Post on 06-Jan-2017
検索式作成 WS2016/12/25
尼崎総合医療センター Hospital Care Research Unit
片岡裕貴 辻本啓 京都大学大学院 辻本康
片岡の COI学術：呼吸器学会専門医、総合内科専門医京都大学大学院医療疫学分野 研究協力員日本呼吸器学会 肺炎ガイドライン SR 委員JAMEP 試験問題作成委員研究 系統的レビュー、予測指標、医学教育、 肺癌・悪性胸膜中皮腫金銭：平成 27 年 イーライリリー、協和発酵キリン球団：阪神タイガース
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自己紹介
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世界初病院職員を対象とした連続ワークショップ
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5
What
is
known
ベストのエビデンス
・最適な臨床決断には入手可能な最適なエビデンス、理想的には系統的レビューのエビデンスを必要とする・ EBM は、エビデンスが信頼できるものかどうか、すなわち、診断検査、患者の予後、治療選択肢についてどれほど確信をおけるものかを提供する。・エビデンスだけでは臨床決断をするのに決して十分ではない
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G Guyatt 2015
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What is not
known
ステップ２ 先人に学ぶ
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SR の計画書作成 WS をいろんな病院でやっています
10
SR ＆ MA の全体像
構造化された疑問 探して選ぶ漠然とした疑問
評価する発表 まとめる
第一回 第二 , 三回
第四回第五－七回第八回
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SR ＆ MA の全体像
構造化された疑問
系統的な検索・データベースの選択
・検索式の作成・文献の選択基準
・事前登録
漠然とした疑問
選択文献を対象とした批判的吟味
・事前に規定した評価基準 (Risk of bias)
発表 結果の統合とまとめ(=meta-analysis)
第一回 第二 , 三回
第四回第五－七回第八回
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探して選ぶために
CQ に基いて・データベースを選ぶ・検索式を作る（ MEDLINE→ 他のもの）・選択基準に基いて選ぶ
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今回はガイドラインの方針として
・データベースを選ぶ（ MEDLINE と医中誌）・検索式を作る（ MEDLINE→ 他のもの）・選択基準に基いて選ぶ
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今日やること
・データベースを選ぶ（ MEDLINE と医中誌）・検索式を作る（ MEDLINE→ 他のもの）・選択基準に基いて選ぶ
別の絵として示すと
データベースから出てきた論文PubMed から CENTRAL から
Science Citation Index から医中誌から重複を除く
タイトルとアブストラクトで抽出本文も込みで抽出
該当論文
除外理由
＝ PRISMA フローチャートと呼びます
そのために
以下のやり方について説明、実施できる・目標検索数を決める・ MeSH の確認・先行レビューの検索式を参照・フリーワードを探す、選ぶ・ pearl growing・検索結果の調整・ Rayyan と MEDLINE と Mendeley の連携
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環境の確認
PC の動作電源WiFi
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Rayyan のアカウント
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復習：統制語とは？
検索可能な各論文に人力で付与されているキーワード階層性があるので、その上位、下位のどこまで検索するかを規定することができる
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レクチャー系統的検索と発見的検索
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QUIZ ：以下のうち正しい記載はどれでしょうか？
・系統的検索の目指すのは網羅的な検索・ PubMed と MEDLINE は同じものである・統制語を用いた検索では、文字列が一致したもののみを検索する・系統的検索に用いる検索式にアウトカムは入れない
検索についてどの程度知っていますか？
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？？？
普段の検索
明日の東京の天気は？
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発見的検索と系統的検索
発見的検索 系統的検索
日常の検索 向く 不向き
目的 適当な情報を一本釣りする 全体像を把握する
問に対する答え １つあれば十分他に何があるか、は問題ではない
該当するものすべてが必要
やり方 より答えの出る確率の高い検索ワードを選ぶ該当するものの一部だけを見て選ぶ
？
記録 残らない 必ず残す( 検索日、データベース 検索ワード )
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諏訪 , 2013
系統的検索のもっともよい方法？
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系統的検索のもっともよい方法
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諏訪 , 2013
全部読む
流石にそれは無理なので
検索システムにお願い！
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諏訪 , 山下 , 2015
だけ抽出
検索システムごとの差
命令そのまま• Cochrane Library• PubMed(Advanced)• Ovid Medline• 医中誌
裏でいろいろと気を回してくれる• PubMed• Google Scholar
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検索システムごとの差
命令そのまま• Cochrane Library• PubMed(Advanced)• Ovid Medline• 医中誌
裏でいろいろと気を回してくれる• PubMed• Google Scholar
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データベース
医学分野では
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http://onlinelibrary.wiley.com/cochranelibrary/search?searchRow.searchOptions.searchProducts=clinicalTrialsDoi
http://login.jamas.or.jp/
http://www.embase.com/login
参考 ) http://handbook.cochrane.org/chapter_6/6_2_1_3_medline_and_embase.htm
検索システム
