Post on 31-Mar-2020
Actualizacion en cuanto a la infeccion por SARS-CoV-2
causante de la enfermedadCOVID-19
Dr. José Arturo Martínez Orozco
Jefe Infectología y Microbiología Clínica
Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias
SARS-CoV MERS-CoV
Género Beta-CoVs, linaje B Beta-CoVs, linaje C
Posible reservorio natural Murciélago Murciélago
Posible hospedero intermedio Civeta de Palma ( gato salvaje) Camello Dromedario
Origen Provincia de Guangdong, China Península Arábica
Epidemiología Clínica
No. total global reportado en OMS
Más de 8098 personas 2465 (desde el 2012 – 2019)
Países afectados 29 27
No. de muertes 774 al 2004 850 al 2019
Mortalidad 9.6% 34.4%
Región de transmisión
Global Regional
Patrón de transmisión
Animal – Humano; Humano – Humano (AMBOS)
Receptor predominante Enzima convertidora-angiotensina 2 (ECA 2)
Dipeptidil-peptidasa 4 (DPP 4)
Distribución en el receptor Endotelio arterial y venoso; músculo lisoarterial; intestino delgado; epitelio del
tracto respiratorio; monocitos y macrófagos alveolares
Epitelio del tracto respiratorio; riñón; intestino delgado; hígado y próstata;
Leucocitos activados
Susceptibilidad celularTracto respiratorio, riñón, hígado
Tracto respiratorio, intestino, tracto genitourinario, hígado, riñón, neuronas,
monocitos,
Eficiencia de replicación viral Alta Muy alta
Habilidad para inhibir la producción de IFN
Reconocimiento retrasado y respuesta proinflamatoria
Reconocimiento retrasado y respuesta proinflamatoria
MERS vs SARS
Enfermedad por Coronavirus: 6 de 7 coronavirus humanos circulando HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoV-OC43 , HCoV-HKU1,
MERS-CoV y SARS-CoV-2
SARS-CoV y MERS-CoV
Co
VC
oV
emer
gen
tes
1983 1985 1987 1989 1991 1993 1995 1997 1999 2001 2003 2005 2007 2009 2011 2013 20151950 -1960 1961-1970 1971-1980 1981-1990 1991-2000 2001-2010 2011-2020
HCoV-229E, HCoV-OC43Causa de resfriado común
SARS (nuevo coronavirus)Guangdong, China, Noviembre de
2002: Neumonia y SIRA
HCoV-NL63 Se aisló en los Países Bajos en 2004
Niños con Bronquiolitis. Resfriado comun, exacerbaciones de enfermedades cronicas
pulmonares, rara vez neumonia
HCoV-HKU1 en 2005En pacientes con neumonía de Hong Kong : Resfriado comun,
exacerbaciones de enfermedades cronicas pulmonares, rara vez
neumonia
2012, Respiratorio Medio Oriente (MERS) –CoV: Neumonia y SIRA en
Arabia Saudita2019: SRAS-CoV-2 Asintomaticos,
resfriado comun, Neumonia y SIRA.
Panorama actual.
HCoV-229E HCoV-NL63 HCoV-OC43 HCoV-HKU1
Las infecciones respiratorias por coronavirus son frecuentes en las epocas de otoño-inviernoMas común durante invierno
Representan menos del 10% de infecciones agudas de vías respiratorias en adultos (superiores e inferiores).
14% Enfermedad similar a influenza
15% de resfriados en adultos
Exacerbación de EPOC 4-6%
Exacerbación de asma en proporciones variables
• Gorse GJ, Connor TZO, Hall SL, Vitale JN, Nichol KL. Human Coronavirus and Acute Respiratory Illness in Older Adults with Chronic Obstructive Pulmonary Disease. J Infect Dis. 2009;199:847–57.
• Walsh EE, Shin JH, Falsey AR. Clinical Impact of Human Coronaviruses 229E and OC43 Infection in Diverse Adult Populations. J Infect Dis. 2013;208:1634–42. • Falsey AR, Mccann RM, Hall W, Criddle MM, Formica MA, Lpn DW, et al. The “Common Cold” in Frail Older Persons: Rhinovirus and Coronavirus in a Senior Daycare Center. J Am
Geriatr Soc. 1997;45:706–11.
Manifestaciones clínicas
Familia Coronavirus.
