Post on 16-Aug-2019
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
Kolokium Yanti Ariyanti G34080045
Judul Kolokium:
Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat (Anguilla: Anguillidae) dalam KumpulanLarva ikan di Muara Sungai Kedurang Bengkulu, Menggunakan DNA Barcode.
Yanti Ariyanti, Achmad Farajallah, Dyah Perwitasari.
Departemen Biologi, Fakultas Matematika dan IPA, Institut Pertanian Bogor. 19Januari 2012.
PENDAHULUANLatar Belakang
Perairan laut Indonesia diduga merupakan tempat asal usul beragam spesies ikansidat (Anguilla spp.) yang tersebar di seluruh dunia. Diantara 18 spesies sidat yangsudah dikenal di dunia, sembilan diantaranya berada di Indonesia bahkan duadiataranya berstatus endemik, yaitu Anguilla borneensis dan Anguilla celebesensis.Ikan sidat termasuk ordo Anguiliformes dan famili Anguillidae yang terdiri darihanya satu genus yaitu Anguilla. Ciri pembeda genus Anguilla fase dewasa darigenus lain adalah letak sirip anal dan awal sirip punggung agak jauh dari kepala,sirip punggung dan anal memanjang menjadi satu dengan sirip ekor, tutup insangdekat ke bagian dada, serta pola melanofore yang spesifik (Tesch 1977).
Ikan sidat bersifat katadromous. Pemijahannya selalu dilakukan di laut dalamkemudian tumbuh dewasa di perairan tawar, mulai dari muara sampai ke hulusungai (Aoyama 2009). Dalam siklus hidupnya, tahapan perkembangan larva sidatyang disebut leptochepalus berlangsung relatif panjang di laut. Leptochepalusadalah larva sidat dengan bentuk menyerupai daun willow transparan yangmerupakan bentuk khas larva dari ikan elepomorph (Inoue et al. 2004). Setiba di
page 1 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
pantai, larva sidat mengalami perkembangan menjadi juvenil (glass eel) denganbentuk menyerupai pipa (anguilik) dan transparan (Tsukamoto 1994). Juvenil sidatkemudian terbawa arus pasang menuju muara sungai dan akan hidup beberapahari di muara untuk mengadaptasikan diri terhadap perubahan kadar garam. Larvaleptochepalus dan juvenil sidat di daerah tropis memiliki bentuk morfologi yang tidak dibedakan antar spesies sidat (Aoyama et.al 2003). Tingkat kesulitanmengidentifikasi spesies sidat berdasarkan morfologi fase larva dan juvenilmenyebabkan terhambatnya pengungkapan keanekaragaman hayati (Herbert2003).
Salah satu cara identifikasi fase larva adalah menggunakan DNA Barcode. TeknikDNA Barcoding tidak hanya berguna untuk mengidentifikasi spesies yang telahdikenali tetapi juga dapat menemukan spesies baru. Teknik DNA barcoding dapatmenyediakan sebuah “barkode biologi” dari urutan pendek DNA yangdistandardisasi untuk mengenali suatu spesies (Hajibabaei et al. 2005). Idemengenai penggunaan barcoding ditujukan untuk membedakan spesies danmengidentifikasi spesimen yang sulit dikenali, seperti fase larva, potongan organmaupun material yang mengalami pemrosesan, dengan menggunakan sekuens genyang cukup pendek.
Gen sitokrom oksidase subunit 1, yang dikenal sebagai CO1, merupakan salah satugen dalam genom mitokondria (mtDNA) yang sekuennya biasa digunakan sebagaibarcode. Sekuen gen CO1 mempunyai sifat-sifat yang memenuhi persyaratan untukdigunakan dalam menentukan suatu spesies pada hampir semua hewan, terutamapada bagian ujung 5’ gen dengan ukuran sekitar 700 bp (Hebert et al. 2003).
Tujuan Penelitian
Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi komposisi jenis leptocephalus dan glass eel sidat (Anguilla sp.) dalam kumpulan larva ikan dari muara SungaiKedurang, Bengkulu menggunakan DNA Barcode.