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http://onlinelibrary.wiley.com/cochranelibrary/search?searchRow.searchOptions.searchProducts=clinicalTrialsDoi
http://login.jamas.or.jp/
http://www.embase.com/login
参考 ) http://handbook.cochrane.org/chapter_6/6_2_1_3_medline_and_embase.htm
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/advancedhttp://ovidsp.tx.ovid.com
臨床試験登録データベースとは？
出版バイアス＝ポジティブな結果が報告されやすい
試験開始前から試験を登録し結果を公開する義務を与える
例） UMIN-CTR ClinicalTrials.gov ICTRP
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http://handbook.cochrane.org/chapter_6/6_2_3_unpublished_and_ongoing_studies.htm
http://www.umin.ac.jp/ctr/index-j.htm
https://clinicaltrials.gov/
http://www.who.int/ictrp/en/
介入のレビューを行う場合、最低限以下を含むこと
・原著の検索MEDLINEEMBASECENTRAL
・臨床試験登録の検索ClinicalTrials.gov ICTRP
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※他のデータベースを組み合わせるかどうかは、 RQ の種類による
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理由： EMBASE の検索じゃないと拾えない RCT
JCE 2003;56:943
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なぜ、日本であまり使われていないか？
網羅的な検索式をつくる
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問題提示
糖尿病の医療費は１兆２０８８億円
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インドア派：トジルDr. 自宅で文献検索
漠然とした疑問
トジルDr. の漠然とした疑問
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糖尿病の患者さんに対して、胃の病気ではないのに胃を切除する手術（減量手術）を行っているときいた。そんな蛮行ゆるされるのか・・・かえって死をはやめるのでは？現存するエビデンスを調べたい。
先輩の意見
都合の良い文献だけを pick upして紹介して、エビデンスが有ると主張してもダメです。
やっていることはセールスマンとかわらないですね。
フェアーな臨床的判断をするためには、現存するすべての関連する研究をまとめたのちに、判断する必要が有ります。
また、その判断に至ったまでの過程を見える化する必要があります。
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構造化された疑問
P: 糖尿病患者I: 減量手術C: 手術しないO: 死亡
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→この PICO について簡単な 検索式を用いて調べたい
PICO をそのまま PubMed 検索式に
＃ 1 diabetes＃ 2 gastrectomy＃ 3 death OR mortality#1 AND #2 AND #3
→ 0件
2016/4/3 実施
検索のポイント
A AND B
A OR B
A NOT B
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A
A
A
B
B
B
検索のポイント
各種検索ツールで検索しているのはいわゆる 抄録 だけ！（基本的に本文は検索していない )
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タイトル
著者情報
雑誌情報
アブストラクト
統制語
検索のポイント
検索の”網羅性と適合率”
網羅性 : 関連のある研究をできるだけ拾う適合率 : 関連のない研究をできるだけ拾わない
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検索のポイント 構造化からの検索式
※治療・介入に関する review の場合Patients #1 健康状態を示す用語
Intervention #2 介入を表す用語
http://handbook.cochrane.org/chapter_6/6_4_2_structure_of_a_search_strategy.htm
※ アウトカムに関連する用語は入れない！
検索のポイント
統制語 (controlled indexing terms) を使う
データベース毎に固有のものがある例 :MeSH (MEDLINE), EMTREE (EMBASE)
“gastric resection” や” partial gastrectomy” の MeSH は” gastrectomy”
注意点：その MeSH word がいつ作られたかもチェック
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MeSH を知ろう！
Medical Subject Headings
MEDLINE で検索可能な各論文に人力で付与されているキーワード階層性があるので、その上位、下位のどこまで検索するかを規定することができる
※Cochrane Library では MEDLINE の MeSH がそのまま統制語として流用されている（ややこしい）
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PubMed のアブストからだと（新しいものにはついていない）
48
こんな感じで
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51
52
類似語
上位概念 下位概念
Mesh の検索画面へ
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まずは P に関する言葉を入れる
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結果からぴったりなものを探して選択
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上位？下位？
56
MeSH の解説を読む
Diabetes Mellitus, Type 2
Year introduced: 2005 (1984)
Previous Indexing:Diabetes Mellitus (1966-1983)
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58
クリック１
クリック２
59
[Mesh] が MeSH を検索しろ、という命令です
クリック２
60
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一方で Ovid だと
2016/11/22 実施
62
クリック
63
数まで分かる！
64
クリックで
式まですぐ行けます！
検索のポイント 3
キーワードも加える
MeSH をつけているのは必ずしもその分野の専門ではない司書さんですまた、つけるまでに一定のタイムラグ（半年くらい）がありますなので、追加で関連しそうなキーワードもor で検索しておきましょう