Pródromo: fiebre >38.3°C, calofríos, cefalea, astenia, mialgias ydiarrea (6-20%)3 a 7 días posteriores se presenta síntomas respiratorios (tos). Enneumonía un 10-20% puede requerir ventilación mecánica
2014 2015 2016 2017 2018 2019
0
20
40
60
80
100
120
Parainfluenza 1,2,3 and 4 Rinovirus/Enterovirus Enterovirus Metapneumovirus Adenovirus Coronavirus 229E
Coronavirus NL63 Coronavirus OC43 Respiratory Sincitial Virus Coronavirus HKU1 Bocavirus
Virus respiratorios INER 2014-2020
2020
Martinez-Orozco, Becerril- Vargas et al. INER . 2020. www.iner.gob.mx
2014 2015 2016 2017 2018
Comportamiento de otros virus respiratorios (2014-2020)
2019
Coronavirus 229E Coronavirus NL63 Coronavirus OC43Coronavirus
HKU1SARS-CoV-2/
COVID-1934 26 79 44 1
Total de CoV 184
0
2
4
6
8
10
12
14
16
Coronavirus 229E Coronavirus NL63 Coronavirus OC43 Coronavirus HKU1 COVID-2019
Martinez-Orozco, Becerril- Vargas et al. INER . 2020. www.iner.gob.mx
Caracteristicas Clinicas y Epidemiologicas en 99 casos de COVID-19 en Wuhan.
67% mayores a 50 años, 51% condicionesmedicas cronicas: enfermedad cardiovascular yendocrinologica (DM2) las mas importantes.
Fiebre, tos y disnea los sintomas mas frecuentes.3% sintomas gastrointestinales.
75% NEUMONIA BILATERAL POR TAC DE TORAX.17% SIRA.
En 41 hospitalizados: DM2, HAS y cardiopatia las comorbilidades mas
frecuentes
A partir del inicio de sintomas:
7 dias para hospitalizarse8 dias para iniciar con disnea9 dias para presenter SIRA10.5 dias para ser ingresados a UCI
Caracteristicas Clinicas y Epidemiologicas en 99 casos de COVID-19 en Wuhan.
Desenlaces :
11% muerte31% alta4% Coinfeccionesbacterias nosocomiales y hongos (Aspergillus spp)
Caracteristicas Clinicas en 138 casos hospitalizadospor COVID-19 en Wuhan.
41.3% con sospechade transmission
nosocomial: 12.3% pacientes y 29%
trabajadores de la salud
HAS, Enfermedadcardiovascular y DM las comorbilidades
mas frecuentes
Caracteristicas Clinicas en 138 casos hospitalizados porCOVID-19 en Wuhan.
Desenlaces:
• SIRA 20% y arritmia17%
• 16% ingreso a UCI
• 4.3% mortalidad
Caracteristicas Clinicas de 44672 casos confirmadospor COVID-19. CDC China
41.6% de los casos entre 50 y 69 años
81% casos leves: sin neumonia o neumonia leve.
13.8% casos severos: disnea, insuficiencia respiratoria , PaO/FiOmenor a 300 e infiltrados pulmonares mayoyes a 50% en 24-48hrs.
4.7% casos criticos: falla respiratoria, choque septico y fallaorganica multiple
JAMA.2020.
Enfermedad leve 81%
Severa 14%
Ingreso a terapia intensiva5%
2.3% de mortalidad
En pacientes criticos 49% de MUERTE
PERSONAL DE LA SALUD 3.8% DE INFECCION GRACIAS A EPP COMPARADO CON 30% EN WUHAN
Caracteristicas Clinicas en 138 casos hospitalizadospor COVID-19 en Wuhan.
100% De loshospitalizados conneumoniabilateral conpredominio depatron en vidriodeslustrado
Caracteristicas Clinicas de pacientes Hospitalizados por COVID-19 en Wuhan al 24 de Enero: Hallazgos
en TAC de torax.
Paciente de 53 años a los 8 dias de iniciados los sintomas y posteriormente a los 12dias. SE OBSERVAN PARCHES DE VIDRIO DESLUSTRADO/DESPULIDO. Patron intersticialfrecuente en coronavirus.
Hombre de 40 años a los 15 dias y mujer de 53 años
Se observa neumonia bilateral con broncograma aereo y vidrio deslustrado en focos multiples.
METANALISIS (REVISION DE DIVERSAS PUBLICACIONES INTERNACIONALES) CON 50466 HOSPITALIZADOS: 14% SIRA, TAC
ANORMAL 96%, CASOS SEVEROS 18%. MORTALIDAD 4.3%.