Waktu dan Tempat
page 2 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
Penelitian akan dilaksanakan pada bulan November 2011-Maret 2012 di bagianFungsi Hayati dan Perilaku Hewan, Departemen Biologi, Institut Pertanian Bogor.
BAHAN DAN METODE
Sampel Ikan. Kumpulan ikan yang diambil dari estuari sungai Kedurang Bengkulumerupakan koleksi Dr. Achmad Farajallah IPB. Kumpulan ikan diambil sekali padaminggu kedua bulan Juli 2011 dan dua kali pada minggu keempat Agustus 2011.Semua sampel disimpan dalam alkohol 70% yang mengandung EDTA 10 mM.
Identifikasi sampel. Larva dan juvenil sidat disortir berdasarkan jumlah myomereano-dorsal pada larva, kondisi insang, posisi dan kondisi sirip punggung dan siripdubur.
Ekstraksi dan Isolasi DNA. Sampel jaringan yang digunakan sebagai sumber DNAadalah jaringan otot dari seluruh bagian tubuh, terutama bagian tubuh ke arahposterior anaus. Ekstraksi dan isolasi DNA akan menggunakan DNA Extraction Kitfor animal tissue (Geneaid).
Amplifikasi dan Visualisasi Fragmen DNA. Amplifikasi ruas gen CO1 mtDNAakan dilakukan menggunakan primer universal gen CO1 pada ikan (http://ibol.org/resources/barcode-library/). Kondisi PCR akan dioptimasikan untukmemperoleh amplikon tunggal.. Pengujian amplikon akan dilakukan denganmetode polyacrilamiide gel electrophoresis 6% yang dilanjutkan dengan pewarnaansensitif perak (Byun et al. 2009).
page 3 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
Perunutan Produk PCR dan Analisis DNA Sequensing. Amplikon berupa pitatunggal di atas gel poliakrilamid dan berukuran sesuai dengan desain primer akandijadikan cetakan dalam PCR for sequencing menggunakan menggunakan primeryang sama dengan amplifikasi sebelumnya. . Runutan nukleotida yang diperolehakan diedit kemudian saling disejajarkan menggunakan Clustal W 1.8 yang terdapatdalam program MEGA versi 4.00 (Tamura et al. 2007). Analisis kesamaan nukelotidadan hubungan-hubungan filogenetik antar spesies sidat yang teridentifikasi dansidat yang datanya sudah tersedia di database GenBank akan dilakukan denganmenggunakan MEGA versi 4.00 dengan berbagai opsi yang akan dieksplorasikemudian, mulai dari model substitusi, ukuran bootstrap dan pendekatanpembuatan pohon hubungan kekerabatan.
RENCANA JADWAL PENELITIAN
Kegiatan BulanFebruari
Maret April Mei Juni
Studi Literatur
****** ******
****** ******
******
Penyortiran Sampel
******Ekstraksi dan isolasiDNA
******Amplifikasi DNA
******DNA Sequencing
****** ******Analisis Filogeni
****** ******
page 4 / 106page 4 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
page 5 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
page 6 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
page 7 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
page 8 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
page 9 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
DaftarPustaka
Aoyama J,WouthuyzenS,MillerMJ,InagakiT,TsukamotoK.2003.Short-distancespawningmigration oftropicalfreshwatereels. Biol.Bull.204:104-108
page 10 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
Aoyama J.2009.Lifehistoryandevolution ofmigration incatadromouseels(GenusAnguilla). Aqua-BioSci.Monogr.(ABSM)2: 1–42
ByunSO,FangQ,ZhouH, danHickford JGH.2009.Aneffectivemethod forsilver-stainingDNA inlargenumbers ofpolyacr
page 11 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
ylamide gels. AnalBiochem 385:174-175.
Hajibabaei etal. DnabarcodedistinguishspeciesoftropicalLepidoptera. PNAS103:968-971
HebertPDN,RatnasinghamS, DeWaardJR.2003.Barcodinganimallife:cytochrome coxidasesubunit
page 12 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
1divergencesamongcloselyrelatedspecies. Proc .R. Soc .B 270:96–99.