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再出： PICO を検索式に
#1 AND #2 AND #3 → 0件
2016/4/3 実施
P: 糖尿病患者 ＃ 1 diabetesI: 減量手術 ＃ 2 gastrectomyC: 手術しないO: 死亡 ＃ 3 death AND mortality
どこがマズイか分かりますか？
PICO を検索式に
#1 AND #2 AND #3 → 0件
2015/4/3 実施
P: 糖尿病患者 ＃ 1 diabetesI: 減量手術 ＃ 2 gastrectomyC: 手術しないO: 死亡 ＃ 3 death OR
mortality
ポイント 構造化からの検索式アウトカムは検索ワードに入れない！
再出： PICO を検索式に
#1 AND #2 AND #3 → 0件
2015/4/3 実施
P: 糖尿病患者 ＃ 1 diabetesI: 減量手術 ＃ 2 gastrectomyC: 手術しないO: 死亡 ＃ 3 death OR
mortality
ポイント 統制語統制語を使っていない！
再出： PICO を検索式に
#1 AND #2 AND #3 → 0件
2015/4/3 実施
P: 糖尿病患者 ＃ 1 diabetesI: 減量手術 ＃ 2 gastrectomyC: 手術しないO: 死亡 ＃ 3 death OR
mortality
ポイント 網羅性ポイント キーワードを OR で加える
目標とする数（数字はエキスパートオピニオンです）
検索結果をどこまで広げるか、どこまで狭めるか、については自分達がレビューできる数から決める。
• 実際の臨床ですぐ使う： 100 以下
• 医師が研究のために調べる： 1000くらい
• 系統的レビュー・ガイドラインとして
： 2 － 3000あるいはそれ以上 10000くらいまで？
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QUIZ ：以下のうち正しい記載はどれでしょうか？
・系統的検索の目指すのは網羅的な検索・ PubMed と MEDLINE は同じものである・統制語を用いた検索では、文字列が一致したもののみを検索する・系統的検索に用いる検索式にアウトカムは入れない
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QUIZ ：以下のうち正しい記載はどれでしょうか？
○系統的検索の目指すのは網羅的な検索X PubMed と MEDLINE は同じものであるX 統制語を用いた検索では、文字列が一致したもののみを検索する○系統的検索に用いる検索式にアウトカムは入れない
以下のやり方について説明、実施できる・目標検索数を決める・ MeSH の確認・先行レビューの検索式を参照・フリーワードを探す、選ぶ・ pearl growing・検索結果の調整
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私がより遠くまで見渡せたとすれば、それは巨人の肩の上に乗ることによってです。
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参照すべきもの
・
・原著の確認に 国内外の（診療）ガイドライン・先行 SR （玉石混交）
P と I に関連するガイドラインの探し方 (優先順 )1. 疾患名＋ guideline でググる2. UpToDate や DynaMed 参照3. P と I に関連するメジャーな学会 Web page を探す4. 上司に聞く5. Minds の医療提供者向け診療ガイドライン・カテゴ
リー別を参照し、日本語診療ガイドラインをみつけ、”はじめに”や引用文献一覧を探す https://minds.jcqhc.or.jp/n/medical_user_main.php
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コクランレビューを探す時
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Advanced search で
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調べたい P
良さそうな統制語を選ぶ
クリック
79
先人に学ぶ
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Ctrl+FCommand+Fで MEDLINE と入れて検索
知らない記号がたくさん ＄？
81
PubMed と Ovid Medline の違い
PubMed は使える機能がすこし減る
＞ Ovid が使える人は断然 Ovid 使えない場合は、 PubMed advanced
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[ 参考 ] PubMed と Ovid Medline 、 EBSCO Medline について
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同じデータベース（ MEDLINE を検索している）→ほとんど同じと考えてください
PubMed の欠点：1. 検索に使える演算子が少ない複雑な free word 検索が必要な場合は検索の難易度が上がる or ノイズが増える2. 検索結果のダウンロードが面倒（件数上限があり、前半 / 後半など、分けてダウンロードをしないといけない）
MEDLINE PubMed での注意
1. 近接演算子はつかえない2. ワイルドカードは使えない3. 前方一致は * のみ (400パターンまで許容 )
4. サーチタグが無いと Automatic Term Mapping が作動
5. “and” や” or” などは必ず大文字で使用
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Automatic Term Mapping とは
free word(= 統制語でない言葉 ) をそのままPubMed で入れると生じる便利な機能（系統的レビューの本番の検索では邪魔）
語尾に［ tiab］や [mh] などのサーチタグをつけることで off できる※また、フレーズ検索は””で囲わないとこの機能でバラバラにされて検索される
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Automatic Term Mapping とは
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裏でいろいろ”おせっかい”されている！
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PubMed で使えるゆらぎの演算子
前方一致 語尾に“ *” をつける例： disease*=disease, diseases などが検索対象
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参考： (PubMed で使えない )ゆらぎの演算子
前方一致 $, $n (=n 文字目までの制限でゆらぎを許容 )
ワイルドカード #, ? （ # は何か word が必ず入るが、 ? はなくても OK ）
例： disease$=disease, diseases など dog$2= dog, dogs (≠doghouse) wom#n= woman, women colo?r= color, colour
89
参考： (PubMed で使えない )MEDLINE Ovid の位置演算子
近接演算子： ADJ もしくは スペース＝その語順で近接している語を hit
近接演算子： ADJn=語順不同で n語以内に近接しているものを hit
例： blood pressure = blood adj pressure
例： continuous adj2 dialysis =continuous peritoneal dialysis, continuous venoveous dialysis etc.