N 18 EN SINGAPUR REPLICACION VIRAL EN TRACTO RESPIRATORIO DE 7 A 15 DIAS. NO
MUERTES. VIRUS EN HECES Y SANGRE DETECTABLE.
DIAGNÓSTICO EN MICROBIOLOGIA CLINICA INER SARS-CoV-2
• Influenza, 35 patógenos respiratorios y SARS-CoV2 (4 hrs) MEDIANTE LA PRUEBA DE PCR
• 335 Pruebas de PCRs en 1 semana.
• 34 CASOS SOPECHOSOS 33 NEGATIVOS 1 COVID-19
• HAY MAS DE 31 UNIDADES EN EL PAIS HACIENDOLO. USMIs.
TIEMPO DE RESPUESTA 6 HRS TOTALES
LABORATORIO 24 HRS 7 DIAS DE LA SEMANA A PARTIR DEL 1 DE FEBRERO
Toma de muestra de exudado faríngeo
Toma de muestra de exudado faríngeo y nasofaringeo
Toma de muestra de exudado faríngeo
https://www.gob.mx/cms/uploads/attachment
Dar a conocer las características de la toma y tipo demuestra para el diagnóstico de casos sospechosos de SARS-CoV-2 (COVID-19).
Tipos de muestra de muestra para diagnóstico de SARS-CoV-2 (COVID-19).
M. En C. Gisela Barrera Badillo
Jefe de Laboratorio de Virus Respiratorios del InDRE
Q.F.B. Daniel J. Regalado Santiago
Coordinación de Laboratorio de Bioseguridad Nivel 3 el InDRE
Tipos de muestra
Tipo de muestra Material Temperatura de transporte
Almacenamiento Comentarios
Exudado faríngeo y nasofaríngeo
1.- Medio de transporte viral2.- Hisopos de dacrón o rayón con
mango de plástico (exudado faríngeo)
3.- Hisopos de dacrón o rayón con mango flexible (exudado
nasofaríngeo)
2-8 ºC≤ 5 días: 2-8 ºC> 5 días: -70ºC
El exudado faríngeo y nasofaríngeo se deben colocar en el mismo tubo para incrementar
la carga viral
Lavado Bronquioalveolar
Contenedor estéril con medio de transporte viral
2-8 ºC ≤ 48 horas: 2-8ºC
> 48 horas: -70ºC
Puede haber dilución del patógeno, pero aun así vale la
pena tomarla. Se requiere como mínimo 2ml (1 ml de lavado
bronquioalveolar más 1 ml de medio de transporte).
Aspirado traqueal, aspirado nasofaríngeo o
lavado nasal
Contenedor estéril con medio de transporte viral 2-8 ºC
≤ 48 horas: 2-8ºC
> 48 horas: -70ºC
Se requiere como mínimo 2ml (1 ml de aspirado más 1 ml de
medio de transporte).
Biopsia de pulmónContenedor estéril con medio de
transporte viral 2-8 ºC≤ 5 días: 2-8 ºC> 5 días: -70ºC
2cm3 de la parte visiblemente más afectada.
Material para la toma de muestras clínicas
La muestra deberá tomarse de manera obligatoria por personal capacitado y designado por launidad de salud. Las muestras deberán ser consideradas como altamente infecciosas, por lo que esindispensable portar el siguiente equipo de protección personal y usar el siguiente material paratoma y trasnporte:
• Respiradores NIOSH N95 o N100
• Lentes con protección lateral (gafas protectoras o goggles)
• Bata desechable de manga larga
• Doble par de guantes
• Tubos de medio de transporte viral, con 2.5 ml de medio de transporte viral (color rojo).
• Hisopos estériles con mango de plástico (con punta de rayón o dacrón) y abatelengua, tambiénestériles, para exudados faríngeos.
• Hisopos estériles con mango flexible (con punta de rayón o dacrón), para exudadosnasofaríngeos (HNF).
• Gradilla (para exudados faríngeos y nasofaríngeos).
• Hielera que contenga refrigerantes para mantener las muestras a temperatura de 2 a 8 °C.
Criterios de rechazo
❖Que no cumpla con la definición operacional de casosospechoso de enfermedad por SARS 2 (COVID-19).
❖Que no incluya estudio epidemiológico de caso sospechoso de enfermedad por SARS 2 (COVID-19)
❖Muestra en medio de trasporte viral virado (amarillo o rosa).