InoueGJ,MiyaM,TsukamotoK,NishidaM.2004.Mitogenomicevidence forelopomorphfishes(Teleostei)andtheevolutionaryoriginof theleptocephaluslarva. MolPhylogenetEvol
page 13 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
32:274–286
Tamura K,DudleyJ, Nei MdanKumarS.2007.MEGA4:Molecularevolutionarygeneticsanalysis(MEGA)softwareversion4.0. MolecularBiologyandEvolution 24:1596-1599.
TeschFW.1977. TheEel-BiologyandManag
page 14 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
ementofAnguillid Eels.Chapman andHall :London
TsukamotoK,Umezawa A(1994)Metamorphosis: akeyfactoroflarvalmigrationdetermininggeographicdistributionandspeciation ofeels.In: Proc4thIndo-Pac ConfFacFisheries,KasetartUniver
page 15 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
sity,Bangkok, p231–248
JudulKolokium:
IdentifikasiKomposisiJenisIkanSidat (Anguilla:Anguillidae)dalamKumpulanLarvaikan diMuaraSungaiKedurangBengkulu,
page 16 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
MenggunakanDNA Barcode.
YantiAriyanti,AchmadFarajallah,DyahPerwitasari.
DepartemenBiologi,FakultasMatematikadanIPA,InstitutPertanianBogor.19Januari2012.
PENDAHU
page 17 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
LUANLatarBelakang
Perairan lautIndonesiadidugamerupakantempatasalusulberagamspesiesikansidat (Anguilla spp.)yangtersebar diseluruhdunia.Diantara 18spesiessidatyangsudahdikenaldidunia,sembilandiantaranyaberadadiIndone
page 18 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
siabahkanduadiataranyaberstatusendemik, yaituAnguillaborneensisdan Anguillacelebesensis.IkansidattermasukordoAnguiliformesdanfamiliAnguillidaeyangterdiridarihanyasatugenusyaitu Anguilla. Ciripembedagenus Anguilla fasedewasa darigenus
page 19 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
lainadalahletaksiripanaldanawalsirippunggungagakjauhdarikepala,sirippunggungdananalmemanjangmenjadi satudengansiripekor,tutupinsangdekatkebagiandada,sertapolamelanoforeyangspesifik(Tesch1977).
Ikansidatbersifa
page 20 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
t katadromous.Pemijahannyaselaludilakukan dilautdalamkemudiantumbuhdewasa diperairantawar,mulaidarimuarasampaike hulusungai(Aoyama2009).Dalamsiklushidupnya,tahapanperkembanganlarvasidatyangdisebutleptochepalusberlangsungrelatif
page 21 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
panjang dilaut.Leptochepalusadalahlarvasidatdenganbentukmenyerupaidaunwillowtransparanyangmerupakanbentukkhaslarvadariikanelepomorph(Inoue et al.2004).Setibadipantai,larvasidatmengalamiperkembanganmenjadijuvenil(glasseel)dengan
page 22 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
bentukmenyerupaipipa(anguilik) dantransparan(Tsukamoto1994).Juvenilsidatkemudianterbawa aruspasangmenujumuarasungaidanakanhidupbeberapa haridimuarauntukmengadaptasikan diriterhadapperubahankadargaram.Larvaleptochepalusdanjuvenilsidat didaerahtropis
page 23 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
memilikibentukmorfologiyang tidakdibedakanantarspesiessidat(Aoyamaet.al2003). Tingkatkesulitanmengidentifikasispesiessidatberdasarkanmorfologifaselarvadanjuvenilmenyebabkanterhambatnyapengungkapankeanekaragamanhayati(Herbert2003).
page 24 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
SalahsatucaraidentifikasifaselarvaadalahmenggunakanDNA Barcode.TeknikDNA Barcoding tidakhanyabergunauntukmengidentifikasispesiesyangtelahdikenali tetapijugadapatmenemukanspesiesbaru.TeknikDNA barcodingdapatmenyediakansebuah“barkode
page 25 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
biologi” dariurutanpendekDNAyangdistandardisasi untukmengenalisuatuspesies(Hajibabaei etal.2005).Idemengenaipenggunaanbarcodingditujukanuntukmembedakanspesiesdanmengidentifikasispesimenyangsulitdikenali,sepertifaselarva,potonganorgan
page 26 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
maupunmaterial yangmengalamipemrosesan,denganmenggunakansekuens genyangcukuppendek.
