Post on 23-Feb-2016
description
ICB –USPDisciplina: Bioinformática Aplicada ao Estudo de Doenças
ParasitáriasJaques Franco
Plataforma SOLiD
Carvalho et al ,2010
Andreonte ,2011.
Base -code Color-code
ATGTCGTGCTGCCGAGCGGAGGTGAATGAGCCAGTAACTCCCAGCTCCGCTTCATCATTGGAGTCTGACG
T012301123321023021123021001232332
ABI-SOLiDIllumina-SolexaRoche-454
c c
SOLiD 4 SOLiD 5500
Reação é catalisada por uma DNA ligase
Nesse método os fragmentos de DNA são gerados e ligados aos adaptadores P1 e P2 que se ligam especificamente a uma microesfera
Ciclo de hibridização a cada
35pb
Código 0 1 2 3Fluorocrom
osFAM Cy3 TXR Cy5
AA AC AG ATCC CA GA TAGG GT CT CGTT TG TC GC
Saída do SequenciadorOs arquivos que representam as sequências obtidas estão no formato “csfasta”.
Valor da qualidade associada a cada transição de base das sequências lidas estão no formato “qual”.
Pipeline De novoÉ um conjunto de softwares utilizados para montagens de genomas onde não se conhece a referência, ele faz a montagem dos “reads” e gera sequências maiores como contigs e scaffolds.
Limitações
1.Leituras curtas de 35 pares de bases2. Regiões repetitivas3. Construção de bibliotecas 4. Custo das máquinas5. Erros de montagem6. Processamento, análise e interpretação de dados 8. DNA barcode