90
ストップワード
出現頻度の高い一般的な語 (例 :the, or, of など )は、ノイズを低減するため、検索対象から除外されることがあります。
それらの語をストップワードと呼ひます。
※仕様が結構変わるらしいので、ストップワードであることが分からなかったら試しに検索してみましょう
( 参考 ) PubMed ストップワード一覧https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3827/table/pubmedhelp.T.stopwords/
91
MEDLINE® 2016 Database Guide
Ovid の検索式の“ .tw.” って？
フリーワードでタイトルを検索してくれるサーチタグのこと先行研究の検索語がこれならPubMed用には [tiab] に変更
例diabetes.tw.>diabetes[tiab]へ変更
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“/” スラッシュや” exp ~~/” など
スラッシュで統制語を示しますPubMed なら [mh] に変更
例exp diabetes/>diabetes [mh]へ変更注意 ! exp ~~/ は MeSH tree の下位概念もまとめて検索しているが PubMed でも [mh] のみでautomatic explosion によって同じように検索されている
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用語の説明 1 ：フィルターとは？
検索で研究デザインを指定する式のこと
→Cochrane review などの系統的レビューで使われるものには、 RCT用があります他は系統的レビューでは普通は使いません！
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用語の説明 1 ：フィルター
最終的な検索式のイメージ
＃１ P を検索するブロック＃２ I を検索するブロック＃３ RCTフィルター＃４ ＃１ AND ＃２ AND ＃３
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用語の説明 2 ： variant spellings とは？
“tumour” と” tumor”“hematoma” と” Haematoma” など
PubMed ではワイルドカードが使えないため、想定されるものがあれば free word として [tiab] をつけて OR で加える
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質問？
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それでは、みなさんもやってみましょう
・グループで一つの PICO に・ワークシートに基づき、 グループ PICO に対する検索式を作成・ P 、 I を検索するブロック統制語 [mh] OR フリーワード [tiab]Exp 統制語 / or フリーワード .tw.
※研究デザインでの絞込はしないRAS阻害剤 偶数
P （ Patients, Problem, Population ）
性別 指定なし年齢 指定なし疾患・病態 非高血圧ネフローゼ症候群
地理的要件
指定なし
その他 指定なしI （ Interventions ）／ C
（ Comparisons, Controls ）のリスト
RA 系阻害薬を投薬する RA 系阻害薬を投薬しない
99
14:20 まで
運動制限 奇数P （ Patients, Problem,
Population ）性別 指定なし年齢 指定なし疾患・病態
ネフローゼ症候群急性期
地理的要件
指定なし
その他 指定なしI （ Interventions ）／ C
（ Comparisons, Controls ）のリストE ：運動制限
C ：運動制限なし
シェア
14:30 まで
100
101
14 ： 50 まで休み時間
そのために
以下のやり方について説明、実施できる・目標検索数を決める・ MeSH の確認・先行レビューの検索式を参照・フリーワードを探す、選ぶ・ pearl growing・検索結果の調整・ Rayyan と MEDLINE と Mendeley の連携
102
関連するフリーワードも調べてみたい
http://hgserver2.amc.nl/cgi-bin/miner/miner2.cgi
103
あとは
先行研究を眺めて考える
104
105
より良い検索式のために： Pearl growing
既知の文献が検索式にひっかかるか確認
＃ 1 既にある検索式AND#2 XXX[PMID]これで検索結果が 1 となれば OKならなければ、式の網羅性を上げるブラッシュアップ
そのために
引用検索
106
引用検索といっても 3種類あります！
1. 診療ガイドラインが見つかったら、関連する記述に関する参考文献を見つける (＝二次文献のリファレンスチェック )
2. 見つかった参考文献を”引用している文献”を Google scholar を用いて行います（＝被引用検索）
3. 最終スクリーニングで組み入れになった文献の参考文献を見つける (＝組み入れ文献のリファレンスチェック )
107
今回取り扱うのは上の 2種類！
1. 診療ガイドラインが見つかったら、関連する記述に関する参考文献を見つける (＝二次文献のリファレンスチェック )
2. 見つかった参考文献を”引用している文献”を Google scholar を用いて行います（＝被引用検索）
3. 最終スクリーニングで組み入れになった文献の参考文献を見つける (＝組み入れ文献のリファレンスチェック )
108
こちらはさっきやりました！
1. 診療ガイドラインが見つかったら、関連する記述に関する参考文献を見つける (＝二次文献のリファレンスチェック )