Gensitokromoksidasesubunit1, yangdikenalsebagai CO1,merupakansalahsatugendalamgenommitokondria(mtDNA)yangsekuennyabiasadiguna
page 27 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
kansebagaibarcode.SekuengenCO1mempunyaisifat-sifatyangmemenuhipersyaratanuntukdigunakandalammenentukansuatuspesiespadahampirsemuahewan,terutamapadabagianujung5’ gendenganukuransekitar700 bp(Hebert et al. 2003).
Tujua
page 28 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
nPenelitian
Penelitian inibertujuanuntukmengidentifikasikomposisijenisleptocephalusdan glasseelsidat (Anguilla sp.)dalamkumpulanlarvaikandarimuaraSungaiKedurang,BengkulumenggunakanDNA Barcode.
Waktu
page 29 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
danTempat
PenelitianakandilaksanakanpadabulanNovember2011-Maret2012 dibagianFungsiHayatidanPerilakuHewan,DepartemenBiologi,InstitutPertanianBogor.
BAHANDANMETODE
SampelIkan. Kumpu
page 30 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
lanikanyangdiambildariestuarisungaiKedurangBengkulumerupakankoleksiDr.AchmadFarajallah IPB.KumpulanikandiambilsekalipadaminggukeduabulanJuli2011danduakalipadaminggukeempatAgustus 2011.Semuasampeldisimpandalam
page 31 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
alkohol70%yangmengandungEDTA10 mM.
Identifikasisampel. Larvadanjuvenilsidatdisortirberdasarkanjumlahmyomereano-dorsalpadalarva,kondisiinsang,posisidankondisisirippunggungdansiripdubur.
page 32 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
EkstraksidanIsolasiDNA. Sampeljaringan yangdigunakansebagaisumber DNAadalahjaringan ototdariseluruhbagiantubuh,terutamabagiantubuhkearahposterioranaus.Ekstraksi danisolasiDNAakanmenggunakanDNAExtraction Kitforanimaltissue(Geneaid).
page 33 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
AmplifikasidanVisualisasiFragmenDNA.AmplifikasiruasgenCO1mtDNAakandilakukanmenggunakanprimeruniversal genCO1padaikan (http://ibol.org/resources/barcode-library/).KondisiPCRakandioptimasikanuntukmemperoleh amplikon
page 34 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
tunggal..Pengujianamplikonakandilakukandenganmetode polyacrilamiide gelelectrophoresis 6%yangdilanjutkandenganpewarnaansensitifperak(Byun et al.2009).
PerunutanProduk PCRdanAnalisis DNASequensing.Amplikonberupapitatungga
page 35 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
l diatasgelpoliakrilamiddanberukuransesuaidengandesainprimerakandijadikancetakandalamPCR forsequencingmenggunakanmenggunakanprimeryangsamadenganamplifikasisebelumnya. .Runutannukleotidayangdiperolehakandieditkemudiansalingdisejaj
page 36 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
arkanmenggunakanClustalW 1.8yangterdapatdalamprogramMEGAversi4.00(Tamura et al.2007).Analisiskesamaannukelotida danhubungan-hubunganfilogenetikantarspesiessidatyangteridentifikasidansidatyangdatanyasudahtersedia didatabaseGenBa
page 37 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
nkakandilakukandenganmenggunakanMEGAversi4.00denganberbagai opsiyangakandieksplorasikemudian,mulaidarimodelsubstitusi,ukuranbootstrap danpendekatanpembuatanpohonhubungankekerabatan.
RENCANA JADW
page 38 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
ALPENELITIAN
Kegiatan BulanFebruari
Maret April Mei Juni
Studi Literatur
****** ******
****** ******
******
Penyortiran Sampel
******Ekstraksi dan isolasiDNA
******Amplifikasi DNA
******DNA Sequencing
****** ******Analisis Filogeni
****** ******
page 39 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
page 40 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
Daftar
Pusta
ka
page 41 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
Aoyam
a J,
Wouth
uyzen
S,
Miller
MJ,
Inagaki
T,
page 42 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
Tsuka
moto
K.2003
.
