankheiten

…

…

K25.9 ca. 12.000 Klassen(Klassifikationen)

Ulkus ventriculi, n.n.bez.

Magengeschwür, Ulcus ventriculi, Ulcus ad pylorum, Ulcus pyloricum,Ulcus praepyloricum, Ulcus pepticum ventriculi, Ulcus pepticum des Pylorus, Ulcus pepticum des Magens, Ulcus callosum ventriculi, Antrumerosion, Magenulkus, Magenschleimhauterosion, Magen-schleimhautdefekt, Magenwanddefekt, Magenerosion, …

ca. 350.000 Begriffe(Terminologien)

Ingenerf, Lübeck (8)

akute Entzündungder linken Niere

akute Lungen-entzündung

akute, diffuse Entzündungder linken Niere

akute, diffuse Streptokokken-Entzündung der linken Niere

Tuberkulose

Ausdrucksstärke von Terminologien

Geschwüre (Entzündungen, Tumore, …)

Verlauf- akut- subakut- chronisch

Topographie- Hirnhaut- Hals- Niere- Lunge- ...

Seitigkeit- links- rechts- beidseitig

Ausbreitung- focal- multifocal- diffus

Ätiologie- Bakterien

- Streptokokken...

- Virus- Adenoviren- Tuberkulosis V. ...akute Entzündunglinke Niere

Terminologien zerlegen Ausdrücke in ihre Bedeutungsbestandteileund rekonstruieren die Gesamtbedeutung mit einer Grammatik.

Systematized Nomenclature of Medicine,Clinical Terms (SNOMED CT)

Ingenerf, Lübeck (9)

Inhalte

� Einführung, Motivation

� SNOMED CT: formal definierte Terminologie

� Hinweise

Ingenerf, Lübeck (10)

SNOMED: Historie, siehe „http://www.snomed.org“

1965 SNOP: Systematized Nomenclature of Pathology

1974 SNOMED: Systematized Nomenclature of Medicine,N = 44.587 terms

1979 SNOMEDII: Erweiterung

1984 SNOMED II: Deutsche Übersetzung und Erweiterung N = 80.000 terms (Prof.Wingert, jetzt ID GmbH)

1993 SNOMED III: SNOMED International,N = 130.580 terms

1998 SNOMED® RT™: SNOMED Reference Terminology(Release 1.0 Nov 2000, Release 1.1 July 2001)

2002 SNOMED®CT™: SNOMED Clinical Terms,Merger of SNOMED RT and Clinical Terms V.3 (the Read Codes)N = 350.000 Concepts, 800,000 Terms, >1 Mio. Relationships

2004 included in 2004AA UMLS-Metathesaurus.

2007 Gründung der IHTSDO (International Health Terminology SDO)

Ingenerf, Lübeck (11)

IHTSDO: Neue SNOMED CT SDO

Ingenerf, Lübeck (12)

Verfügbare Orginal-Datenbestände über UMLS

Ingenerf, Lübeck (13)

Active Concepts

Die Kategorie 1 "Clinical finding" enthält "Disorders" und die Kategorie 5"Body structures" enthält "Morphological abnormalities" als Unterkategorien.

SNOMED CT: Übersicht

Ingenerf, Lübeck (14)

Definieren statt hierarchisieren !

2) Wertrestriktionz.B. Magengeschwür = Geschwür hatLOK Magen

0) Primitive Subsumption, d.h. manuell hierarchisierenz.B. Magen isa Organ, Geschwür isa Krankheit

1) Explizite Kriterien, d.h. "Relation Wert"-Paare,z.B. Organkrankheit = Krankheit hatLOK Organ=> Organkrankheit isa Krankheit

3) Berücksichtigung der transitiven partitativen Relationz.B. Pylorusgeschwür = Geschwür hatLOK Pylorus

mit: Pylorus part-of Magen

=> Pylorusgeschwür isa Magengeschwür

mit 0)

=> Magengeschwür isa Organkrankheit

4) notwendiges Wissen (GCI: general concept inclusions)z.B. Geschwür hatLOK Magen isa Geschwür hatLOK Magenschleimhaut

Ingenerf, Lübeck (15)

Ingenerf, Lübeck (16)

SNOMED CT: Beispiel (Definieren statt hierarchisieren)

⇒ Die Begriffshierarchie wird rechnergestützt deduziert.