109
今からは被引用検索を説明します
1. 診療ガイドラインが見つかったら、関連する記述に関する参考文献を見つける (＝二次文献のリファレンスチェック )
2. 見つかった参考文献を”引用している文献”を Google scholar を用いて行います（＝被引用検索 /逆引き）
3. 最終スクリーニングで組み入れになった文献の参考文献を見つける (＝組み入れ文献のリファレンスチェック )
110
Google Scholar を用いた被引用検索の方法
111
注意！Web of Science の方がこの機能は優れていますが、今回は free で使えることから Google Scholar を使用しています。使える人は Web of Science でも良いです。
Google Scholar を用いた被引用検索の方法
112
219 の文献から引用されていました ( 数は毎回変わることあり )
113
文献リストをざっと見て、今回の PICO にばっちり当てはまる臨床研究を簡単にリスト化
114
文献リストをざっと見て、今回の PICO にばっちり当てはまる臨床研究を簡単にリスト化
115
見つかった文献リストの文献が、みなさんが作った検索式の結果から抜けて無いか確認 (抜けてたら改良する )
116
検索式から抜けていた！
117
抜けていた時はその文献をみてみる
118
抜けていた時はその文献をみてみる
119
検索した MeSH が付与されてなかった！
120
Free word を追加したらヒットしました！
121
そのために
以下のやり方について説明、実施できる・目標検索数を決める・ MeSH の確認・先行レビューの検索式を参照・フリーワードを探す、選ぶ・ pearl growing・ Rayyan と MEDLINE と Mendeley の連携
122
123
質問？
124
それでは、みなさんもやってみましょう
・該当文献に対する引用検索・それが作った式に当てはまるか確認・微調整
今回の CQ に合いそうな文献（ RAS ）
運動制限：Can young adult patients with proteinuric IgA nephropathy perform physical exercise?PMID: 15264183
RAS阻害剤：Efficacy of losartan in patients with primary focal segmental glomerulosclerosis resistant to immunosuppressive treatment.PMID: 12603500
125
15:45 まで
シェア
16:00 まで
126
検索式の例 運動制限
ブロックわけ
P ：ネフローゼ急性期I : 運動（する / させない）
Study type: 観察研究含む
127
P のドメイン
まず候補 統制語探し統制語としてネフローゼタンパク尿腎臓病
微小変化群膜性腎症ループス糖尿病性腎症IgA腎症などがあり
128
P のドメイン
まず候補 統制語探し統制語としてネフローゼタンパク尿腎臓病
微小変化群膜性腎症ループス糖尿病性腎症IgA腎症などがあり
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個別疾患
既知論文の統制語を確認
130
既知論文の統制語を確認
131
P のドメイン（例）
#1 Nephrosis[mh] #2 nephrotic[tiab] OR nephrosis[tiab] OR SRNS[tiab] OR proteinuria[tiab] OR glomerulonephritis[tiab]#3 Proteinuria[mh] #4 Glomerulonephritis[mh]#5 #1 OR #2 OR #3 OR #4>>108497件
132
I のドメイン 統制語の確認
（独立した）統制語がたくさん！例：治療としての ExerciseExercise 全般スポーツFitness安静床上安静Exercise Tolerance
133
既知論文の統制語を確認
134
I のドメインの例 ( 他の疾患への運動療法のコクランレビューなどを参考に )
#5 rest[mh] #6 bed rest[mh] #7 Exercise[mh] #8 Exercise Therapy[mh]#9 Exercise Tolerance[mh]#10 Sport[mh] #11 rest[tiab] OR exercis*[tiab] OR exertion*[tiab]#12 #5 OR #6 OR #7 OR #8 OR #9 OR #10 OR #11>> 504565件
135
P と I を掛け合わせて絞り込み！
＃ 5 AND ＃ 12>> 1403件
今回は Study type で絞り込みはなし！
136
既知論文が落ちてないか確認
#13 ＃ 5 AND ＃ 12>> 1403件#14 15264183[pmid]#15 #13 AND #14 >> 1件
137
検索式の例 RAS
P ネフローゼ症候群#1 nephrosis[mh] 19123#2 nephrotic[tiab] OR nephros*[tiab] 27846#3 #1 OR #2 32196
138
検索式の例 RASI RAS阻害薬 (ACE-i)