Short-d
istance
spawni
ng
migrati
page 43 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
on of
tropical
freshw
ater
eels.
Biol.
Bull.
204:10
4-108
page 44 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
Aoyam
a J.
2009.
Life
history
and
evoluti
on of
migrati
page 45 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
on in
catadr
omous
eels
(Genus
Anguill
a).
Aqua-B
ioSci.
page 46 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
Monogr
.
(ABSM)
2: 1–42
Byun
SO,
page 47 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
Fang
Q,
Zhou
H, dan
Hickfor
d JGH.
2009.
An
effectiv
page 48 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
e
metho
d for
silver-s
taining
DNA in
large
numbe
rs of
page 49 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
polyacr
ylamid
e gels.
Anal
Bioche
m 385:
174-17
5.
page 50 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
Hajiba
baei et
al. Dna
barcod
e
disting
uish
species
of
page 51 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
tropical
Lepido
ptera.
PNAS
103:
968-97
1
page 52 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
Hebert
PDN,
Ratnasi
ngham
S, De
Waard
JR.
2003.
Barcod
page 53 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
ing
animal
life:
cytochr
ome c
oxidas
e
subunit
1
page 54 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
diverg
ences
among
closely
related
species
. Proc .
R. Soc .
B 270:
page 55 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
96–99.
Inoue
GJ,
Miya
M,
Tsuka
page 56 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
moto
K,
Nishida
M.
2004.
Mitoge
nomic
eviden
ce for
page 57 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
elopom
orph
fishes
(Teleos
tei)
and
the
evoluti
onary
page 58 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
origin
of the
leptoce
phalus
larva.
Mol
Phylog
enet
Evol
page 59 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
32:274
–286
Tamur
a K,
Dudley
J, Nei M
page 60 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
dan
Kumar
S.
2007.
MEGA4
:
Molecu
lar
evoluti
page 61 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
onary
genetic
s
analysi
s
(MEGA)
softwar
e
version
page 62 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
4.0.
Molecu
lar
Biology
and
Evoluti
on 24:
1596-1
599.
page 63 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
Tesch
FW.19
77. The
Eel-
Biology
and
Manag
ement
of
page 64 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
Anguilli
d Eels.
Chapm
an and
Hall :
London
page 65 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
Tsuka
moto
K,
Umeza
wa A
(1994)
Metam
orphosi
s: a
page 66 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
key
factor
of
larval
migrati
on
determ
ining
geogra
page 67 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
phic
distrib
ution
and
speciat
ion of
eels.
In: Proc
4th
page 68 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
Indo-Pa
c Conf
Fac
Fisheri
es,
Kaseta
rt
Univer
sity,
page 69 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
Bangko
k, p
231–24
8
page 70 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
JudulKolokium:
IdentifikasiKomposisiJenisIkanSidat (Anguilla:Anguillidae)dalamKumpulan
page 71 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
Larvaikan diMuaraSungaiKedurangBengkulu,MenggunakanDNA Barcode.
YantiAriyanti,AchmadFarajallah,DyahPerwitasari.
DepartemenBiologi,FakultasMatematikadanIPA,InstitutPertanianBogor.19Januari2012.
page 72 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
PENDAHULUANLatarBelakang
Perairan lautIndonesiadidugamerupakantempatasalusulberagamspesiesikansidat (Anguilla spp.)yangtersebar diseluruhdunia.Diantara 18spesiessidatyangsudahdikenaldidunia,sembil
page 73 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
andiantaranyaberadadiIndonesiabahkanduadiataranyaberstatusendemik, yaituAnguillaborneensisdan Anguillacelebesensis.IkansidattermasukordoAnguiliformesdanfamiliAnguillidaeyangterdiridarihanyasatugenusyaitu Anguilla. Ciripembeda
page 74 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
genus Anguilla fasedewasa darigenuslainadalahletaksiripanaldanawalsirippunggungagakjauhdarikepala,sirippunggungdananalmemanjangmenjadi satudengansiripekor,tutupinsangdekatkebagiandada,sertapolamelanoforeyangspesifik(Tesch1977).