<nr> 1789662003Helicobacter-assoziiertes pylorisches

Ulkus

128070006infektiöse Krankheiten des

Abdomens

302292003Befund der Strukturen des Rumpfes

301857004Befund der Körperregionen

118234003Befund nach Lokalisation

404684003klinischer Befund

138875005SNOMED CT-Begriff

123946008Erkrankung nach Lokalisation

64572001Krankheit

40733004Infektionskrankheit

312121001bakterielle Infektionskrankheit des

Magen-Darm-Trakts

386618008Befund des

Gastrointestinaltraktes

386617003Befund des Verdauungssystems

84410009Erkrankung des Magen-Darm-

Kanals

53619000Störung des Verdauungssystems

362965005Störung eines Körpersystems

312129004bakterielle Infektion des

Magen-Darm-Trakts

39204006pylorusnahes

Magengeschwür

397825006Ulcus ventriculi

6185008in Verbindung mit Helicobacter

stehende Krankheit

408638001Erkrankung, hervorgerufen durch einen

gramnegativen Bazillus

… ……

Ingenerf, Lübeck (18)

Verwendung von SNOMED CT Kodes in HL7-CDA

<section><code code="10164-2" codeSystem="2.16.840.1.113883.6.1" codeSystemName="LOINC"/><title>History of Present Illness</title><text>Henry Levin, the 7 ^this a 67 year old male complaining of disabling

<content ID="SX1">osteoarthritis of the right knee</content>. </text><entry>

<observation classCode="OBS" moodCode="EVN"><code code="396275006" codeSystem="2.16.840.1.113883.6.96"

codeSystemName="SNOMED CT" displayName="Osteoarthritis"/><originalText><reference value="#SX1"/></originalText><qualifier>

<name code="363698007"/> codeSystem="2.16.840.1.113883.6.96"displayName="finding site"/>

<value code="6757004"/> codeSystem="2.16.840.1.113883.6.96"displayName="right knee"/>

</qualifier></code>

</observation></entry>

</section>

Ingenerf, Lübeck (19)

StrukturierteBefundeingabe

Patienten- bzw.Befundsuche

(Analog: Wissensbasiertes System)

SNOMED CT Core Tables

(Distribution normal format)

Patienten-Datenbank

Terminologieserver

(hier: eigene, SNOMED CT - kodierteBefundterminologie, d.h. kein direkterZugriff auf SNOMED CT, siehe Kap. 5.3)

History data

Close-to-user form

Canoncialform

SNOMED CT Begriffsausdrücke

Anfrage(Such-begriff)Kodierte

Befunddaten

Browser-Client(Suche, Navigation, Classifier, …)

DL versionDL version

Subsets

Extensions

Crossmaps

Migration-Client(Editor, Update, …)

Anwendungssystem

Funktionen:• Ändern, Löschen, …• Import und Export• Migration von kodierten

- Patientendaten und der- Befundterminologie=> Update von Kodes

• Generierung vonNormalformen

• Update von Mappings

Interchange format (RefSets, ChangeSets)

"SNOMED CT = Software" (Terminologieserver)

Ingenerf, Lübeck (20)

Inhalte

� Einführung, Motivation

� SNOMED CT: formal definierte Terminologie

� Hinweise

Ingenerf, Lübeck (21)

Veranstaltungshinweise

� MEDINFO, 20-24 August 2007 in Brisbane (Australien)

neben Classification, Ontology, NLP, Terminology Management, …

Ingenerf, Lübeck (22)

Veranstaltungshinweise

� ID Symposium, 22-23 Oktober 2007 in Berlin

Verbesserung der Versorgungsqualität durch IT-Innovationen.

� HL7-Jahrestagung, 29.-31. Oktober 2007 in Göttingen

Männer, Frauen, Anderes -Terminologien und Klassifikationen als Bausteine für Interoperabilität.

Ingenerf, Lübeck (23)

Publikationshinweise

� Ingenerf J (2007). Die Referenzterminologie SNOMED CT -

von theoretischen Betrachtungen bis zur praktischen

Implementierung. Neu Isenburg: MMI-Verlag (ISBN 978-3-87360-010-2).

� Schwerpunktheft "Medizinische Klassifikationen" imBundesgesundheitsbl - Gesundheitsforsch - Gesund-heitsschutz, Ausgaben 49 und 50.

Ingenerf J (2007). Terminologien oder Klassifikationen - Was bringt

die Zukunft? Bundesgesundheitsbl - Gesundheitsforsch - Gesund-heitsschutz 50 (8): 1070-1083.

Ingenerf, Lübeck (24)

GMDS Projektgruppe STM (Standardisierte Terminologien in der Medizin)

siehe http://www.imi.uni-luebeck.de/gmds-ag-stm/index.html

siehe http://www.gmds.de/pdf/publikationen/stellungnahmen/Positionspapier.pdf

I5052

397825006 39204006

I5051 I11881

K25.9