❖Muestra tomada con hisopo de algodón y punta de madera.
❖Muestra con temperatura mayor a 8°C.
Al 29 de Enero se suman : protocolo de Taiwan, protocolo de CDC China, Protocolo de Japon
PROTOCOLO HONG KONG
Suspect case (under investigation)
Suspect case according to WHO definition
Continue consultation
Send case by e-mail and call to aphone number designated for thiscases
Isolation at home in caseof not having criteria forhospitalization or referralto a second or tertiarycare center in case ofcriteria for admission!
Positive for SARS-CoV-2
Report to thereferral center
the positive diagnosis
COVID-19 contacts
Ends follow up after 14 days
No clinical criteriafor COVID-19: Follow rutineconsultaion
Contact withCOVID-19 symptoms.
Call the Call center and report
Isolation at home or refer to a
second or third level center
Report to thereferral center
the positive diagnosis
Suspect case with respiratory symptoms
Suspect case: medical mask, hand washing and droplet/air precautions
IS IT REALLY A SUSPECT CASE? Continue routine consultation
Physical exam in a separate room with contact isolation.
Refer to a second level centerCall center number to notify the case
NP Swab for SARS-CoV2 diagnosis will be taken at the clinic and send to one of the referral centers in the 32 states in Mexico (34
CENTERS TOTAL)
Suspect case with risk factors forsevere disease
Isolation at home with clinical information aboutdisease worsening symptoms
Isolation at home and new clinicalvisit suggested at 24 hours
Suspect case with respiratory symptoms
Requiere atencion inmediata/Immediate consultation is needed?
Suspect case: medical mask, hand washing and droplet/air precautions
Physical exam in a separate room with contact isolation.
IS IT REALLY A SUSPECT CASE?
Notify to the local ID and epidemiology team
Notify to the COVID-19 call center
NP Swab for SARS-CoV2 diagnosis will be taken at the clinic and send to one of the referral centers in the 32 states in Mexico (34
CENTERS TOTAL)
Requiere atencion inmediata/Immediate consultation is needed?
Clinical criteria for hospital admission
Suspect case in an isolated room with contact precaution: start support treatment
Suspect case with risk factors
for severedisease
Isolation at home and new clinicalvisit suggested at 24 hours
Isolation at home with clinicalinformation about disease
worsening symptoms
Discharge with symptom relief med.
Admit to an isolated room in a clinical ward.
VMS is needed?.
Admit to ICU unit in an
isolated room.
ABORDAJE DIAGNOSTICO INER CASO SOSPECHOSO CON O SIN
DATOS ATIPICOS DE ENFERMEDAD: Ej INMUNOCOMPROMETIDOS.
PARA CONTROLAR 90% DE LOS BROTES: 80% DE LOS CONTACTOS NECESITAN SER RASTREADOS Y
AISLADOS PARA UN R0 de 2.5
LUCHAMOS UNA EPIDEMIA Y UNA
INFODEMIA
LAS REDES SOCIALES Y LOS
MEDIOS PONEN A LA SALUD
PUBLICA EN DESVENTAJA
INFORMACION VERIDICA LO
MEJOR CONTRA EL PANICO
PCRs REACTIVAS DESPUES DE 5 A 13 DIAS DEL ALTA: SE SUGIEREN 2 PCRS NEGATIVAS Y
ASINTOMATICO PARA ALTA O QUITAR CUARENTENA
LA CONFIANZA ES UN FACTOR CLAVE EN EL DESEO DEL TRABAJADOR DE LA SALUD PARA
TRABAJAR EN EL BROTE DE COVID-19
ENSAYOS CLINICOS EN MARCHA CON
BALOXAVIR NUEVO TX ANTINFLUENZA YA EN MEXICO Y TENOFOVIR ALEFENAMIDA/EMTRI
CITABINA CON LOPINAVIR/RITONAVIR QUE SON CONTRA VIH
ANTECEDENTES: Masculino 35 años sano
• NO se aplico vacuna influenza
• Exposición laboral negada
• Viajes recientes: 16-22 de febrero 2020 estancia en Italia• Contacto con caso positivo
sentado junto a el en la convención
• 23 feb ya en Mexico• 24-27 sintomático: tos, estornudo,
fiebre, dolor de cuerpo y cansancio.