page 75 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
Ikansidatbersifat katadromous.Pemijahannyaselaludilakukan dilautdalamkemudiantumbuhdewasa diperairantawar,mulaidarimuarasampaike hulusungai(Aoyama2009).Dalamsiklushidupnya,tahapanperkembanganlarvasidatyangdisebutleptochepalus
page 76 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
berlangsungrelatifpanjang dilaut.Leptochepalusadalahlarvasidatdenganbentukmenyerupaidaunwillowtransparanyangmerupakanbentukkhaslarvadariikanelepomorph(Inoue et al.2004).Setibadipantai,larvasidatmengalamiperkembanganmenjadijuvenil
page 77 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
(glasseel)denganbentukmenyerupaipipa(anguilik) dantransparan(Tsukamoto1994).Juvenilsidatkemudianterbawa aruspasangmenujumuarasungaidanakanhidupbeberapa haridimuarauntukmengadaptasikan diriterhadapperubahankadargaram.Larvaleptochepalusdanjuvenil
page 78 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
sidat didaerahtropismemilikibentukmorfologiyang tidakdibedakanantarspesiessidat(Aoyamaet.al2003). Tingkatkesulitanmengidentifikasispesiessidatberdasarkanmorfologifaselarvadanjuvenilmenyebabkanterhambatnyapengungkapankeanekaragamanhayati
page 79 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
(Herbert2003).
SalahsatucaraidentifikasifaselarvaadalahmenggunakanDNA Barcode.TeknikDNA Barcoding tidakhanyabergunauntukmengidentifikasispesiesyangtelahdikenali tetapijugadapatmenemukanspesiesbaru.TeknikDNA barcoding
page 80 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
dapatmenyediakansebuah“barkodebiologi” dariurutanpendekDNAyangdistandardisasi untukmengenalisuatuspesies(Hajibabaei etal.2005).Idemengenaipenggunaanbarcodingditujukanuntukmembedakanspesiesdanmengidentifikasispesimenyangsulitdikenali,
page 81 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
sepertifaselarva,potonganorganmaupunmaterial yangmengalamipemrosesan,denganmenggunakansekuens genyangcukuppendek.
Gensitokromoksidasesubunit1, yangdikenalsebagai CO1,merupakansalahsatugendalamgenommitokondria(mtDN
page 82 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
A)yangsekuennyabiasadigunakansebagaibarcode.SekuengenCO1mempunyaisifat-sifatyangmemenuhipersyaratanuntukdigunakandalammenentukansuatuspesiespadahampirsemuahewan,terutamapadabagianujung5’ gendenganukuransekitar700 bp(Heber
page 83 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
t et al. 2003).
TujuanPenelitian
Penelitian inibertujuanuntukmengidentifikasikomposisijenisleptocephalusdan glasseelsidat (Anguilla sp.)dalamkumpulanlarvaikandarimuaraSungaiKedurang,BengkulumenggunakanDNA
page 84 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
Barcode.
WaktudanTempat
PenelitianakandilaksanakanpadabulanNovember2011-Maret2012 dibagianFungsiHayatidanPerilakuHewan,DepartemenBiologi,InstitutPertanianBogor.
BAHA
page 85 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
NDANMETODE
SampelIkan. KumpulanikanyangdiambildariestuarisungaiKedurangBengkulumerupakankoleksiDr.AchmadFarajallah IPB.KumpulanikandiambilsekalipadaminggukeduabulanJuli2011danduakalipada
page 86 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
minggukeempatAgustus 2011.Semuasampeldisimpandalamalkohol70%yangmengandungEDTA10 mM.
Identifikasisampel. Larvadanjuvenilsidatdisortirberdasarkanjumlahmyomereano-dorsalpadalarva,kondisiinsang,posisidankondisisirip
page 87 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
punggungdansiripdubur.