#4 Angiotensin-Converting Enzyme Inhibitors[mh] 29833#5 angiotensin*[tiab] OR kininase[tiab] OR dipeptidyl[tiab] OR acei[tiab] 103325#6 ace inhibit*[tiab] 17313#7 RAS inhibit*[tiab] 869#8 alacepril[tiab] OR altiopril[tiab] OR ancovenin[tiab] OR benazepril[tiab] OR captopril[tiab] OR ceranapril[tiab] OR ceronapril[tiab] OR cilazapril[tiab] OR deacetylalacepril[tiab] OR delapril[tiab] OR derapril[tiab] OR enalapril[tiab] OR epicaptopril[tiab] OR fasidotril[tiab] OR fosinopril[tiab] OR foroxymithine[tiab] OR gemopatrilat[tiab] OR imidapril[tiab] OR indolapril[tiab] OR libenzapril[tiab] OR lisinopril[tiab] OR moexipril[tiab] OR moveltipril[tiab] OR omapatrilat[tiab] OR pentopril*[tiab] OR perindopril*[tiab] OR pivopril[tiab] OR quinapril*[tiab] OR ramipril*[tiab] OR rentiapril[tiab] OR saralasin[tiab] OR nitrosocaptopril[tiab] OR spirapril*[tiab] OR temocapril*[tiab] OR teprotide[tiab] OR trandolapril*[tiab] OR utibapril*[tiab] OR zabicipril*[tiab] OR zofenopril*[tiab] 25656
139
検索式の例 RAS
I RAS阻害薬 (ARB)#9 Angiotensin Receptor Antagonists[mh] 14921#10 AT 2 receptor block*[tiab] 20#11 AT 2 receptor antagon*[tiab] 132#12 ARB[tiab] OR ARBs[tiab] 5186#13 azilsartan[tiab] OR candesartan[tiab] OR embusartan[tiab] OR eprosartan[tiab] OR forasartan[tiab] OR irbesartan[tiab] OR losartan[tiab] OR milfasartan[tiab] OR olmesartan[tiab] OR saprisartan[tiab] OR tasosartan[tiab] OR telmisartan[tiab] OR valsartan[tiab] OR zolasartan[tiab] 15552
140
模範解答 RAS
I RAS阻害薬 ( レニン阻害薬）#14 renin inhibit*[tiab] 1728#15 aliskiren[tiab] OR zankiren[tiab] OR terlakiren[tiab] OR remikiren[tiab] OR enalkiren[tiab] OR ditekiren[tiab] 1064
141
模範解答 RAS
I RAS阻害薬 (K保持性利尿薬）#16 spironolactone[mh] 6161#17 spironolactone[tiab] OR spirolactone[tiab] OR veroshpiron[tiab] OR verospirone[tiab] OR aldactone[tiab] OR espironolactona[tiab] OR practon[tiab] OR spiractin[tiab] OR spiro[tiab] OR spirolang[tiab] OR verospiron[tiab] 8960
142
模範解答 RAS
I を全て OR でつなぐ#18 #4 OR #5 OR #6 OR #7 OR #8 OR #9 OR #10 OR #11 OR #12 OR #13 OR #14 OR #15 OR #16 OR #17 139840
P と I のブロックを AND でつなぐ#19 #4 AND #18 1250
143
144
16 ： 15 まで休み時間
そのために
以下のやり方について説明、実施できる・目標検索数を決める・ MeSH の確認・先行レビューの検索式を参照・フリーワードを探す、選ぶ・ pearl growing・ Rayyan と MEDLINE と Mendeley の連携
145
146
PubMed 検索結果から
Send to をクリック→ File→Fromat XMLでダウンロード（直接Rayyanへのインポート可能）
他のデータベース検索の検索結果と合わせる場合
147
ここをクリックしてTest フォルダを作る名前はデータベース名＋日付！
さっきの xml は直接インポートできないので
一度、 Rayyan にインポートして、ris でエクスポートすればOK！（やり方は後述）
148
xml ris
Ovid の場合
149
ここを機関の max に クリック
150
RIS
フルレコード
クリック
あとは
151
次の数字
移動クリック
エクスポートクリック
152
ファイルをドラッグするとこんな風に書誌情報が並ぶ
右クリックから Select All153
全部選択した状態で
154
.ris にして保存する
155
Rayyan にもどります
156
Title は適当に
Select file からさっきの ris をアップロード
157
インポート後に別の citation を加えたかったら ↓左にあるここから
158
注意：サーバーでの処理に少し時間がかかるのでアップロードしてもすぐにリストが出てこないことがあります
159
仲間を増やそう
160
クリック
メンバーのメアドを入れてInvite
つづいて
161
クリック
選択基準は？
Minds3-4 クリニカルクエスチョンの設定ただし、これには研究デザインが含まれていない !？
162