• 27 Feb ACUDE AL INER POR NOTIFICACION DE EMPRESA
• APNP • APP
• Tabaquismo positivo desde los 17 años-actualidad a razón de 20 cigarrillos al día. 1 CAJETILLA DIARIA
32 CONTACTOS
Atencion y Diagnóstico• Se activa protocolo de atención de acuerdo a
flujograma. AISLAMIENTO, VALORACION MEDICA Y MEDIDAS DE PROTECCION PERSONAL PARA TRABAJADORES DE LA SALUD.
• Detección por PCR tiempo real influenza, 35 virus y bacterias respiratorias y la específica para SARS-CoV-2/COVID-19. RESULTADOS EN 4 HRS.
• TODO NEGATIVO EXCEPTO COVID-19
• LLEGA 1 PM , DIAGNOSTICO 5PM
• TRATAMIENTO: OSELTAMIVIR Y SINTOMATICOS
Signos vitales
27.02.2020 12:00 14 18 23
T/A 110/70 116/80 128/80 106/70
FC 75 72 70 80
FR 15 19 16 19
T° 36.6° C 36.7°C 37°C 36.5°C
Sat 95% 93% 93% 94%
Glasgow 15 15 15 15
Laboratorios INGRESO
Biometría hemática
Leucocitos 6.5 - 10^3/mm3
Neutrófilos 3.0 #
Linfocitos 2.5 #
Eosinófilos 0.3 #
Hemoglobina 17.7 gr/dl
Hematocrito 51.8 %
Plaquetas 185 000
Química sanguínea
Glucosa 90.40 mg/dL
Creatinina sérica 0.73 mg/dL
BT 0.5 mg/dL
TGO 33 UI/L
TGP 57.1 UI/L
LDH 209.8 UI/L
CPK 189.2 UI/L
Electrolitos séricos
Sodio sérico 138.16 mmol/L
Potasio 4.05 mmol/L
Cloro sérico 107.05 mmol/L
Tiempos de coagulación
TP 14 segundos
TTP 53.4 segundos
INR 0.98
Inmunología
PCT 0.04
Prot C reactiva
0.235
Gasometría arterial
Ingreso 27.02.2020
• pH 7.38
• pCO2 36.3
• sO2 93%
• HCO3 21.2
• EB -3.0
• Lact 0.8
Control 28.02.2020
• pH 7.39
• pCO2 37.3
• sO2 94%
• HCO3 22
• EB -3.3
• Lact 0.8
Exudado nasofarígeo
ESTUDIO INICIAL Y DE CONTROL CON LA
QUE SE VALORO ALTA Y AISLAMIENTO A 14
DIAS EN CASA
Contribuciones del INER para la respuesta a COVID-19 en México
• Diagnostico a la par de InDRE
• Apoyo en diagnostico otras instituciones de ser necesario
• Lineamiento de atención medica y Guías de EPP (equipo de Proteccion) para manejo de pacientes con COVID-19 infectados por SARS-CoV-2
• Flujogramas de atención a primero , segundo y tercer nivel.
• Listo el laboratorio de virología molecular para caracterización del virus en población mexicana BSL-3 SECUENCIACION
• 3 CursoS Nacional COVID-19 : 21 de febrero 500 asistentes presenciales y en línea 1000. 3 Marzo y 11 de marzo PARA CAPACITADORES
• Neumología, Infectología, Enfermería e investigación parte del grupo Consejo Nacional de Seguridad y Salud. Subcomite de Enfermedades Emergentes. VOCEROS SECRETARIA DE SALUD.
Conclusiones• Tos, fiebre, disnea , fatiga y mialgas los sintomas mas frecuentes.
• Hasta 10% con sintomas gastrointestinales.
• DM2, enfermedad cardiovascular y enfermedad pulmonar cronica las comorbilidades mas Fc
• Linfopenia en enfermedad no grave el hallazgo mas frecuente
• Rx y TAC en hospitalizados con neumonias bilaterales de predominnio vidrio despulido.
• Mortalidad hospitalaria 4-15%
• Complicacionens mas frecuentes: SIRA, daño cardiaco y daño renal.
• Pacientes en UCI procalcitoninas positivas en mayor numero y mayor daño a organo blanco.
• 80% de los casos confirmados son leves y 4.3% criticos.
• RT-PCR metodo diagnostico recomendado en hisopado nasofaringeo o exudado faringeo.
• Se sugiere el uso de algoritmos de atencion para la pronta y adecuada identificacion del pacientepara disminuir mortalidad por retraso en atencion y evitar la transmision nosocomial