EkstraksidanIsolasiDNA. Sampeljaringan yangdigunakansebagaisumber DNAadalahjaringan ototdariseluruhbagiantubuh,terutamabagiantubuhkearahposterioranaus.Ekstraksi danisolasiDNA
page 88 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
akanmenggunakanDNAExtraction Kitforanimaltissue(Geneaid).
AmplifikasidanVisualisasiFragmenDNA.AmplifikasiruasgenCO1mtDNAakandilakukanmenggunakanprimeruniversal genCO1padaikan (http://ibol.org/resour
page 89 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
ces/barcode-library/).KondisiPCRakandioptimasikanuntukmemperoleh amplikontunggal..Pengujianamplikonakandilakukandenganmetode polyacrilamiide gelelectrophoresis 6%yangdilanjutkandenganpewarnaansensitifperak(Byun et al.2009).
page 90 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
PerunutanProduk PCRdanAnalisis DNASequensing.Amplikonberupapitatunggal diatasgelpoliakrilamiddanberukuransesuaidengandesainprimerakandijadikancetakandalamPCR forsequencingmenggunakanmenggunakanprimeryangsama
page 91 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
denganamplifikasisebelumnya. .RunutannukleotidayangdiperolehakandieditkemudiansalingdisejajarkanmenggunakanClustalW 1.8yangterdapatdalamprogramMEGAversi4.00(Tamura et al.2007).Analisiskesamaannukelotida danhubungan-hubunganfilogen
page 92 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
etikantarspesiessidatyangteridentifikasidansidatyangdatanyasudahtersedia didatabaseGenBankakandilakukandenganmenggunakanMEGAversi4.00denganberbagai opsiyangakandieksplorasikemudian,mulaidarimodelsubstitusi,ukuranbootstrap danpendek
page 93 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
atanpembuatanpohonhubungankekerabatan.
RENCANA JADWALPENELITIAN
Kegiatan BulanFebruari
Maret April Mei Juni
Studi Literatur
****** ******
****** ******
******
Penyortiran Sampel
******Ekstraksi dan isolasiDNA
******Amplifikasi DNA
******DNA Sequencing
****** ******Analisis Filogeni
****** ******
page 94 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
page 95 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
page 96 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
page 97 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
page 98 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
page 99 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
DaftarPustaka
Aoyama J,WouthuyzenS,MillerMJ,InagakiT,TsukamotoK.2003.Short-distancespawningmigration oftropicalfreshwatereels. Biol.Bull.204:104-108
page 100 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
Aoyama J.2009.Lifehistoryandevolution ofmigration incatadromouseels(GenusAnguilla). Aqua-BioSci.Monogr.(ABSM)2: 1–42
ByunSO,FangQ,ZhouH, danHickford JGH.2009.Aneffectivemethod forsilver-stainingDNA inlargenumbers ofpolyacr
page 101 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
ylamide gels. AnalBiochem 385:174-175.
Hajibabaei etal. DnabarcodedistinguishspeciesoftropicalLepidoptera. PNAS103:968-971
HebertPDN,RatnasinghamS, DeWaardJR.2003.Barcodinganimallife:cytochrome coxidasesubunit
page 102 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
1divergencesamongcloselyrelatedspecies. Proc .R. Soc .B 270:96–99.
InoueGJ,MiyaM,TsukamotoK,NishidaM.2004.Mitogenomicevidence forelopomorphfishes(Teleostei)andtheevolutionaryoriginof theleptocephaluslarva. MolPhylogenetEvol
page 103 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
32:274–286
Tamura K,DudleyJ, Nei MdanKumarS.2007.MEGA4:Molecularevolutionarygeneticsanalysis(MEGA)softwareversion4.0. MolecularBiologyandEvolution 24:1596-1599.
TeschFW.1977. TheEel-BiologyandManag
page 104 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
ementofAnguillid Eels.Chapman andHall :London
TsukamotoK,Umezawa A(1994)Metamorphosis: akeyfactoroflarvalmigrationdetermininggeographicdistributionandspeciation ofeels.In: Proc4thIndo-Pac ConfFacFisheries,KasetartUniver
page 105 / 106
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
sity,Bangkok, p231–248