通常は介入のレビューなら
・ P の定義・ I の定義・研究デザイン・言語、出版の状態
の 4 つの条件で選択します
163
あとはキーボードで
組み入れ “ I” を 1 回除外 “ E” を 2 回“↑↓”で、文献を移動
164
Abstract と title だけを見て、どんどん exclude していく
注意：Full text を取り寄せる文献を減らすことが目的迷ったら組み入れる
165
よりやりやすく
166
加えると青字でハイライト
加えると赤字でハイライト
最後に
167
クリック
こんな感じでタイトル＆アブストラクトのレビュー終了です
168
※重要 最初は 50 本程度でレビューをしてみて、ある程度合致する基準になっているかを確認すること！合致しないようなら、 CQ班に基準がおかしい、とフィードバックし修正
Export のやり方
169
クリック
件数があっていることを確認
170
クリック
171
クリック
クリック
Mendeley を使う場合は、BibTex を選ぶ
172
クリック
Excel で二次抽出をやるためにこちらもエクスポートしておく
Export のやり方
173
クリック： Conflict はfull text レビューをやるので、
こちらもエクスポート
あとは
メールのリンク先からダウンロードすればCitation manager にインポートできます。
174
これ
フルテキストレビューのとき
Minds 4-3_ 二次スクリーニング後の一覧表
さっきエクスポートした csv のデータと合わせて使いましょうそれぞれの項目をフルテキストから抜書き→除外かどうかの判断後で二人の結果を照合
175
文献の選択基準について
http://www.slideshare.net/srws/20161201-srws
をご参照ください
176
177
質問？
srws.hcru@gmail.com
Further reading178
https://www.facebook.com/SRworkshop/
参考資料
1. Lefebvre C, Manheimer E, Glanville J. Chapter 6: Searching for studies. Box 6.4 d. Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 5.1.0 (updated March 2011). 2010. 1-46 p. available from http://community.cochrane.org/handbook
2. 『看護研究者・医療研究者のための系統的文献検索概説』諏訪敏幸 近畿病院図書室協議会 2013
3. 京都大学医学図書館 基礎から学ぶ PubMed の使い方http://www.lib.med.kyoto-u.ac.jp/pdf/pubmed_howto.pdf
4. PubMed Tutorialhttps://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/pubmedtutorial/cover.html 5. Ovid Online Training http://www.ovid.com/site/support/training.jsp#tabs1
“MEDLINE” https://www.brainshark.com/wkovid/vu?pi=zGizVDdlez34XJz0&cmpid=Brainshark:MedlineIntro“Special techniques in MEDLINE”https://www.brainshark.com/wkovid/vu?pi=zFvzXHuX2z34XJz0&cmpid=Brainshark:MedlineSpecialTechniques
179
さらに Pubmed を知りたい方は
日本医学図書館協会 図解 PubMed の使い方http://iss.ndl.go.jp/books/R100000002-I025001084-00
東大図書館 PubMed の使い方http://www.lib.m.u-tokyo.ac.jp/manual/pubmedmanual.pdf
山梨大学付属図書館PubMed と Ovid MEDLINE の比較一覧http://www.lib.yamanashi.ac.jp/db/ovid_ma/ovid%20medline%20vs%20pubmed%20for%20Yamanashi%20Univ_200712.pdf
180
補足
・医中誌・文献の重複削除・その他の TIPS
181
補足：医中誌シソーラス ( 統制語 ) の調べ方
182
12
3
フリーワードと演算子
183
フリーワード /TA
And, or
※TA はタイトルとアブストラクトを検索するサーチタグ
まず関連した統制語を調べる
184
統制語の位置付けをみる
185
統制語の詳細
186
統制語の詳細
187
これだと少しずれる
188
検索式にすると
189
文献の重複削除
精治寮病院 阪野正大尼崎総合医療センター Hospital Care Research Unit
片岡裕貴 辻本啓京都大学大学院 辻本康
191
今日の目標
• 重複文献の削除と、分割作業ができる
1. Mendeley や Endnote に入っている各文献を BibTex でエクスポート
文献リスト（ Medline や Embase などのデータベースごとに作成）を BibTex形式でエクスポート
192
Mendeley の例
193
File→Export→ ファイルの種類 :BibTeX を選択→保存
文献を１つ選択→Ctrl + A(Macintosh では
command+A)ですべての文献を選択
Endnote の例
194
File→Export→ ファイルの種類 :Text File 、 Output style: BibTex Export Copy(BibTex Export の設定を変更し、 abstract が出力されるようにし、 BibTex Export Copy という新しい Output style を作成する : 詳細は後述 ) を選択、 Export Selected References にチェックを入れる→保存
Edit→Output Styles→Open Style Manger として BibTex Exportにチェックを入れ、マウスで選択→ Edit→Bibliography 直下の Templates において、各 reference type のテンプレートに” | `abstract = `{Abstract},q” を追加→ File→Save as→Style Name:BibTex Export Copy と入力→ Save※ コメントに補足あり
文献を１つ選択→ Ctrl + A(Macintosh ではcommand+A) ですべての文献を選択
2. JabRef を用いて csvファイルに変換
・ http://www.jabref.org/からJabRef (free software) をダウンロード
195
JabRef の例
196
↑文献を１つ選択し、 Ctrl+A(Macintosh では
command+A) ですべての文献を選択→ File→Export→File name: 任意のファイル名、 Files of type:Open Office/LibreOffice CSV を選択
→ Save
File→Open database→BibTex ファイルを選択し Openで文献リストをインポート
3.CSVファイルを Excel で開いて、全部統合
・各CSVファイル（ Medline や Embase などのデータベースごとの書誌情報のファイル）を Excelで開く
・１つのセルに含まれる内容 (journal名、 abstract) が、横方向に複数のセルに分割されて表示される場合→ contaminate関数を用いて内容を１つのセルに表示→分割された表示の箇所を消去する
Contaminate関数の例Abstract が AA2 からCD2 まで分割されて表示されていた場合=CONCATENATE(AA2,AB2,AC2,AD2,AE2,AF2,AG2,AH2,AI2,AJ2,AK2,AL2,AM2,AN2,AO2,AP2,AQ2,AR2,AS2,AT2,AU2,AV2,AW2,AX2,AY2,AZ2,BA2,BB2,BC2,BD2,BE2,BF2,BG2,BH2,BI2,BJ2,BK2,BL2,BM2,BN2,BO2,BP2,BQ2,BR2,BS2,BT2,BU2,BV2,BW2,BX2,BY2,BZ2,CA2,CB2,CC2,CD2)
197
3.CSVファイルを Excel で開いて、全部統合
あとは、コピーアンドペーストで1 つの Excelファイル (excelブック :xlsx) に統合する
198
4. タイトルを並ひ替えて確認し、 [等の不要な記号を削除
・ 1 つのセルを選択し、 Ctrl+A(Macintosh ではcommand+A) ですべてのセルを選択
199
「データ」リボンの「並べ替え」ボタン
先頭行をデータの見出しとして使用するにチェック
最優先されるキー :Title→OK
Excel の例
200
Ctrl+H(Macintosh では command+H) で置換の入力フォームを表示
→検索する文字列に” [“ を入力→次を検索→” [“ の記載を一つ一つ確認し、不要であると判断できる箇所について置換を選択→次を検索と置換を繰り返す→” ]” についても同様
に置換によって削除
5. 雑誌名かつ論文タイトルが同じものを自動削除
・https://www.microsoft.com/ja-jp/atlife/tips/archive/office/tips/002.aspx を参照し、雑誌名かつ論文タイトルが同じものを自動削除・データ→重複の削除→先頭行をデータの見出しとして使用するにチェック→ Titleと Journal にチェック→OK
201
重複の自動削除の例 1202
重複の自動削除の例 2203
6. 手動での削除
・タイトル・ジャーナル名の大文字、小文字の表記の違い、同じジャーナル名の異なった表記などから同一の文献と推定でき、author とページ数が一致したものを削除・バックアップを取りながら、データを 1つ 1 つ確認して削除
204
7.再度 CSV にして、 Rayyan にアップロード
・ xlsxファイルからコピーアンドペーストで、100件 ( スクリーニング基準確認作業用 ) のcsvファイルを 1 つ作成・残りの文献については 500件ごとに 1 つのcsvファイルを作成・ Rayyan に、ファイル名と同じ名前のフォルダをファイル数分、作成・作成した各 CSVファイルを Rayyan のフォルダにアップロード（ 1 つのフォルダに1 つの csvファイルをアップロード）
205
Rayyan に csvファイルがアップロードできない場合
・エクセルにて、 CSVファイルの改行を削除した後、再度アップロードする
・ 該当する CSVファイルを開く→ Ctrl+H(Macintosh では command+H) で置換の入力フォームを表示させる→検索する文字列のテキスト入力欄を選択し、 Ctrl+J(Macintosh ではcommand+J)→何も入力されない→すべて置換を選択→ CSVファイルを上書き保存し、一旦 CSVファイルを閉じる→エクセルで再度 CSVファイルを開くと改行が削除されている
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おまけ：診断精度の場合の検索とたくさんの TIPS
http://www.slideshare.net/srws/3-66366580
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